Это командный колчан, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
quiver — программа для вызова геномного консенсуса, разработанная для данных Pacific Biosciences
ОПИСАНИЕ
Колчан это алгоритм для получения высокоточного консенсуса на основе нескольких чтений PacBio,
использование парного HMM, использующего как базовые вызовы, так и метрики QV, чтобы вывести истинную основу
Последовательность ДНК.
Данные файл большого города,
Чтобы сделать наиболее точные консенсусные звонки, Quiver использует батарею
метрики значения качества, рассчитанные базовой вызывающей стороной. Если вы используете SMRTportal
версия установки 1.4 или новее, тогда SMRTportal загрузит всю информацию Quiver
потребности, поэтому вы можете пропустить остальную часть этого раздела.
В SMRTportal версии 1.3.3 и более ранних по умолчанию используется только подмножество этих значений качества.
включены в .cmp.h5 файлы, созданные SMRTanaанализом. Чтобы получить .cmp.h5 со всеми
QV загружены, вам нужно будет использовать RS_Mapping_QVs протокол для создания cmp.h5 файл для
Колчан.
Если вы используете более старую версию, чем SMRTportal/SMRTanaанализ 1.3.3, обновите ее.
ПРИМЕРЫ
Бег Колчан
Например,
$ quiver -j8 Align_reads.bam \
> -r путь/к/lambda.fasta \
> -o варианты.gff -o консенсус.fasta
будет использовать 8 процессоров для запуска Quiver выровненный_reads.bam, выводя консенсусную последовательность и
варианты.
Обратите внимание: если вы используете файл cmp.h5 и не использовали RS_Mapping_QVs протокол к
сгенерировать этот файл --- или если исходный файл bas.h5 был создан инструментом до версии 1.3.1
программное обеспечение --- cmp.h5 не будет содержать полный набор метрик QV, необходимых для оптимального
Точность колчана. Команда по-прежнему будет работать, но выдаст предупреждение о том, что она
точность будет неоптимальной.
Run Колчан on Многочисленные вход Файлы
Несколько файлов выравнивания в FOFN (файл имен файлов) могут быть сопоставлены с одним
Справка (Геномный консенсус >= 1.1.0).
Пример ввода FOFN:
$ cat выровненный_reads.fofn
/путь/к/reads1.bam
/путь/к/reads2.bam
можно использовать вместо файла чтения:
$ quiver -j8 Align_reads.fofn \
> -r путь/к/lambda.fasta \
> -o варианты.gff -o консенсус.fasta
Quiver также можно использовать с XML-файлами DataSet. См. pbcore для получения подробной информации о создании новых
XML-файлы DataSet для файлов выравнивания.
Высокоточный сборка консенсус
Quiver обеспечивает согласованную точность сборок генома с точностью, приближающейся или даже
превышающий Q60 (одна ошибка на миллион оснований). Если вы используете протокол сборки HGAP в
SMRTportal 2.0 или новее, Quiver запускается автоматически на последнем этапе «полировки сборки».
Используйте quiver онлайн с помощью сервисов onworks.net
