mia-3ddistance-stats - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mia-3ddistance-stats - Оценивает статистику расстояния для двух помеченных изображений.

СИНТАКСИС

mia-3ddistance-stats -i -r -o [опции]

ОПИСАНИЕ

mia-3ddistance-stats Эта программа используется для оценки расстояния между одинаковыми
отмеченные области на двух изображениях. Выходной файл - это файл csv, содержащий расстояния для
каждая помеченная координата на тестовом изображении в следующей форме:

метка, n-образцов, расстояние, расстояние, ...

Простая программа R для получения статистики по меткам из этих данных будет выглядеть так:

args <- commandArgs (ИСТИНА)
данные <- read.csv (args [1], header = FALSE)
for (i in 1: dim (data) [1]) {
строка <- данные [i,]
label <- as.integer (строка [1])
end_range <- 2 + as.numeric (строка [2])
s <- as.numeric (строка [3: end_range])
результат <- sprintf ("% d% 8.4f% 8.4f% 8.4f% 8.4f0
метка, среднее (s), sqrt (var (s)), median (s), max (s))
кот (результат)
}

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Файл-IO
-i --in-labels = (ввод, обязательно); io
изображение метки ввода. Поддерживаемые типы файлов см. в разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / io.

-r --ref-labels = (ввод, обязательно); io
изображение метки ссылки Поддерживаемые типы файлов см. в разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / io

-l --label-map = (ввод); нить
необязательное отображение номеров этикеток

-o --out-file = (вывод, обязательно); нить
имя выходного файла для записи расстояний. Выходной файл - это файл csv,
с указанием расстояний, указанных для каждой этикетки.

Документи & Инфо
-V --verbose = предупреждение
многословность вывода, печать сообщений заданного уровня и более высокого приоритета.
Поддерживаемые приоритеты, начиная с самого низкого уровня:
info - Сообщения низкого уровня
прослеживать - Трассировка вызова функции
неудача - Сообщать об ошибках тестирования
предупреждение - Предупреждения
ошибка - Сообщать об ошибках
отлаживать - Вывод отладки
сообщение - Нормальные сообщения
роковой - Сообщать только о фатальных ошибках

--авторское право
распечатать информацию об авторских правах

-ч --помощь
распечатать эту справку

-? --использование
распечатать краткую справку

--версия
распечатайте номер версии и выйдите

Обработка
--threads = -1
Максимальное количество потоков для обработки, это число должно быть меньше
или равно количеству ядер логического процессора в машине. (-1:
автоматическая оценка) .Максимальное количество потоков для обработки.
число должно быть меньше или равно количеству ядер логического процессора в
машина. (-1: автоматическая оценка).

ПЛАГИНЫ: 3dimage / io

анализировать Проанализировать изображение 7.5

Распознаваемые расширения файлов: .HDR, .hdr.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком, 32 бит со знаком, 32 бита с плавающей запятой,
64 бит с плавающей запятой

пул данных Виртуальный ввод-вывод во внутренний пул данных и из него

Распознаваемые расширения файлов:. @

DICOM Серия изображений Dicom как 3D

Распознаваемые расширения файлов: .DCM, .dcm.

Поддерживаемые типы элементов:
16 бит со знаком, 16 бит без знака

hdf5 HDF5 3D изображение IO

Распознаваемые расширения файлов: .H5, .h5.

Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 64-разрядный со знаком, 64-разрядный без знака, с плавающей запятой
точка 32 бит, с плавающей точкой 64 бит

Inria Изображение INRIA

Распознаваемые расширения файлов: .INR, .inr.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой

MHD MetaIO 3D image IO с использованием реализации VTK (экспериментальная).

Распознаваемые расширения файлов: .MHA, .MHD, .mha, .mhd.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой

изящный NIFTI-1 3D изображение IO

Распознаваемые расширения файлов: .NII, .nii.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, без знака 32 бит, знак 64 бит, без знака 64 бит, с плавающей запятой 32
бит, с плавающей запятой 64 бит

ВФФ Растровый формат VFF Sun

Распознаваемые расширения файлов: .VFF, .vff.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком

перспектива 3D вид

Распознаваемые расширения файлов: .V, .VISTA, .v, .vista.

Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит

ВТИ 3D-изображение VTK-XML, ввод и вывод (экспериментально).

Распознаваемые расширения файлов: .VTI, .vti.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой

ВТК Ввод и вывод устаревших изображений 3D VTK (экспериментально).

Распознаваемые расширения файлов: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage.

Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит

ПРИМЕР

Оцените расстояния для каждой метки, доступной в image.v, до соответствующих меток в
ссылка на изображение. v и сохраняет результат в виде списка значений, разделенных запятыми, т.е.
Distance.csv.

mia-3ddistance-stats -i image.v -r reference.v -o distance.csv

Авторы)

Герт Волльни

АВТОРСКИЕ ПРАВА

Это программное обеспечение защищено авторскими правами (c) 1999-2015 гг., Лейпциг, Германия, и Мадрид, Испания. Это приходит
с СОВЕРШЕННО ОТСУТСТВИЕМ ГАРАНТИЙ, и вы можете распространять его в соответствии с условиями GNU
ОБЩАЯ ОБЩЕСТВЕННАЯ ЛИЦЕНЗИЯ Версия 3 (или новее). Для получения дополнительной информации запустите программу с
вариант '- авторское право'.

Используйте mia-3ddistance-stats онлайн с помощью сервисов onworks.net