mincresample - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mincresample - повторяет выборку файла minc по новым пространственным измерениям

СИНТАКСИС

минкресэмпл [ ]

ОПИСАНИЕ

Минкресэмпл передискретизирует файл minc по новым пространственным измерениям с новым вокселем
позиции. Каждый том во входном файле (заданный пространственными размерами xspace, yspace
и zspace) передискретизируется в соответствии с параметрами командной строки. Непространственные измерения
сохранены в исходном порядке, но пространственные размеры можно изменить, чтобы
поперечные, сагиттальные или корональные изображения. Новые значения вокселей рассчитываются с использованием трехкомпонентного
линейная, трехкубическая интерполяция или интерполяция ближайшего соседа.

МИР КООРДИНАТЫ

Мировые координаты относятся к миллиметровым координатам относительно некоторого физического источника.
(либо сканер, либо какое-то анатомическое строение). Координаты вокселей - это просто
индексы в объем изображения данного воксела. Чтобы указать соответствующие
параметры передискретизации, необходимо понимать, как работают преобразования координат MINC.

Каждое измерение объема изображения MINC определяется по имени - пространственные размеры
xspace, yspace и zspace. По соглашению положительные координаты xspace начинаются с
слева направо от пациента, положительные координаты yпространства идут от пациента сзади
к передним и положительным координатам zspace идут от нижнего к верхнему. Для каждого из
этих пространственных измерений, преобразование мировых координат задается парой
атрибуты: шаг и начало. Мировая координата xspace, например, вычисляется с использованием x
= v * step + start, где x - мировая координата x, а v - количество вокселов (начиная с
нуль). Таким образом, величина атрибута step определяет расстояние между вокселями и
знак атрибута step указывает ориентацию оси.

Есть еще один поворот: файлы MINC могут иметь неортогональные оси с
размеры не полностью совпадают с указанной осью. Может быть direction_cosine
атрибут, который дает истинную ориентацию оси. Например, обычно xspace
измерение должно совпадать с мировой осью x, т.е. направляющий косинус = (1,0,0); тем не мение,
возможен направляющий косинус (0.9, 0.43589, 0).

Эти атрибуты (step, start и direction_cosines) обеспечивают преобразование из вокселя.
координаты в мировые координаты. В сочетании с рядом элементов или образцов вдоль
оси, они предоставляют полное описание того, где должна быть выходная выборка.
Однако, когда мы передискретизируем данные, мы часто заинтересованы в изменении мира.
координаты: из системы координат МРТ сканера в систему координат ПЭТ сканера,
например, или из объема в его пространстве сбора данных в координаты в стандартизированной
Космос. Это изменение мировых координат может быть указано с помощью
файл преобразования (.xfm). Таким образом, в целом передискретизация включает три
преобразования: из координат вокселя входного файла в его мировые координаты
(задается входным файлом), от координат входного мира до выходного мира
координаты (указанные в файле преобразования) и из мира выходного файла
координаты к его координатам вокселя (заданным параметрами командной строки).

В общем, направляющие косинусы используются редко - переориентация оси определяется
изменение мировых координат (файл трансформации). Также, передискретизация позиций
(выходной мир в преобразование вокселей) часто указывается относительно файла модели (т. е.
передискретизируйте этот файл, чтобы он выглядел как этот файл). Хотя есть много вариантов
полная спецификация преобразования, обычно не нужно указывать больше
чем некоторые из них.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Обратите внимание, что параметры могут быть указаны в сокращенной форме (если они уникальны) и
можно указать в любом месте командной строки.

Общие кредита

-2 Создайте файлы вывода в формате MINC 2.0.

-слобер
Перезаписать существующий файл.

-ноклоббер
Не перезаписывать существующий файл (по умолчанию).

-подробный
Распечатайте информацию о ходе выполнения для каждого вычисленного среза (по умолчанию).

-тихо Не распечатывайте информацию о ходе выполнения.

Resampling Спецификация

Параметры, обеспечивающие выборку выходных данных (все перечисленные ниже, кроме -трансформация) находятся
анализируются в том порядке, в котором они появляются в командной строке. Таким образом, команда с -Как
файл.mnc -zэлементы 34 -zшаг 2 даст такую ​​выборку в файле в файл.mnc но
с 34 образцами на 2 мм по длине zspace ось. Выборка по умолчанию берется из
входной файл, преобразованный в соответствии с любым преобразованием.

-трансформация файл.xfm
Укажите файл, задающий преобразование мировых координат (по умолчанию используется идентификатор
трансформация).

-invert_transformation
Инвертируйте преобразование перед его использованием.

-noinvert_transformation
Не инвертировать преобразование (по умолчанию).

-tfm_input_sampling
Преобразуйте входную выборку (используя преобразование, указанное в -трансформация)
вместе с данными и используйте это как выборку по умолчанию (по умолчанию).

-use_input_sampling
Используйте входную выборку в качестве выборки по умолчанию, как есть, без преобразования, даже
хотя данные преобразуются (старое поведение).

-Как файл.mnc
Укажите файл модели, который дает выходной мир для преобразования вокселей и числа
элементов (т.е. преобразовать этот файл так, чтобы он выглядел как этот).

-standard_sampling
Установите выборку на стандартные значения (начало = 0, шаг = 1, точка направляющих косинусов
по соответствующим осям).

-spacetype string
Задайте имя выходного пространства (обычно родные____ or Талайрач_).

-талайрач
Задайте имя выходного пространства talairach_.

-единицы string
Установите единицы пространства вывода.

-происхождение ox oy oz
Укажите координату первого воксела. Это не то же самое, что начальное значение
если направляющие косинусы нестандартные. Кроме того, начало - это не просто
перпендикулярная проекция начала координат на ось, это параллельная проекция
(как в проекции многомерного параллелограмма). Преобразование осуществляется
правильно по этой опции.

-элементы nx ny nz
Количество элементов по каждому из измерений мира.

-xэлементы nx
Количество элементов по измерению xspace.

-элементы ny
Количество элементов по оси yspace.

-zэлементы nz
Количество элементов по измерению zspace.

-ступенно хшаг шаг zшаг
Шаг между вокселями по каждому из измерений мира.

-xшаг хшаг
Шаг между вокселями по измерению xspace.

-шаг шаг
Шаг между вокселями по оси y-пространства.

-zшаг zшаг
Шаг между вокселями по измерению zspace.

-Начало xstart yстарт zстарт
Положение центра первого воксела по каждому из измерений мира.

-xstart xstart
Положение центра первого воксела по измерению xspace.

-yстарт yстарт
Положение центра первого воксела по оси y.

-zстарт zстарт
Положение центра первого воксела по измерению z-пространства.

-диркос x1 x2 x3 y1 y2 y3 z1 z2 z3
Направляющие косинусы для каждой мировой оси.

-xdircos x1 x2 x3
Направляющие косинусы для измерения xspace.

-идиркос y1 y2 y3
Направляющие косинусы для измерения yspace.

-здиркос z1 z2 z3
Направляющие косинусы для измерения z-пространства.

Размеры заказ

По умолчанию сохраняется исходный порядок размеров.

-поперечный
Выпишите поперечные срезы.

-сагиттальный
Выпишите сагиттальные срезы.

-коронковый
Выпишите коронковые срезы.

Результат данным напишите и ассортимент

По умолчанию для типа, знака и допустимого диапазона используются значения из входного файла. Если тип
указано, то и знак, и допустимый диапазон устанавливаются по умолчанию для этого типа. Если знак
указано, то для типа и знака устанавливается допустимый диапазон по умолчанию.

-байт Сохраняйте выходные воксели в 8-битном целочисленном формате.

-Short Сохраняйте выходные воксели в 16-битном целочисленном формате.

-инт Сохраняйте выходные воксели в 32-битном целочисленном формате.

-долго Заменено -инт.

-плавать Сохраняйте выходные воксели в 32-битном формате с плавающей запятой.

-double
Сохраняйте выходные воксели в 64-битном формате с плавающей запятой.

-подписанный
Запишите значения как целые числа со знаком (по умолчанию для кратких и длинных). Игнорируется для
типы с плавающей запятой.

- неподписанный
Записывайте значения как целые числа без знака (по умолчанию для байтов). Игнорируется из-за плавающего
точечные типы.

-ассортимент мин Макс
указывает допустимый диапазон выходных значений вокселей. По умолчанию используется полный диапазон
введите и подпишите. Эта опция игнорируется для значений с плавающей запятой.

-keep_real_range
Сохраните реальный минимум и максимум входной громкости, чтобы значения были
аналогичным образом масштабируется на выходе. Это особенно полезно для метки передискретизации.
объемы, в которых интерполяция значений интенсивности не имеет смысла.

-nokeep_real_range
Повторно вычислите реальный минимум и максимум для каждого выходного среза. Это значение по умолчанию.

Управляемость of не определено (инвалид) воксельная ценности

-заполнить Выходные воксели, выходящие за пределы входного объема, имеют неопределенные значения. Когда
-заполнить используется опция, этим вокселям присваивается значение, выходящее за пределы допустимого
диапазон (меньше допустимого минимума, если позволяют тип, знак и допустимый диапазон), поэтому
что они могут быть обнаружены другим программным обеспечением. Значения этих вокселей не
включен в изображение-макс и изображение-мин переменные.

-без заполнения
Используйте реальное / физическое значение (не значение вокселя), равное нулю, для точек за пределами ввода
объем. Эти баллы включены в расчет изображение-макс и изображение-мин
переменные. Это значение по умолчанию.

-fillvalue значение заполнения
Задает реальное / физическое значение (не значение вокселя) для точек за пределами ввода
объем. Баллы не включаются в расчет изображение-макс и образ-
мин переменные.

Интерполяция кредита

-трилинейный
Сделайте трехлинейную интерполяцию между вокселями. Края тома находятся на
центр первого и последнего вокселов измерения. Это значение по умолчанию.

-трикубический
Сделайте трехкубическую интерполяцию между вокселями. Края тома находятся на
центр первого и последнего вокселов измерения.

-ближайший_сосед
Выполните интерполяцию ближайшего соседа между вокселями (т. Е. Найдите воксель, ближайший к
точку и используйте ее значение). Края объема находятся на краю первой
и последние воксели измерения (центр +/- разделение половин вокселов).

-синк Выполните перенормированную оконную интерполяцию sinc между вокселями, как описано Такером
и другие. JMRI 10: 582-588 (1999).

-ширина n
Задает полуширину ядра интерполяции sinc в диапазоне от 1 до
10. Полная ширина ядра sinc равна n * 2 + 1, поэтому варьируется от 3 до 21.
Значение по умолчанию - 5, что дает полную ширину 11.

-ханнинг
Используйте окно Ханнинга с интерполянтом sinc. Это значение по умолчанию.

-хамминг
Используйте окно Хэмминга с интерполянтом sinc.

Общий кредита

-Помощь Распечатайте сводку параметров командной строки и выйдите.

-версия
Выведите номер версии программы и выйдите.

ПРИМЕРЫ

Выполните повторную выборку мозга человека в стандартизированном пространстве по стандартной сетке выборки:

mincresample Individual.mnc in_std_space.mnc \
-transform Transform_to_standard_space.xfm \
-вроде standard_sampling.mnc

Выполните повторную выборку тома МРТ, чтобы он соответствовал объему ПЭТ, но с более высоким разрешением:

mincresample mri.mnc mri_resampled.mnc \
-трансформировать mri_to_pet.xfm -как pet.mnc \
-шаг 1 1 2 -xstart -0.5 -ystart -0.5 \
-элементы 256 256 64

Превратите поперечный объем в сагиттальный:

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc \
-сагиттальный-ближайший

Превратите поперечный объем 256x256x64 (1x1x2 мм) в сагиттальный объем 256x128x256 (1x1x1 мм):

mincresample transverse.mnc sagittal.mnc -сагиттальный \
-zstep 1 -знелем 128

Получите более тонкий осевой отбор проб на объеме ПЭТ:

mincresample pet_15_slices.mnc pet_46_slices.mnc \
-zшаг 2 -zэлементы 46

Используйте mincresample онлайн с помощью сервисов onworks.net