Это команда masai_mapper, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
masai_mapper - картограф масаи
СИНТАКСИС
masai_mapper [ОПЦИИ]
ОПИСАНИЕ
Масаи - это быстрый и точный картограф, основанный на приблизительных семенах и множественных
возврат.
Читать http://www.seqan.de/projects/masai чтобы получить больше информации.
(c) Авторские права 2011-2012 Энрико Сирагуса.
-h, --Помогите
Отображает это справочное сообщение.
--версия
Отображение информации о версии
Параметры отображения:
-mm, - режим отображения STR
Выберите режим отображения. Один из всех, все самое лучшее и все самое лучшее. По умолчанию: любое лучшее.
-мб, - картографический блок NUM
Максимальное количество одновременных отображений чтения. В диапазоне [10000..inf]. Дефолт:
2147483647.
-e, - ошибки NUM
Максимальное количество ошибок за одно чтение. В диапазоне [0..32]. По умолчанию: 5.
-сл, - длина семян NUM
Минимальная длина семян. В диапазоне [10..100]. По умолчанию: 33.
-ng, - без пробелов
Не выравнивайте показания по пробелам.
Параметры индекса генома:
-x, --показатель STR
Выберите тип индекса генома. Один из esa, sa, qgram и fm. По умолчанию: sa.
-Xp, --index-префикс STR
Укажите имя префикса индекса генома. По умолчанию: использовать префикс имени файла генома.
Параметры вывода:
-o, --выходной файл ФАЙЛОВ
Укажите выходной файл. По умолчанию: использовать префикс имени файла для чтения. Допустимые типы файлов
являются: raw и sam.
-нк, - без сигары
Не выводить строку CIGAR. Это влияет только на вывод SAM.
Параметры отладки:
-nv, --no-проверить
Не проверяйте попадание семян.
-й, --без свалки
Не сваливайте результаты.
-нм, --не-кратный
Отключить множественный возврат с возвратом.
Версия
версия masai_mapper: 0.7.1 [14053] Последнее обновление 2013-05-16
Используйте masai_mapper онлайн с помощью сервисов onworks.net
