АнглийскийФранцузскийНемецкийИтальянскийПортугальскийРусскийИспанский

Значок OnWorks

mauveAligner - Интернет в облаке

Запустите mauveAligner в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это команда mauveAligner, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


mauveAligner - эффективное построение множественных выравниваний генома

СИНТАКСИС


mauveAligner [параметры] ...
имя файла>

ОПИСАНИЕ


Алгоритмы выравнивания mauveAligner и прогрессивный Mauve были реализованы как
программы командной строки, включенные в загружаемое программное обеспечение Mauve. Когда бежишь из
в командной строке эти программы предоставляют параметры, которые еще не доступны в графическом интерфейсе.

ОПЦИИ


--output =Имя выходного файла.
Печатает на экран по умолчанию

- мамы Найдите только MUM, не пытайтесь определять локально коллинеарные блоки (LCB)

- без рекурсии Не выполнять рекурсивную идентификацию якоря (подразумевает
- выравнивание без зазора)

--no-lcb-extension При определении LCB не пытайтесь расширить LCB.

- размер семян =Размер начального совпадения, по умолчанию - log_2 (средняя длина последовательности)

--max-extension-iterations =Ограничьте расширения LCB этим количеством попыток,
по умолчанию 4

- исключить включения Устранение связанных включений в совпадениях подмножеств.

--weight =Минимальный вес LCB в парах оснований на последовательность

--match-input =Использовать указанный файл соответствия вместо поиска совпадений

--lcb-match-input Указывает, что входной файл совпадений содержит совпадения, которые были
сгруппированы в LCB

--lcb-input =Использовать указанный файл lcb вместо построения LCB (пропускает LCB
поколение)

--scratch-path =Для больших геномов используйте каталог для хранения временных данных.
Следует давать два или более раз с разными путями.

--id-matrix =Сгенерируйте статистику LCB и запишите ее в указанный файл

--island-size =Найдите острова больше указанного числа

--island-output =Вывести острова данного файла (требуется - размер острова)

--backbone-size =Найдите участки позвоночника длиннее заданного количества п.н.

--max-backbone-gap =Позвольте позвоночнику быть прерванным зазорами до этой длины в
бп

--backbone-output =Вывести острова данного файла (требуется - размер острова)

--coverage-output =Вывести список покрытия в указанный файл (- для стандартного вывода)

- повторяет Создает повторяющуюся карту. Можно указать только одну последовательность

--output-guide-tree =Запишите дерево направляющих в указанный файл

--коллинеарен Предположим, что входные последовательности коллинеарны - в них нет перегруппировок.

Пробел выравнивание управления:
- выравнивание без зазора Не выполняйте выравнивание с зазором

--max-gapped-aligner-length =Максимальное количество пар оснований для попытки выравнивания с
выравниватель с зазором

--min-рекурсивная-длина-зазора =Минимальный размер промежутков, которые Mauve будет выполнять рекурсивно
Привязка MUM включена (по умолчанию 200)

Подписанный перестановка матрица опции:
--permutation-matrix-output =Запишите LCB в виде матрицы перестановок со знаком в
данный файл

--перестановка-матрица-минимальный вес =Матрица перестановок будет написана для каждого
набор LCB с весом между этим значением и значением --масса

центровка выходной опции:
--alignment-output-dir =Выводит набор файлов выравнивания (по одному на каждый LCB) в
данный каталог

--alignment-output-format =Выбирает выходной формат для --alignment-output-dir

--output-alignment =Запишите выравнивание формата XMFA в указанный файл

Поддерживаемые выходные форматы выравнивания: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon.

Используйте mauveAligner онлайн с помощью сервисов onworks.net


Ad


Ad

Новейшие онлайн-программы для Linux и Windows