Это командный кракен, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
kraken - присвоение таксономических меток коротким последовательностям ДНК
СИНТАКСИС
Кракен [кредита]
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--дб ИМЯ
Имя для Kraken DB (по умолчанию: нет)
--потоки NUM
Количество потоков (по умолчанию: 1)
--fasta-ввод
Вход в формате FASTA
--fastq-вход
Вход в формате FASTQ
--gzip-сжатый
Вход сжат gzip
--bzip2-сжатый
Вход сжат bzip2
--быстро
Быстрая операция (используйте первое попадание или удары)
--мин-хиты NUM
В быстрой операции количество совпадений, требуемых для классификации ПРИМЕЧАНИЕ: игнорируется, если
--быстро не указано
- неклассифицированный ИМЯ ФАЙЛА
Печатать неклассифицированные последовательности в имя файла
--классифицированный ИМЯ ФАЙЛА
Распечатать секретные последовательности в имя файла
--выход ИМЯ ФАЙЛА
Вывод на печать в имя файла (по умолчанию: stdout); "-" подавит нормальный вывод
- только-классифицированный-вывод
Не печатать вывод Kraken для неклассифицированных последовательностей
--предварительная загрузка
Загружает БД в память перед классификацией
- парный
Два предоставленных имени файла - это чтение с парным концом.
--check-имена
Убедитесь, что у каждой пары чтений есть имена, совпадающие друг с другом; игнорируется, если
- парный не указано
--Помогите Распечатать это сообщение
--версия
Информация о версии для печати
Если ни один из флагов * -input или * -compressed не указан, а файл является обычным
файла, выполняется попытка автоматического определения формата.
Используйте kraken онлайн с помощью сервисов onworks.net
