Это команда primer3_core, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
primer3_core - Дизайн праймеров для ПЦР.
СИНТАКСИС
Primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ входной_файл]
ОПИСАНИЕ
primer3_core выбирает праймеры для реакций ПЦР, считая в качестве критерия олигонуклеотид
температура плавления, размер, содержание ГХ и возможности димера праймера, размер продукта ПЦР,
позиционные ограничения в исходной последовательности и прочие ограничения.
По умолчанию primer3_core принимает ввод и производит вывод в формате Boulder-io, пре-XML.
текстовый формат ввода / вывода для формата обмена данными между программами. В
Формат Boulder-io и команды, которые понимает primer3_core, описаны в
README файл, который в системах Debian можно найти в / usr / share / doc / primer3 /.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-format_output
Печатает более ориентированный на пользователя отчет для каждой последовательности.
-strict_tags
primer3_core отображает и игнорирует любые теги, которые не распознает, если только
-strict_tags в командной строке установлен флаг, и в этом случае primer3_core печатает
ошибка в теге вывода PRIMER_ERROR и выводит дополнительную информацию на стандартный вывод;
эта опция может быть полезна для отладки систем, которые включают праймер.
Внимание
Старый флаг -2x_compat больше не поддерживается.
ВЫХОД статус КОДЫ
· 0 при нормальной работе.
· -1 при следующих условиях: недопустимые аргументы командной строки, невозможно выполнить fflush
stdout, невозможно открыть (для записи и создания) файл .for, .rev или .int (возможно,
из-за проблемы с защитой).
· -2 при нехватке памяти.
· -3 пустых входа.
· -4 ошибка во входном теге "Global" (сообщение в PRIMER_ERROR).
СПРАВКА
Процитируйте, пожалуйста, Розена, С., Скалецкого, Х. "Primer3" в WWW для обычных пользователей и для
программисты-биологи ". В С. Кравец и С. Мизенер, ред. Биоинформатика, методы и
Протоколы из серии "Методы молекулярной биологии". Humana Press, Тотова, Нью-Джерси, 2000 г.,
страницы 365-386.
Используйте primer3_core онлайн с помощью сервисов onworks.net
