mia-3dnonrigidreg - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mia-3dnonrigidreg - Нелинейная регистрация 3D изображений

СИНТАКСИС

миа-3днонригидрег -i -r -o [опции]

ОПИСАНИЕ

миа-3днонригидрег Эта программа реализует регистрацию двух трехмерных изображений в градациях серого.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Документи & Инфо
-V --verbose = предупреждение
многословность вывода, печать сообщений заданного уровня и более высокого приоритета.
Поддерживаемые приоритеты, начиная с самого низкого уровня:
info - Сообщения низкого уровня
прослеживать - Трассировка вызова функции
неудача - Сообщать об ошибках тестирования
предупреждение - Предупреждения
ошибка - Сообщать об ошибках
отлаживать - Вывод отладки
сообщение - Нормальные сообщения
роковой - Сообщать только о фатальных ошибках

--авторское право
распечатать информацию об авторских правах

-ч --помощь
распечатать эту справку

-? --использование
распечатать краткую справку

--версия
распечатайте номер версии и выйдите

IO
-i --in-image = (ввод, обязательно); io
тестовое изображение Поддерживаемые типы файлов см. в разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / io

-r --ref-image = (ввод, обязательно); io
эталонное изображение Поддерживаемые типы файлов см. в разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / io.

-o --out-image = (вывод, обязательно); io
зарегистрированное выходное изображение Поддерживаемые типы файлов см. в разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / io

-t --transformation = (вывод); io
преобразование вывода Для поддерживаемых типов файлов см. ПЛАГИНЫ: 3dtransform / io

Обработка
--threads = -1
Максимальное количество потоков для обработки, это число должно быть меньше
или равно количеству ядер логического процессора в машине. (-1:
автоматическая оценка) .Максимальное количество потоков для обработки.
число должно быть меньше или равно количеству ядер логического процессора в
машина. (-1: автоматическая оценка).

Регистрация
-l --levels = 3
уровни с несколькими разрешениями

-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.1
Оптимизатор, используемый для минимизации Оптимизатор, используемый для минимизации Для
поддерживаемые плагины см. ПЛАГИНЫ: Minimizer / singlecost

-f --transForm = spline: rate = 10
тип преобразованияТип преобразования Список поддерживаемых плагинов см.
ПЛАГИНЫ: 3dimage / transform

ПЛАГИНЫ: 1d / пространственное ядро

cdiff Ядро центрального разностного фильтра, используются зеркальные граничные условия.

(без параметров)

гаусс ядро пространственного фильтра Гаусса, поддерживаемые параметры:

w = 1; uint в [0, inf)
половина ширины фильтра.

ПЛАГИНЫ: 1d / сплайнbc

зеркало Граничные условия сплайн-интерполяции, отражающие границу

(без параметров)

повторять Граничные условия сплайновой интерполяции, повторяющие значение на границе

(без параметров)

нуль Граничные условия сплайн-интерполяции, предполагающие ноль для значений за пределами

(без параметров)

ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

сплайн Создание ядра B-сплайна, поддерживаемые параметры:

d = 3; int в [0, 5]
Степень сплайна.

омомы Создание ядра OMoms-сплайна, поддерживаемые параметры:

d = 3; int в [3, 3]
Степень сплайна.

ПЛАГИНЫ: 3Dизображение / объединитель

абсдифф Объединитель изображений 'absdiff'

(без параметров)

Добавить Объединитель изображений 'добавить'

(без параметров)

DIV Объединитель изображений 'div'

(без параметров)

мул Объединитель изображений 'mul'

(без параметров)

ниже Объединитель изображений sub

(без параметров)

ПЛАГИНЫ: 3дизображение / стоимость

ЛНКК локальная нормализованная взаимная корреляция с поддержкой маскирования., поддерживаемые параметры
составляют:

w = 5; uint в [1, 256]
половина ширины окна, используемого для оценки локализованного креста
корреляция.

mi Взаимная информация на основе сплайнового синтаксического анализа, поддерживаемые параметры:

вырезать = 0; float в [0, 40]
Процент пикселей, которые нужно вырезать при высокой и низкой интенсивности, чтобы удалить
выбросы.

МБин = 64; uint в [1, 256]
Количество интервалов гистограммы, используемых для движущегося изображения.

mkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
Сплайн-ядро для парзен движущихся изображений хинстограммы. Для поддерживаемых плагинов
см. ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

рбинс = 64; uint в [1, 256]
Количество интервалов гистограммы, используемых для эталонного изображения.

rkkernel = [bspline: d = 0]; фабрика
Сплайн-ядро для эталонного изображения парзен хинстограммы. Для поддерживаемого плагина
ins см. ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

НКК нормализованная взаимная корреляция.

(без параметров)

NGF Эта функция оценивает сходство изображения на основе нормализованного градиента.
поля. Учитывая нормализованные поля градиента $ _S $ изображения src и $ _R $ изображения
ref image реализованы различные оценщики., поддерживаемые параметры:

Eval = ds; диктовать
подтип плагина (sq, ds, dot, cross). Поддерживаемые значения:
ds - квадрат масштабной разницы
dot - ядро ​​скалярного произведения
пересекать - ядро ​​кросс-продукта

SSD Стоимость 3D-изображения: сумма квадратов разностей, поддерживаемые параметры:

автоматическая обмолота = 0; float в [0, 1000]
Используйте автоматическое маскирование движущегося изображения, принимая только значения интенсивности
в счет, превышающий заданный порог.

норма = 0; логический
Установите, следует ли нормализовать метрику по количеству пикселей изображения.

ssd-автомаска
Стоимость 3D-изображения: сумма квадратов разностей с автоматическим заданием на основе заданных
пороговые значения, поддерживаемые параметры:

молотить = 0; двойной
Значение пороговой интенсивности для эталонного изображения.

стреш = 0; двойной
Значение пороговой интенсивности для исходного изображения.

ПЛАГИНЫ: 3-е изображение / фильтр

полосовой полосовой фильтр интенсивности, поддерживаемые параметры:

Макс = 3.40282e + 38; плавать
максимум полосы.

мин = 0; плавать
минимум полосы.

преобразовать в двоичную форму фильтр бинаризации изображения, поддерживаемые параметры:

Макс = 3.40282e + 38; плавать
максимум допустимого диапазона.

мин = 0; плавать
минимум допустимого диапазона.

Закрыть морфологически близкие, поддерживаемые параметры:

намекать = черный; нить
намек на содержание основного изображения (черный | белый).

формировать = [сфера: r = 2]; фабрика
структурирующий элемент. Информацию о поддерживаемых надстройках см. В разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / shape.

объединитель Объедините два изображения с данным оператором объединителя. если 'reverse' установлен на
false, первый оператор - это изображение, прошедшее через конвейер фильтра, и
второе изображение загружается из файла, заданного параметром image
на момент запуска фильтра. поддерживаются следующие параметры:

изображение = (ввод, обязательный, строка)
второй образ, который нужен в комбайнере.

op = (обязательно, заводская)
Объединитель изображений, применяемый к изображениям. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 3Dimage / Combiner

обратный = 0; логический
измените порядок, в котором изображения передаются объединителю.

конвертировать фильтр преобразования формата пикселей изображения, поддерживаемые параметры:

a = 1; плавать
параметр линейного преобразования a.

b = 0; плавать
параметр линейного преобразования b.

карта = opt; диктовать
преобразование отображение. Поддерживаемые значения:
выбирать - применить линейное преобразование, которое отображает реальный входной диапазон на
полный выходной диапазон
ассортимент - применить линейное преобразование, которое отображает тип входных данных
диапазон к диапазону типа выходных данных
копия - копировать данные при конвертации
линейный - применить линейное преобразование x -> a * x + b
оптстат - применить линейное преобразование, которое отображает на основе входного среднего и
изменение до полного диапазона мощности

Repn = убайт; диктовать
тип выходного пикселя. Поддерживаемые значения:
никто - тип пикселя не определен
плавать - с плавающей запятой 32 бита
SByte - подписанный 8 бит
ULONG - беззнаковый 64-битный
двойной - с плавающей запятой 64 бита
синт - подписанный 32 бит
USHORT - беззнаковый 16-битный
коротышка - подписанный 16 бит
UINT - беззнаковый 32-битный
слонг - подписанный 64 бит
бит - двоичные данные
UBYTE - беззнаковый 8-битный

урожай Обрезать область изображения, область всегда привязана к исходному изображению.
size в том смысле, что данный диапазон сохраняется., поддерживаемые параметры:

конец = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; обтекаемый
конец диапазона обрезки, максимум = (-1, -1, -1).

Начало = [[0,0,0]]; обтекаемый
начало диапазона обрезки.

Разбавить Расширяющий фильтр стека трехмерных изображений, поддерживаемые параметры:

намекать = черный; нить
намек на содержание основного изображения (черный | белый).

формировать = [сфера: r = 2]; фабрика
структурирующий элемент. Информацию о поддерживаемых надстройках см. В разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / shape.

расстояние Оцените трехмерное преобразование расстояния изображения. Если изображение представляет собой двоичную маску,
то результат преобразования расстояния в каждой точке соответствует евклидову
расстояние до маски. Если входное изображение имеет значение скалярного пикселя, то
этот скаляр интерпретируется как высокое поле, и значение на пиксель прибавляется к
расстояние.

(без параметров)

уменьшать масштаб Уменьшите масштаб входного изображения, используя заданный размер блока, чтобы определить масштаб
фактор. Перед масштабированием изображение фильтруется сглаживающим фильтром, чтобы
устранять высокочастотные данные и избегать артефактов наложения спектров., поддерживается
параметры:

b = [[1,1,1]]; 3 дБ
размер блока.

bx = 1; uint в [1, inf)
размер блока в направлении x.

by = 1; uint в [1, inf)
размер блока в направлении y.

bz = 1; uint в [1, inf)
размер блока в направлении z.

ядро = гаусс; нить
ядро сглаживающего фильтра, размер фильтра оценивается
в зависимости от размера блока ..

разъедать Фильтр размытия стека трехмерных изображений, поддерживаемые параметры:

намекать = черный; нить
намек на содержание основного изображения (черный | белый).

формировать = [сфера: r = 2]; фабрика
структурирующий элемент. Информацию о поддерживаемых надстройках см. В разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / shape.

гаусс изотропный 3D-фильтр Гаусса, поддерживаемые параметры:

w = 1; int в [0, inf)
параметр ширины фильтра.

Gradnorm Фильтр трехмерного изображения в градиентную норму

(без параметров)

маска Используйте входную двоичную маску и эталонное изображение в градациях серого для увеличения области
добавляя соседние пиксели уже добавленного пикселя, если они имеют меньшее
интенсивность выше заданного порога., поддерживаемые параметры:

мин = 1; плавать
нижний порог нарастания маски.

ссылка = (ввод, обязательный, строка)
эталонное изображение для наращивания области маски.

формировать = 6n; фабрика
маска соседства. Информацию о поддерживаемых надстройках см. В разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / shape.

инвертировать фильтр инвертирования интенсивности

(без параметров)

изовоксель Этот фильтр масштабирует изображение, чтобы сделать размер вокселя изометрическим, а его размер - равным.
соответствуют заданному значению, поддерживаемые параметры:

интерп = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполяции, которое будет использоваться. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

размер = 1; плавать в (0, inf)
размер изометрического целевого вокселя.

kсредний Фильтр k-средних трехмерных изображений. В выходном изображении значение пикселя представляет собой
членство в классе и центры классов хранятся как атрибуты изображения.,
поддерживаемые параметры:

c = 3; int в [2, inf)
количество классов.

этикетка Фильтр для маркировки связанных компонентов двоичного изображения., Поддерживается
параметры:

n = 6n; фабрика
маска соседства. Информацию о поддерживаемых надстройках см. В разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / shape.

меткакарта Фильтр изображений для переназначения идентификаторов ярлыков. Применимо только к изображениям с целочисленным значением
интенсивности / метки., поддерживаемые параметры:

карта = (ввод, обязательный, строка)
Файл сопоставления меток.

этикетка
Фильтр, который создает только выходные воксели, которые уже созданы на входе.
изображение. Масштабирование осуществляется с помощью алгоритмов голосования, которые выбирают цель.
значение пикселя на основе наибольшего количества пикселей определенной метки в
соответствующий исходный регион. Если регион состоит из двух меток с одинаковыми
count, побеждает тот, у кого меньшее число., поддерживаемые параметры:

не по размеру = (обязательно, 3дграницы)
целевой размер задан двумя значениями, разделенными запятыми.

загрузка Загрузите входное изображение из файла и используйте его для замены текущего изображения в
pipeline., поддерживаемые параметры:

файл = (ввод, обязательный, строка)
имя входного файла для загрузки ..

lvdownscale
Это фильтр уменьшения масштаба для голосования по ярлыкам. Он уменьшает масштаб трехмерного изображения по блокам.
Для каждого блока метка (отличная от нуля), которая чаще всего встречается в блоке, выглядит так:
выдается как выходной пиксель в целевом изображении. Если на двух метках отображается один и тот же номер
Иногда побеждает тот, у кого меньшее абсолютное значение. Поддерживаются следующие параметры:

b = [[1,1,1]]; 3 дБ
размер блока для уменьшения масштаба. Каждый блок будет представлен одним пикселем
в целевом изображении ..

маска Замаскируйте изображение, одно изображение берется из списка параметров, а другое - из
нормальный вход фильтра. Оба изображения должны быть одинакового размера, и одно должно быть
быть двоичным. Атрибуты изображения, проходящего через конвейер фильтров:
сохранились. Тип выходного пикселя соответствует входному изображению, которое не
двоичный., поддерживаемые параметры:

вход = (ввод, обязательный, строка)
имя файла второго входного изображения.

значить Фильтр среднего значения 3D-изображения, поддерживаемые параметры:

w = 1; int в [1, inf)
половина ширины фильтра.

медиана медианный 3D-фильтр, поддерживаемые параметры:

w = 1; int в [1, inf)
параметр ширины фильтра.

MLV Фильтр «Среднее значение наименьшей дисперсии» для 3D-изображений, поддерживаемые параметры:

w = 1; int в [1, inf)
параметр ширины фильтра.

мснормализатор
Нормализующий фильтр среднего сигма трехмерного изображения, поддерживаемые параметры:

w = 1; int в [1, inf)
половина ширины фильтра.

открытый морфологические открытые, поддерживаемые параметры:

намекать = черный; нить
намек на содержание основного изображения (черный | белый).

формировать = [сфера: r = 2]; фабрика
структурирующий элемент. Информацию о поддерживаемых надстройках см. В разделе ПЛАГИНЫ: 3dimage / shape.

переориентировать Фильтр переориентации 3D изображения, поддерживаемые параметры:

карта = xyz; диктовать
будет применено картографирование ориентации. Поддерживаемые значения:
п-зкси - переставить x-> y-> z-> x
р-х180 - повернуть вокруг оси x по часовой стрелке на 180 градусов
хуг - держать ориентацию
p-yzx - переставить x-> z-> y-> x
р-з180 - повернуть вокруг оси Z по часовой стрелке на 180 градусов
р-у270 - повернуть вокруг оси Y по часовой стрелке на 270 градусов
fxz - перевернуть xz
ф-уз - перевернуть yz
р-х90 - повернуть вокруг оси x по часовой стрелке на 90 градусов
р-у90 - повернуть вокруг оси Y по часовой стрелке на 90 градусов
р-х270 - повернуть вокруг оси x по часовой стрелке на 270 градусов
р-з270 - повернуть вокруг оси Z по часовой стрелке на 270 градусов
р-з90 - повернуть вокруг оси Z по часовой стрелке на 90 градусов
ф-ху - перевернуть xy
р-у180 - повернуть вокруг оси Y по часовой стрелке на 180 градусов

изменить размер Измените размер изображения. Исходные данные центрируются в изображении нового размера.,
поддерживаемые параметры:

размер = [[0,0,0]]; обтекаемый
новый размер изображения размер 0 указывает на сохранение размера для
соответствующий размер ..

песок Соль и перец 3d фильтр, поддерживаемые параметры:

молотить = 100; с плавающей точкой в ​​[0, inf)
пороговое значение.

w = 1; int в [1, inf)
параметр ширины фильтра.

лестница Фильтр трехмерного изображения, масштабируемый до заданного целевого размера, поддерживаемые параметры:

интерп = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполяции, которое будет использоваться. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3 дБ
целевой размер для одновременной установки всех компонентов (компонент 0: использовать входное изображение
размер).

sx = 0; uint в [0, inf)
целевой размер в направлении x (0: использовать размер входного изображения).

sy = 0; uint в [0, inf)
целевой размер в направлении y (0: использовать размер входного изображения).

sz = 0; uint в [0, inf)
целевой размер в направлении y (0: использовать размер входного изображения).

выберитебольшой Фильтр, который создает двоичную маску, представляющую интенсивность с наибольшим
количество пикселей. Значение пикселя 0 будет проигнорировано, и если две интенсивности имеют
такое же количество пикселей, то результат не определен. Входной пиксель должен иметь
интегральный тип пикселя.

(без параметров)

сепконв Разделительный фильтр свертки по интенсивности 3D-изображения, поддерживаемые параметры:

kx = [гаусс: ш = 1]; фабрика
ядро фильтра в x-направлении. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / spacialkernel

ky = [гаусс: ш = 1]; фабрика
ядро фильтра в y-направлении. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / spacialkernel

kz = [гаусс: ш = 1]; фабрика
ядро фильтра в z-направлении. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / spacialkernel

с.а.с. засеянный водоем. Алгоритм извлекает ровно столько реакций, сколько начальное.
метки даны в исходном изображении., поддерживаемые параметры:

град = 0; логический
Интерпретируйте входное изображение как градиент. .

отметка = 0; логический
Отметьте сегментированные водоразделы специальным значением шкалы серого.

n = [сфера: r = 1]; фабрика
Окрестности для растущего водоема. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 3dimage / shape

семя = (ввод, обязательный, строка)
исходное входное изображение, содержащее метки для начальных регионов.

тройник Сохраните входное изображение в файл, а также передайте его следующему фильтру,
поддерживаемые параметры:

файл = (вывод, обязательный, строка)
имя выходного файла для сохранения изображения ..

разжижение Трехмерное морфологическое прореживание на основе: Ли и Кашьяп, «Построение скелетных моделей».
с помощью трехмерных алгоритмов утончения медиальной поверхности / оси, графических моделей и изображений
Обработка, 56(6): 462-478, 1994. Эта реализация поддерживает только 26
окрестности.

(без параметров)

трансформировать Преобразовать входное изображение с заданным преобразованием., Поддерживаемые параметры
составляют:

файл = (ввод, обязательный, строка)
Имя файла, содержащего преобразование ..

безграничный знак равно нить
переопределить граничные условия интерполяции изображения.

imgkernel знак равно нить
переопределить ядро ​​интерполятора изображений.

дисперсия Фильтр дисперсии 3D-изображения, поддерживаемые параметры:

w = 1; int в [1, inf)
половина ширины фильтра.

ws базовая сегментация водоема, поддерживаемые параметры:

Эвалград = 0; логический
Установите значение 1, если входное изображение не представляет изображение нормы градиента.

отметка = 0; логический
Отметьте сегментированные водоразделы специальным значением шкалы серого.

n = [сфера: r = 1]; фабрика
Окрестности для растущего водоема. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 3dimage / shape

молотить = 0; с плавающей точкой в ​​[0, 1)
Порог относительной нормы градиента. Фактическое значение порогового значения равно
порог * (max_grad - min_grad) + min_grad. Басины разделены градиентами
с более низкой нормой будут объединены.

ПЛАГИНЫ: 3дизображение / полная стоимость

изображение Обобщенная функция стоимости сходства изображений, которая также работает с несколькими разрешениями
обработка. Фактическая мера сходства дается как дополнительный параметр.,
поддерживаемые параметры:

стоят = ssd; фабрика
Ядро функции стоимости. Информацию о поддерживаемых надстройках см. В разделе ПЛАГИНЫ: 3Dизображение / стоимость.

отлаживать = 0; логический
Сохраните промежуточные результаты для отладки.

ссылка = (ввод, строка)
Контрольное изображение.

SRC = (ввод, строка)
Изучите изображение.

вес = 1; плавать
вес функции стоимости.

этикетка
Функция стоимости сходства, которая отображает метки двух изображений и обрабатывает метки-
с сохранением обработки с несколькими разрешениями., поддерживаемые параметры:

максимальная метка = 256; int в [2, 32000]
максимальное количество ярлыков для рассмотрения.

ссылка = (ввод, строка)
Контрольное изображение.

SRC = (ввод, строка)
Изучите изображение.

вес = 1; плавать
вес функции стоимости.

замаскированный образ
Обобщенная функция стоимости сходства замаскированных изображений, которая также обрабатывает несколько
обработка разрешения. Предоставленные маски должны быть плотно заполненными областями в
обработка с несколькими разрешениями, поскольку в противном случае информация о маске может быть потеряна
при уменьшении изображения. Маска может быть предварительно отфильтрована - после предварительной фильтрации
маски должны быть битового типа. эталонная маска и преобразованная маска
изображения исследования объединяются бинарным И. Приведена фактическая мера сходства.
es дополнительный параметр., поддерживаемые параметры:

стоят = ssd; фабрика
Ядро функции стоимости. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 3dimage / maskedcost

ссылка = (ввод, строка)
Контрольное изображение.

реф-маска = (ввод, строка)
Маска эталонного изображения (двоичная).

ref-маска-фильтр знак равно фабрика
Фильтр для подготовки изображения эталонной маски, выходные данные должны быть двоичными.
image .. Для получения информации о поддерживаемых надстройках см. ПЛАГИНЫ: 3dimage / filter.

SRC = (ввод, строка)
Изучите изображение.

SRC-маска = (ввод, строка)
Маска исследуемого изображения (бинарная).

SRC-маска-фильтр знак равно фабрика
Фильтр для подготовки изображения маски исследования, выходные данные должны быть двоичными.
image .. Для получения информации о поддерживаемых надстройках см. ПЛАГИНЫ: 3dimage / filter.

вес = 1; плавать
вес функции стоимости.

помеченныйssd Оценивает меру сходства «Сумма квадратов разностей» с помощью трех
помеченные пары изображений. Значение функции затрат оценивается на основе всего изображения.
пары, но градиент составляется путем составления его компонента на основе тега
direction., поддерживаемые параметры:

рефлекс = (ввод, строка)
Эталонное изображение X-tag.

опровергать = (ввод, строка)
Эталонное изображение Y-тега.

ссылка = (ввод, строка)
Эталонное изображение Z-тега.

источник = (ввод, строка)
Изучите изображение X-tag.

серси = (ввод, строка)
Исследуйте Y-тег изображения.

SRCZ = (ввод, строка)
Изучите изображение Z-тега.

вес = 1; плавать
вес функции стоимости.

ПЛАГИНЫ: 3dimage / io

анализировать Проанализировать изображение 7.5

Распознаваемые расширения файлов: .HDR, .hdr.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком, 32 бит со знаком, 32 бита с плавающей запятой,
64 бит с плавающей запятой

пул данных Виртуальный ввод-вывод во внутренний пул данных и из него

Распознаваемые расширения файлов:. @

DICOM Серия изображений Dicom как 3D

Распознаваемые расширения файлов: .DCM, .dcm.

Поддерживаемые типы элементов:
16 бит со знаком, 16 бит без знака

hdf5 HDF5 3D изображение IO

Распознаваемые расширения файлов: .H5, .h5.

Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 64-разрядный со знаком, 64-разрядный без знака, с плавающей запятой
точка 32 бит, с плавающей точкой 64 бит

Inria Изображение INRIA

Распознаваемые расширения файлов: .INR, .inr.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой

MHD MetaIO 3D image IO с использованием реализации VTK (экспериментальная).

Распознаваемые расширения файлов: .MHA, .MHD, .mha, .mhd.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой

изящный NIFTI-1 3D изображение IO

Распознаваемые расширения файлов: .NII, .nii.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, без знака 32 бит, знак 64 бит, без знака 64 бит, с плавающей запятой 32
бит, с плавающей запятой 64 бит

ВФФ Растровый формат VFF Sun

Распознаваемые расширения файлов: .VFF, .vff.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком

перспектива 3D вид

Распознаваемые расширения файлов: .V, .VISTA, .v, .vista.

Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит

ВТИ 3D-изображение VTK-XML, ввод и вывод (экспериментально).

Распознаваемые расширения файлов: .VTI, .vti.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой

ВТК Ввод и вывод устаревших изображений 3D VTK (экспериментально).

Распознаваемые расширения файлов: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage.

Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит

ПЛАГИНЫ: 3дизображение / замаскированная стоимость

ЛНКК локальная нормализованная взаимная корреляция с поддержкой маскирования., поддерживаемые параметры
составляют:

w = 5; uint в [1, 256]
половина ширины окна, используемого для оценки локализованного креста
корреляция.

mi Взаимная информация на основе сплайнового синтаксического анализа с маскированием., Поддерживаемые параметры:

вырезать = 0; float в [0, 40]
Процент пикселей, которые нужно вырезать при высокой и низкой интенсивности, чтобы удалить
выбросы.

МБин = 64; uint в [1, 256]
Количество интервалов гистограммы, используемых для движущегося изображения.

mkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
Сплайн-ядро для парзен движущихся изображений хинстограммы. Для поддерживаемых плагинов
см. ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

рбинс = 64; uint в [1, 256]
Количество интервалов гистограммы, используемых для эталонного изображения.

rkkernel = [bspline: d = 0]; фабрика
Сплайн-ядро для эталонного изображения парзен хинстограммы. Для поддерживаемого плагина
ins см. ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

НКК нормализованная взаимная корреляция с поддержкой маскировки.

(без параметров)

SSD Сумма квадратов разностей с маскированием.

(без параметров)

ПЛАГИНЫ: 3-е изображение / форма

18n Создатель трехмерных фигур 18n

(без параметров)

26n Создатель трехмерных фигур 26n

(без параметров)

6n Создатель трехмерных фигур 6n

(без параметров)

сфера Замкнутое окружение сферической формы, включая пиксели в пределах заданного радиуса
r., поддерживаемые параметры:

r = 2; плавать в (0, inf)
радиус сферы.

ПЛАГИНЫ: 3Dизображение / преобразование

аффинное Аффинное преобразование (12 степеней свободы), поддерживаемые параметры:

безграничный = зеркало; фабрика
Граничные условия интерполяции изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполятора изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

Axerot Преобразование ограниченного вращения (1 степень свободы). Преобразование
ограничено вращением вокруг данной оси относительно данного вращения
центр, поддерживаемые параметры:

ось = (обязательно, 3dfvector)
ось вращения.

безграничный = зеркало; фабрика
Граничные условия интерполяции изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполятора изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

происхождения = (обязательно, 3dfvector)
центр трансформации.

изысканный Ограниченное аффинное преобразование (3 степени свободы). Преобразование
ограничено вращением вокруг данной оси и сдвигом по двум осям
перпендикулярно заданному, поддерживаемые параметры:

ось = (обязательно, 3dfvector)
ось вращения.

безграничный = зеркало; фабрика
Граничные условия интерполяции изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполятора изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

происхождения = (обязательно, 3dfvector)
центр трансформации.

жесткий Жесткое преобразование, т.е. вращение и перенос (шесть степеней свободы).,
поддерживаемые параметры:

безграничный = зеркало; фабрика
Граничные условия интерполяции изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполятора изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

происхождения = [[0,0,0]]; 3dfвектор
Относительный центр вращения, т.е. <0.5,0.5,0.5> соответствует центру
громкость.

вращение Преобразование вращения (три степени свободы), поддерживаемые параметры:

безграничный = зеркало; фабрика
Граничные условия интерполяции изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполятора изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

происхождения = [[0,0,0]]; 3dfвектор
Относительный центр вращения, т.е. <0.5,0.5,0.5> соответствует центру
громкость.

Rotbend Ограниченное преобразование (4 степени свободы). Преобразование
ограничено вращением вокруг осей x и y и изгибом вдоль оси x
оси, независимые в каждом направлении, причем изгиб увеличивается с увеличением
квадрат расстояния от оси вращения., поддерживаемые параметры:

безграничный = зеркало; фабрика
Граничные условия интерполяции изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполятора изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

норот = 0; логический
Не оптимизируйте вращение.

происхождения = (обязательно, 3dfvector)
центр трансформации.

сплайн Преобразование произвольной формы, описываемое набором коэффициентов B-сплайна
и базовое ядро ​​B-сплайна., поддерживаемые параметры:

анизорат = [[0,0,0]]; 3dfвектор
коэффициент анизотропии в пикселях, неположительные значения будут
перезаписывается значением 'rate' ..

отлаживать = 0; логический
включить дополнительный вывод отладки.

безграничный = зеркало; фабрика
Граничные условия интерполяции изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполятора изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

ядро = [bspline: d = 3]; фабрика
преобразование сплайнового ядра. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

штраф знак равно фабрика
Энергетический штраф за преобразование. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 3dtransform / splinepenalty

скорость = 10; с плавающей точкой в ​​[1, inf)
коэффициент изотропности в пикселях.

переведите Перевод (три степени свободы), поддерживаемые параметры:

безграничный = зеркало; фабрика
Граничные условия интерполяции изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполятора изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

vf Этот плагин реализует преобразование, которое определяет перевод для каждого
точка сетки, определяющая область преобразования., поддерживаемая
параметры:

безграничный = зеркало; фабрика
Граничные условия интерполяции изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; фабрика
ядро интерполятора изображений. Информацию о поддерживаемых надстройках см.
ПЛАГИНЫ: 1d / splinekernel

ПЛАГИНЫ: 3dtransform / io

BBS Двоичный (непереносимый) сериализованный ввод-вывод трехмерных преобразований

Распознаваемые расширения файлов: .bbs

пул данных Виртуальный ввод-вывод во внутренний пул данных и из него

Распознаваемые расширения файлов:. @

перспектива Хранение трехмерных преобразований Vista

Распознаваемые расширения файлов: .v, .v3dt.

XML XML-сериализованный ввод-вывод трехмерных преобразований

Распознаваемые расширения файлов: .x3dt

ПЛАГИНЫ: 3дтрансформ / шлицпенальти

дивкурл divcurl штраф за преобразование, поддерживаемые параметры:

виться = 1; с плавающей точкой в ​​[0, inf)
штрафной вес на локон.

DIV = 1; с плавающей точкой в ​​[0, inf)
штрафной вес за расхождение.

норма = 0; логический
Установите в 1, если штраф должен быть нормализован по отношению к изображению.
размер.

вес = 1; плавать в (0, inf)
масса штрафной энергии.

ПЛАГИНЫ: минимизатор / единовременная стоимость

гдас Градиентный спуск с автоматической коррекцией размера шага, поддерживаемые параметры:

фтолр = 0; удвоить в [0, inf)
Остановитесь, если относительное изменение критерия ниже ..

макс-шаг = 2; вдвое больше (0, бесконечность)
Максимальный абсолютный размер шага.

макситер = 200; uint в [1, inf)
Критерий остановки: максимальное количество итераций.

мин-шаг = 0.1; вдвое больше (0, бесконечность)
Минимальный абсолютный размер шага.

кстола = 0.01; удвоить в [0, inf)
Остановитесь, если inf-норма изменения, примененного к x, ниже этого значения.

GDSQ Градиентный спуск с оценкой квадратичного шага, поддерживаемые параметры:

фтолр = 0; удвоить в [0, inf)
Остановитесь, если относительное изменение критерия ниже ..

гтола = 0; удвоить в [0, inf)
Остановитесь, если инф-норма градиента ниже этого значения.

макситер = 100; uint в [1, inf)
Критерий остановки: максимальное количество итераций.

лестница = 2; вдвое больше (1, бесконечность)
Резервное масштабирование фиксированного размера шага.

шаг = 0.1; вдвое больше (0, бесконечность)
Начальный размер шага.

кстола = 0; удвоить в [0, inf)
Остановитесь, если inf-norm x-update ниже этого значения.

GSL плагин оптимизатора, основанный на мультиминных оптимизаторах Научной библиотеки GNU
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, поддерживаемые параметры:

прибыль на акцию = 0.01; вдвое больше (0, бесконечность)
Оптимизаторы на основе градиента: остановитесь, когда | grad | <eps, simplex: остановить, когда
размер симплекса <eps ..

трубчатый проход = 100; uint в [1, inf)
максимальное количество итераций.

выбирать = gd; диктовать
Будет использоваться конкретный оптимизатор. Поддерживаемые значения:
бфгс - Бройден-Флетчер-Гольдфарб-Шенн
бфгс2 - Бройден-Флетчер-Гольдфарб-Шенн (наиболее эффективная версия)
cg-fr - Алгоритм сопряженного градиента Флечера-Ривза
gd - Градиентный спуск.
симплекс - Симплексный алгоритм Нелдера и Мида
cg-pr - Алгоритм сопряженного градиента Полака-Рибиера

шаг = 0.001; вдвое больше (0, бесконечность)
начальный размер шага.

тол = 0.1; вдвое больше (0, бесконечность)
какой-то параметр допуска.

нлопт Алгоритмы минимизатора, использующие библиотеку NLOPT, для описания
оптимизаторы, пожалуйста, посмотрите 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms ', поддерживаемые параметры:

фтола = 0; удвоить в [0, inf)
Критерий остановки: абсолютное изменение целевого значения ниже
это значение.

фтолр = 0; удвоить в [0, inf)
Критерий остановки: относительное изменение целевого значения ниже
это значение.

высший = inf; двойной
Верхняя граница (одинаковая по всем параметрам).

местный выбор = нет; диктовать
алгоритм локальной минимизации, который может потребоваться для основных
алгоритм минимизации. Поддерживаемые значения:
gn-orig-direct-l - Разделение прямоугольников (оригинальная реализация,
локально предвзято)
гн-директ-л-носкаль - Разделение прямоугольников (немасштабированные, с локальным смещением)
GN-Isres - Улучшенная стратегия эволюции стохастического рейтинга.
лд-тньютон - Усеченный Ньютон
GN-Direct-L-Rand - Разделение прямоугольников (локально смещенное, рандомизированное)
Ин-Ньюоа - Безусловная оптимизация без производных итеративно
Построенная квадратичная аппроксимация
gn-direct-l-rand-noscale - Разделение прямоугольников (немасштабированные, локально
предвзятый, рандомизированный)
gn-оригинал-директ - Разделение прямоугольников (оригинальная реализация)
ld-tnewton-precond - Предварительно обусловленный усеченный Ньютон
ld-tnewton-перезагрузка - Усеченный Ньютон с перезапуском наискорейшего спуска
GN-прямой - Разделение прямоугольников
Ln-Neldermead - симплексный алгоритм Нелдера-Мида
лн-кобыла - Оптимизация с ограничениями посредством линейного приближения
GN-CRS2-LM - Управляемый случайный поиск с локальной мутацией
ld-var2 - Сдвинутый переменный показатель с ограниченной памятью, ранг 2
ld-var1 - Сдвинутый переменный показатель с ограниченной памятью, ранг 1
LD-MMA - Метод подвижных асимптот
ld-lbfgs-nocedal - Никто
ld-lbfgs - BFGS с низким хранением
gn-direct-l - Разделение прямоугольников (локально смещено)
никто - не указывать алгоритм
Ин-бобика - Оптимизация без производных с ограничениями
ln-sbplx - Подплексный вариант Нелдера-Мида
In-newuoa-bound - Оптимизация без производных с ограничениями по
Итеративно построенная квадратичная аппроксимация
лн-практика - Локальная оптимизация без градиентов через главную ось
Способ доставки
гн-директ-носкаль - Разделение прямоугольников (немасштабированные)
ld-tnewton-precond-перезагрузка - Предварительно обусловленный усеченный Ньютон с
перезапуск на крутом спуске

ниже = -inf; двойной
Нижняя граница (одинаковая по всем параметрам).

макситер = 100; int в [1, inf)
Критерий остановки: максимальное количество итераций.

выбирать = ld-lbfgs; диктовать
основной алгоритм минимизации. Поддерживаемые значения:
gn-orig-direct-l - Разделение прямоугольников (оригинальная реализация,
локально предвзято)
g-mlsl-lds - Многоуровневая одинарная связь (последовательность с низким несоответствием,
требуется оптимизация и границы на основе локального градиента)
гн-директ-л-носкаль - Разделение прямоугольников (немасштабированные, с локальным смещением)
GN-Isres - Улучшенная стратегия эволюции стохастического рейтинга.
лд-тньютон - Усеченный Ньютон
GN-Direct-L-Rand - Разделение прямоугольников (локально смещенное, рандомизированное)
Ин-Ньюоа - Безусловная оптимизация без производных итеративно
Построенная квадратичная аппроксимация
gn-direct-l-rand-noscale - Разделение прямоугольников (немасштабированные, локально
предвзятый, рандомизированный)
gn-оригинал-директ - Разделение прямоугольников (оригинальная реализация)
ld-tnewton-precond - Предварительно обусловленный усеченный Ньютон
ld-tnewton-перезагрузка - Усеченный Ньютон с перезапуском наискорейшего спуска
GN-прямой - Разделение прямоугольников
ауглаг-экв - Расширенный алгоритм Лагранжа с ограничениями равенства
только
Ln-Neldermead - симплексный алгоритм Нелдера-Мида
лн-кобыла - Оптимизация с ограничениями посредством линейного приближения
GN-CRS2-LM - Управляемый случайный поиск с локальной мутацией
ld-var2 - Сдвинутый переменный показатель с ограниченной памятью, ранг 2
ld-var1 - Сдвинутый переменный показатель с ограниченной памятью, ранг 1
LD-MMA - Метод подвижных асимптот
ld-lbfgs-nocedal - Никто
г-млсл - Многоуровневая одинарная связь (требуется локальная оптимизация и
границы)
ld-lbfgs - BFGS с низким хранением
gn-direct-l - Разделение прямоугольников (локально смещено)
Ин-бобика - Оптимизация без производных с ограничениями
ln-sbplx - Подплексный вариант Нелдера-Мида
In-newuoa-bound - Оптимизация без производных с ограничениями по
Итеративно построенная квадратичная аппроксимация
август - Расширенный алгоритм Лагранжа
лн-практика - Локальная оптимизация без градиентов через главную ось
Способ доставки
гн-директ-носкаль - Разделение прямоугольников (немасштабированные)
ld-tnewton-precond-перезагрузка - Предварительно обусловленный усеченный Ньютон с
перезапуск на крутом спуске
ld-slqp - Последовательное квадратичное программирование методом наименьших квадратов

шаг = 0; удвоить в [0, inf)
Начальный размер шага для методов без градиента.

остановить = -inf; двойной
Критерий остановки: значение функции падает ниже этого значения.

кстола = 0; удвоить в [0, inf)
Критерий остановки: абсолютное изменение всех значений x ниже этого
значения.

кстолр = 0; удвоить в [0, inf)
Критерий остановки: относительное изменение всех значений x ниже этого
значения.

ПРИМЕР

Зарегистрируйте изображение test.v в ссылку на изображение v с помощью преобразования сплайна с коэффициентом
ставим 5 и записываем зарегистрированное изображение в reg.v. Используйте два уровня разрешения, ssd как
функция стоимости изображения и divcurl, взвешенные на 10.0 как штраф за гладкость преобразования.

mia-3dnonrigidreg -i test.v -r ref.v -o reg.v -l 2 -f spline: rate = 3 image: cost = ssd
divcurl: вес = 10

Авторы)

Герт Волльни

АВТОРСКИЕ ПРАВА

Это программное обеспечение защищено авторскими правами (c) 1999-2015 гг., Лейпциг, Германия, и Мадрид, Испания. Это приходит
с СОВЕРШЕННО ОТСУТСТВИЕМ ГАРАНТИЙ, и вы можете распространять его в соответствии с условиями GNU
ОБЩАЯ ОБЩЕСТВЕННАЯ ЛИЦЕНЗИЯ Версия 3 (или новее). Для получения дополнительной информации запустите программу с
вариант '- авторское право'.

Используйте mia-3dnonrigidreg онлайн с помощью сервисов onworks.net