АнглийскийФранцузскийИспанский

Ad


Значок OnWorks

mauveAligner - Интернет в облаке

Запустите mauveAligner в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS

Это команда mauveAligner, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


mauveAligner - эффективное построение множественных выравниваний генома

СИНТАКСИС


mauveAligner [параметры] ...
имя файла>

ОПИСАНИЕ


Алгоритмы выравнивания mauveAligner и прогрессивный Mauve были реализованы как
программы командной строки, включенные в загружаемое программное обеспечение Mauve. Когда бежишь из
в командной строке эти программы предоставляют параметры, которые еще не доступны в графическом интерфейсе.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ


--output =Имя выходного файла.
Печатает на экран по умолчанию

- мамы Найдите только MUM, не пытайтесь определять локально коллинеарные блоки (LCB)

- без рекурсии Не выполнять рекурсивную идентификацию якоря (подразумевает
- выравнивание без зазора)

--no-lcb-расширение При определении LCB не пытайтесь расширить LCB.

- размер семян =Размер начального совпадения, по умолчанию - log_2 (средняя длина последовательности)

--max-extension-iterations =Ограничьте расширения LCB этим количеством попыток,
по умолчанию 4

- исключить включения Устранение связанных включений в совпадениях подмножеств.

--weight =Минимальный вес LCB в парах оснований на последовательность

--match-input =Использовать указанный файл соответствия вместо поиска совпадений

--lcb-match-input Указывает, что входной файл совпадений содержит совпадения, которые были
сгруппированы в LCB

--lcb-input =Использовать указанный файл lcb вместо построения LCB (пропускает LCB
поколение)

--scratch-path =Для больших геномов используйте каталог для хранения временных данных.
Следует давать два или более раз с разными путями.

--id-matrix =Сгенерируйте статистику LCB и запишите ее в указанный файл

--island-size =Найдите острова больше указанного числа

--island-output =Вывести острова данного файла (требуется - размер острова)

--backbone-size =Найдите участки позвоночника длиннее заданного количества п.н.

--max-backbone-gap =Позвольте позвоночнику быть прерванным зазорами до этой длины в
бп

--backbone-output =Вывести острова данного файла (требуется - размер острова)

--coverage-output =Вывести список покрытия в указанный файл (- для стандартного вывода)

- повторяет Создает повторяющуюся карту. Можно указать только одну последовательность

--output-guide-tree =Запишите дерево направляющих в указанный файл

--коллинеарен Предположим, что входные последовательности коллинеарны - в них нет перегруппировок.

Пробел выравнивание управления:
- выравнивание без зазора Не выполняйте выравнивание с зазором

--max-gapped-aligner-length =Максимальное количество пар оснований для попытки выравнивания с
выравниватель с зазором

--min-рекурсивная-длина-зазора =Минимальный размер промежутков, которые Mauve будет выполнять рекурсивно
Привязка MUM включена (по умолчанию 200)

Подписанный перестановка матрица опции:
--permutation-matrix-output =Запишите LCB в виде матрицы перестановок со знаком в
данный файл

--перестановка-матрица-минимальный вес =Матрица перестановок будет написана для каждого
набор LCB с весом между этим значением и значением --масса

центровка выходной опции:
--alignment-output-dir =Выводит набор файлов выравнивания (по одному на каждый LCB) в
данный каталог

--alignment-output-format =Выбирает выходной формат для --alignment-output-dir

--output-alignment =Запишите выравнивание формата XMFA в указанный файл

Поддерживаемые выходные форматы выравнивания: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon.

Используйте mauveAligner онлайн с помощью сервисов onworks.net


Бесплатные серверы и рабочие станции

Скачать приложения для Windows и Linux

  • 1
    DivFix ++
    DivFix ++
    DivFix++ - ваш ремонт видео AVI и
    программное обеспечение для предварительного просмотра. Он предназначен для ремонта
    и файлы предварительного просмотра, которые доступны для скачивания
    от ed2k(emule), торрент, gnutella, ftp...
    Скачать ДивФикс++
  • 2
    Сообщество JBoss
    Сообщество JBoss
    Общественные проекты с участием
    последние инновации для передовых технологий
    Программы. Наш флагманский проект JBoss AS
    ведущий Open Source,
    соответствует стандартам...
    Скачать сообщество JBoss
  • 3
    Джанго Филер
    Джанго Филер
    django Filer — это система управления файлами.
    приложение для django, которое делает
    обработка файлов и изображений на одном дыхании.
    django-filer — это файловый менеджер.
    приложение для джанг...
    Скачать Джанго Филер
  • 4
    хCAT
    хCAT
    Инструментарий экстремального администрирования кластера.
    xCAT — это масштабируемое средство управления кластером.
    и инструмент обеспечения, который обеспечивает
    аппаратное управление, обнаружение и ОС
    дисковый/ди...
    Скачать xCAT
  • 5
    Фунтов на квадратный дюйм
    Фунтов на квадратный дюйм
    Psi — кроссплатформенный мощный XMPP
    клиент, предназначенный для опытных пользователей.
    Есть сборки для MS
    Windows, GNU/Linux и macOS. Аудитория:
    Конечные пользователи...
    Скачать Пси
  • 6
    Блобби залп 2
    Блобби залп 2
    Официальное продолжение знаменитого
    Аркадная игра Blobby Volley 1.x..
    Аудитория: конечные пользователи / рабочий стол. Пользователь
    интерфейс: OpenGL, SDL. Программирование
    Язык: С++, Луа. С...
    Скачать Blobby Volley 2
  • Больше »

Команды Linux

Ad