Это команда kmer-mask, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
kmer-mask - маска и набор фильтров нуклеотидных последовательностей по кмерскому содержанию
СИНТАКСИС
кмерская маска {-роман|-подтвержденный} [-MDB mer-база данных] [-Миз мер-размер] [-edb Существующая база данных] [-m
минимальный размер] [-e увеличить размер] [-низкий порог l] [-высокий порог h] [-t темы] [-v] [-h
Гистограмма] [-продвигать|-снизить|-отказаться] -1 дюйм.1.fastq [-2 дюйм.2.fastq] -o выходной префикс
ОПИСАНИЕ
Маскирует и фильтрует набор последовательностей (предположительно считываемых) по кмерскому содержимому. Маскировка может быть
сделано для сохранения новой последовательности, отсутствующей в базе данных, или для сохранения подтвержденной последовательности, присутствующей
в базе данных. Фильтрация будет разделять последовательности полностью, частично или не замаскированные.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-MDB mer-база данных
нагрузка маскировка kmers от Мерил(1) mer-база данных
-Миз мер-размер
-edb Существующая база данных
сохранить маскировку kmers в существующая БД(1) файл Существующая база данных для более быстрого перезапуска
-1 дюйм.1.fastq
-2 дюйм.2.fastq
input читает файлы в формате fastq, fastq.gz, fastq.bz2 или fastq.xz. Второй
необязательный, но портит классификацию вывода, если отсутствует.
-o внешний
префикс для чтения вывода
внешний.fullymasked. [12] .fastq
читает с сохраненными базами ниже 'lowthreshold'
внешний. частично маскируется. [12] .fastq
читает между
внешний.reserved. [12] .fastq
читает с сохраненными базами более чем 'hightreshold'
внешний.discarded. [12] .fastq
читает с конфликтующим статусом
-m минимальный размер
игнорировать попадания в базу данных ниже этого количества последовательных kmers (0)
-e увеличивать размер
расширить количество обращений к базе данных по этому количеству пропавших без вести кмеров (0)
-роман СОХРАНИТЬ новую последовательность, отсутствующую в базе данных
-подтвержденный
СОХРАНЯЙТЕ подтвержденную последовательность, присутствующую в базе данных
-продвигать
продвигать меньшее ЗАДЕРЖАННОЕ чтение до статуса более ЗАДЕРЖАННОЕ чтение
read1 = полностью замаскирован и read2 = частично замаскирован -> оба частично замаскированы
-снизить
понизить более ЗАДЕРЖАННОЕ чтение до статуса меньшего ЗАДЕРЖАННОГО чтения
read1 = полностью замаскирован и read2 = частично замаскирован -> оба полностью замаскированы
-отказаться
отбрасывать пары с конфликтующим статусом (ПО УМОЛЧАНИЮ) read1 = полностью маскируется и
read2 = частично маскируется -> оба отбрасываются
Статистика on стдерр, номер of последовательности количество ОСТАВЛЯЕТСЯ:
-низкий порог t
(0.3333)
-высокий порог t
(0.6667)
-h Гистограмма
написать гистограмму количества ОСТАВШИХСЯ последовательностей
-t t использование t вычислительные потоки
-v показать прогресс
Используйте kmer-mask онлайн с помощью сервисов onworks.net