Это команда locuspocus, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
locuspocus - вычислить координаты локуса для данной аннотации гена
СИНТАКСИС
локуспокус [кредита] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]
ОПИСАНИЕ
Основные варианты:
-d| --debug
выводить подробные отладочные сообщения на терминал (стандартная ошибка)
-h| --help
распечатайте это справочное сообщение и выйдите
-v| --version
распечатать номер версии и выйти
Парсинг iLocus:
-l| --delta: INT
при разборе интервальных локусов используйте следующую дельту для расширения локусов генов и включения
потенциальные регионы регулирования; по умолчанию 500
-s| --скипенды
при перечислении интервальных локусов исключить неаннотированные (и предположительно неполные)
iLoci на любом конце последовательности
-e| --endsonly
сообщать только о неполных фрагментах iLocus на неаннотированных концах последовательностей
(дополнение - скипенды)
-y| --skipiiloci
не сообщать о межгенных iLoci
Варианты доработки:
-r| --refine
по умолчанию гены группируются в одном iLocus, если они перекрываются; 'уточнять'
режим позволяет более тонко обрабатывать перекрывающиеся гены
-c| --cds
используйте CDS, а не UTR для определения перекрытия генов; подразумевает режим уточнения
-m| --minoverlap: INT
минимальное количество нуклеотидов, два гена должны перекрываться, чтобы быть сгруппированы в одном
iLocus; по умолчанию 1
Варианты вывода:
-n| --namefmt: STR
предоставить строку формата в стиле printf, чтобы переопределить формат идентификатора по умолчанию для новых
созданные локусы; по умолчанию - locus% lu (locus1, locus2 и т. д.) для loci и iLocus% lu
(iLocus1, iLocus2 и т. д.) для интервальных локусов; обратите внимание, что строка формата должна включать
одиночный спецификатор% lu, который должен быть заполнен длинным целым числом без знака
-i| --ilens: ФАЙЛ
создать файл с длинами каждого межгенного iLocus
-g| --genemap: ФАЙЛ
распечатать сопоставление каждой аннотации гена с соответствующим локусом для данного
файл
-o| --outfile: ФАЙЛ
имя файла, в который будут записаны результаты; по умолчанию - терминал (стандартный
выход)
-T| --retainids
сохранять исходные идентификаторы функций из входных файлов; конфликты возникнут, если ввод
содержит повторяющиеся значения идентификатора
-t| --transmap: ФАЙЛ
распечатать сопоставление каждой аннотации транскрипта с соответствующим локусом в
данный файл
-V| --verbose
включить все подфункции локуса (гены, РНК и т. д.) в вывод GFF3; дефолт
включает только функции локуса
Варианты ввода:
-f| --filter: ТИП
разделенный запятыми список типов объектов для использования при построении loci / iLoci; по умолчанию
'ген'
-p| --parent: CT: PT
если объект типа $ CT существует без родителя, создайте родительский объект для этого объекта
с типом $ PT; например, мРНК: ген создаст функцию гена в качестве родительской для
любая функция мРНК верхнего уровня; этот параметр можно указывать несколько раз
-u| --псевдо
исправить ошибочно помеченные псевдогены
Используйте locuspocus онлайн с помощью сервисов onworks.net
