АнглийскийФранцузскийИспанский

Ad


Значок OnWorks

kmer-mask - Интернет в облаке

Запустите kmer-mask в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это команда kmer-mask, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


kmer-mask - маска и набор фильтров нуклеотидных последовательностей по кмерскому содержанию

СИНТАКСИС


кмерская маска {-роман|-подтвержденный} [-MDB mer-база данных] [-Миз мер-размер] [-edb Существующая база данных] [-m
минимальный размер] [-e увеличить размер] [-низкий порог l] [-высокий порог h] [-t темы] [-v] [-h
Гистограмма] [-продвигать|-снизить|-отказаться] -1 дюйм.1.fastq [-2 дюйм.2.fastq] -o выходной префикс

ОПИСАНИЕ


Маскирует и фильтрует набор последовательностей (предположительно считываемых) по кмерскому содержимому. Маскировка может быть
сделано для сохранения новой последовательности, отсутствующей в базе данных, или для сохранения подтвержденной последовательности, присутствующей
в базе данных. Фильтрация будет разделять последовательности полностью, частично или не замаскированные.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ


-MDB mer-база данных
нагрузка маскировка kmers от Мерил(1) mer-база данных

-Миз мер-размер

-edb Существующая база данных
сохранить маскировку kmers в существующая БД(1) файл Существующая база данных для более быстрого перезапуска

-1 дюйм.1.fastq

-2 дюйм.2.fastq
input читает файлы в формате fastq, fastq.gz, fastq.bz2 или fastq.xz. Второй
необязательный, но портит классификацию вывода, если отсутствует.

-o внешний
префикс для чтения вывода

внешний.fullymasked. [12] .fastq
читает с сохраненными базами ниже 'lowthreshold'

внешний. частично маскируется. [12] .fastq
читает между

внешний.reserved. [12] .fastq
читает с сохраненными базами более чем 'hightreshold'

внешний.discarded. [12] .fastq
читает с конфликтующим статусом

-m минимальный размер
игнорировать попадания в базу данных ниже этого количества последовательных kmers (0)

-e увеличивать размер
расширить количество обращений к базе данных по этому количеству пропавших без вести кмеров (0)

-роман СОХРАНИТЬ новую последовательность, отсутствующую в базе данных

-подтвержденный
СОХРАНЯЙТЕ подтвержденную последовательность, присутствующую в базе данных

-продвигать
продвигать меньшее ЗАДЕРЖАННОЕ чтение до статуса более ЗАДЕРЖАННОЕ чтение
read1 = полностью замаскирован и read2 = частично замаскирован -> оба частично замаскированы

-снизить
понизить более ЗАДЕРЖАННОЕ чтение до статуса меньшего ЗАДЕРЖАННОГО чтения
read1 = полностью замаскирован и read2 = частично замаскирован -> оба полностью замаскированы

-отказаться
отбрасывать пары с конфликтующим статусом (ПО УМОЛЧАНИЮ) read1 = полностью маскируется и
read2 = частично маскируется -> оба отбрасываются

Статистика on стдерр, номер of последовательности количество ОСТАВЛЯЕТСЯ:
-низкий порог t
(0.3333)

-высокий порог t
(0.6667)

-h Гистограмма
написать гистограмму количества ОСТАВШИХСЯ последовательностей

-t t использование t вычислительные потоки

-v показать прогресс

Используйте kmer-mask онлайн с помощью сервисов onworks.net


Бесплатные серверы и рабочие станции

Скачать приложения для Windows и Linux

  • 1
    глубокая очистка
    глубокая очистка
    Скрипт Kotlin, уничтожающий все сборки
    кеши из проектов Gradle/Android.
    Полезно, когда Gradle или IDE позволяют
    вниз. Скрипт протестирован на
    макОС, но...
    Скачать глубокую очистку
  • 2
    Подключаемый модуль Eclipse Checkstyle
    Подключаемый модуль Eclipse Checkstyle
    Плагин Eclipse Checkstyle
    интегрирует Java-код Checkstyle
    аудитор в Eclipse IDE. В
    плагин предоставляет обратную связь в режиме реального времени
    пользователь о нарушении ...
    Скачать подключаемый модуль Eclipse Checkstyle
  • 3
    АстрОрзПлеер
    АстрОрзПлеер
    AstrOrz Player — бесплатный медиаплеер.
    программное обеспечение, частично основанное на WMP и VLC.
    плеер выполнен в минималистическом стиле, с
    более десяти цветов темы, а также может
    б ...
    Скачать AstrOrzPlayer
  • 4
    Movistartv
    Movistartv
    Kodi Movistar+ TV является дополнением для XBMC/
    Коди, разрешенный к использованию
    decodificador de los servicios IPTV де
    Movistar интегрирован в один город
    медиацентры ма...
    Скачать киностартв
  • 5
    Code :: Blocks
    Code :: Blocks
    Code::Blocks — это бесплатная программа с открытым исходным кодом,
    кроссплатформенная C, C++ и Fortran IDE
    построен для удовлетворения самых взыскательных потребностей
    своих пользователей. Он разработан, чтобы быть очень
    расширенный ...
    Код загрузки::Блоки
  • 6
    среди
    среди
    Среда или расширенный интерфейс Minecraft
    и отслеживание данных / структуры - это инструмент для
    отобразить обзор Minecraft
    мир, фактически не создавая его. Это
    жестяная банка ...
    Скачать Среди
  • Больше »

Команды Linux

Ad