Это набор команд, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
matcher - локальное выравнивание двух последовательностей Уотермана-Эггерта
СИНТАКСИС
согласовани -последовательность последовательность -последовательность последовательность [-файл данных матрица] [-альтернативы целое]
[-закрыть целое] [-гапэкстенд целое] -выходной файл выравнивать
согласовани -Помощь
ОПИСАНИЕ
согласовани это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Выравнивание: локальное».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
вход .
-последовательность последовательность
-последовательность последовательность
-файл данных матрица
Это файл матрицы оценок, используемый при сравнении последовательностей. По умолчанию это
файл EBLOSUM62 (для белков) или файл EDNAFULL (для нуклеиновых последовательностей). Эти
файлы находятся в каталоге data установки EMBOSS.
дополнительный .
-альтернативы целое
Это устанавливает количество выходных альтернативных совпадений. По умолчанию только самые высокие
показано выравнивание очков. Значение 2 дает вам другие разумные варианты выравнивания. В
в некоторых случаях, например, для сравнения мультидоменных белков кДНК и геномной ДНК,
могут быть и другие интересные и значимые раскладки. Значение по умолчанию: 1
-закрыть целое
Штраф за разрыв - это счет, который снимается при создании разрыва. Лучшее значение зависит
по выбору матрицы сравнения. Значение по умолчанию 14 предполагает, что вы используете
Матрица EBLOSUM62 для последовательностей белков или значение 16 и матрица EDNAFULL для
нуклеотидные последовательности. Значение по умолчанию: @ ($ (acdprotein)? 14: 16)
-гапэкстенд целое
Штраф за длину промежутка или удлинение промежутка добавляется к стандартному штрафу за промежуток.
каждое основание или остаток в промежутке. Вот как штрафуются длинные пропуски. Обычно вы будете
ожидайте несколько длинных промежутков, а не много коротких, поэтому штраф за удлинение промежутка
должно быть меньше, чем штраф за разрыв. Исключение составляют случаи, когда одна или обе последовательности
единичные чтения с возможными ошибками секвенирования, и в этом случае вы ожидаете много
одиночные базовые зазоры. Вы можете получить этот результат, установив штраф за разрыв равным нулю (или очень
низкий) и использование штрафа за удлинение пробела для управления подсчетом пробелов. Значение по умолчанию:
@ ($ (acdprotein)? 4: 4)
Результат .
-выходной файл выравнивать
Используйте матчере онлайн с помощью сервисов onworks.net
