Это команда load_genbankp, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
load_genbank.pl - Загрузить базу данных Bio :: DB :: GFF из файлов GENBANK.
СИНТАКСИС
% load_genbank.pl -d genbank -f localfile.gb
% load_genbank.pl -d genbank -a AP003256
ПРИМЕЧАНИЕ: сценарий bp_genbank2gff.pl в дистрибутиве BioPerl аналогичен этому сценарию.
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт загружает базу данных Bio :: DB :: GFF с функциями, содержащимися в локальном
файл genbank или доступ, полученный из genbank. Различные параметры командной строки
позволяют вам контролировать, какую базу данных загружать и разрешать ли существующей базе данных
быть перезаписанным.
Этот скрипт в настоящее время использует только MySQL, хотя это доказательство принципа действия и может легко
быть расширенным для работы с другими RDMS, которые поддерживаются GFF через адаптеры.
КОМАНДНАЯ СТРОКА ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
Параметры командной строки могут быть сокращены до однобуквенных параметров. eg -d вместо
--база данных.
--create Форсировать создание и инициализацию базы данных
--dsn Источник данных (по умолчанию dbi: mysql: test)
--Пользователь Имя пользователя для аутентификации mysql
--проходить Пароль для аутентификации mysql
--прокси Прокси-сервер для удаленного доступа
--file Следующие аргументы - это имена файлов Genbank / EMBL (по умолчанию)
--accession Аргументы, которые следуют ниже, являются номерами доступа генбанка.
--stdout Записывать преобразованный файл GFF в стандартный вывод вместо загрузки
Используйте load_genbankp онлайн с помощью сервисов onworks.net
