Это повторитель команд, который можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Repeatoire - часть пакета mauveAligner
ОПИСАНИЕ
Разрешено опции:
- разрешено-избыточное arg (= 1)
разрешить избыточное выравнивание?
--цепь arg (= 1)
цепные семена?
--продлевать arg (= 1)
выполнить удлинение с зазором на цепях?
--окно аргумент (= -1)
размер окна для использования при расширении с зазором
--гапопен arg (= 0)
штраф за открытый пробел
--gapextend arg (= 0)
штраф за расширение промежутка
--час arg (= 0.00800000038)
Переход к гомологичному
--Помогите получить справочное сообщение
--самый высокий arg (= procrast.highest) файл, содержащий высший балл выравнивания
для каждой кратности
--л arg (= 1)
минимальная длина повтора
--большие повторы arg (= 0)
оптимизировать для больших повторов
--load-sml arg (= 0)
попытаться загрузить существующий файл SML?
--onlydirect arg (= 0)
обрабатывать только совпадения семян на одной нити?
--onlyextended arg (= 0)
выводить только расширенные совпадения?
--выход аргумент
вывод procrastAligner
--перцентид arg (= 0)
мин. повторение семьи% id
- новеллы-подмножества arg (= 0)
найти новые совпадения подмножества?
- новеллы arg (= 1)
использовать новые совпадения, найденные во время расширения с разрывом?
--rmax arg (= 500)
максимальная кратность повтора (максимальное количество копий)
--rmin arg (= 2)
минимальная кратность повтора (минимальное количество копий)
- семена аргумент
исходный выходной файл
--последовательность аргумент
Файл последовательности FastA
--small-Repeats arg (= 0)
оптимизировать для небольших повторов
- оценка аргумент
вывод с соответствующей оценкой и информацией о выравнивании
--твердый arg (= 0)
использовать твердые / точные семена?
--сп arg (= 0)
минимальный балл совпадения по сумме пар
--тандем arg (= 1)
разрешить тандемные повторы?
- два удара arg (= 0)
требуется два нажатия в пределах w для запуска расширения с разрывом?
--у arg (= 0.00100000005)
Переход к несвязанному
--unalign arg (= 1)
невыровненная негомологичная последовательность?
--w arg (= 0)
максимальная ширина зазора
--xmfa аргумент
Вывод в формате XMFA
--xml аргумент
Вывод в формате XML
--z arg (= 0)
вес семян
Используйте Repeatoire онлайн с помощью сервисов onworks.net
