Это команда mcmc_analysis, которую можно запустить в провайдере бесплатного хостинга OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
mcmc_analysis - Анализ MCMC
СИНТАКСИС
mcmc_anaанализ [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ] MCMC-данные ...
ОПИСАНИЕ
Эта программа считывает вывод MCMC из одного или нескольких файлов из программ в BEEP
упаковка. Важно, чтобы в каждом входном файле присутствовали одни и те же столбцы.
Формат ввода:
Вывод из итераций MCMC по формату
в котором
логарифм вероятности в формате с плавающей запятой
это пробел табуляции, разделяющий поля
целое число для порядкового номера итерации
это список полей, разделенных точкой с запятой, содержащих
параметры MCMC.
Параметры MCMC набираются и получают имена в первой строке файла,
который находится в формате
# L N [ ( )] +
Имена должны быть уникальными, но не обязательно. В это один
of
плавать
логфлот
целое
дерево
ортологияпары
и используется для вывода о том, как разобрать и проанализировать остальные строки.
Выходной формат:
Отчет о прогоне MCMC с апостериорными оценками параметров.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-b [FLOAT | INT]
Процент (0 <= x <1) или количество (x является целым числом> = 1) входных данных, которые должны быть
отброшено как горение. По умолчанию: 0.1.
-p STRING
Постройте параметр с именем . Выходные данные - два столбца, номер итерации и
значение параметра на итерации.
-i STRING
Игнорируйте указанный параметр. См. Строку заголовка в выходных данных MCMC для имен столбцов. Ты
может называть сразу несколько столбцов в формате с разделителями-запятыми (например, -i
Длина, Имя). Между именами столбцов не допускаются пробелы.
-t Выведите LaTex для анализа.
-l Подсчитайте и сообщите количество образцов во входном файле.
-МП NT Максимальное количество точек для построения.
-сп Четко укажите точки на графиках.
-кода Выходной файл для пакета CODA в R
-деревья
То же, что и -coda, но включает параметры дерева. Каждое дерево выводится как целочисленный идентификатор.
(порядок посещения в цепочке, 1,2, ...). Обязательно используйте -i, чтобы скрыть деревья
содержащие длины / времена / скорости.
-P Параллельные цепи. Это означает, что перечислены несколько файлов (параллельных) образцов.
URL
Домашняя страница prime-phylo: http://prime.sbc.su.se
Используйте mcmc_analysis онлайн с помощью сервисов onworks.net
