Это команда sam-stats, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
sam-stats - ea-utils: производит обобщенную статистику
СИНТАКСИС
Sam-stats [кредита] [file1] [file2...файл]
ОПИСАНИЕ
Версия: 1.38.681
Создает много легко усваиваемой статистики для перечисленных файлов.
Параметры (по умолчанию в скобках):
-D Следите за множеством выравниваний -O PREFIX Включение префикса вывода
расширенный вывод (см. ниже) -R Покрытие FIL / вывод РНК (охват, смещение 3 'и т. Д.,
подразумевает -A) -A Сообщать обо всех chr sigs, даже если их больше 1000 -b INT
Количество считываний для выборки для базовой статистики (1 млн) -S INT Размер ascii-подписи
(30) -x FIL Расширение файла для работы с несколькими файлами (статистика) -M Только приблизительно
перезаписать, если новее (требуется -x, или несколько файлов) -B Вход бац, не надо
беспокоиться о магии -z Не терпите неудач, когда в sam нет записей
ВЫХОД:
Если указан один файл, то вывод будет стандартным. Если несколько файлов
указано, или если -x опция, выходной файл . . Дефолт
расширение - "статистика".
Полная статистика:
: среднее, максимальное, стандартное отклонение, медиана, Q1 (25 процентиль), Q3
читает: # записей в файле sam, может не быть # чтений
phred: используется шкала phred
bsize: # чтения, используемые для квалификационной статистики
сопоставленные чтения
: количество выровненных считываний (уникальные последовательности идентификаторов зондов)
нанесенные на карту базы
: общая длина выровненных чтений
вперед
: количество операций чтения с прямым выравниванием
обратный
: количество операций чтения с обратным выравниванием
скорость snp
: несовпадающие базы / общее количество баз (snv rate)
ставка ins
: вставить базы / всего баз
дель рейт
: удаленные базы / всего базы
несоответствие процента
: процент считываний с несоответствием
pct выровнять
: процент прочтений, которые выровнялись
len
: читать статистику длины, игнорируется, если длина фиксирована
mapq
: статистика качества отображения
вставлять
: статистика размеров вставок
% : процент сопоставленных баз на chr, за которым следует подпись
Подвыборка Статистика (1 млн читает Максимум):
базовое качество : статистика базовых качеств% A,% T,% C,% G: базовые проценты
Смысл of на хромосому подпись:
Гистограмма ascii отображенных считываний по положению хромосомы. Он выводится только в том случае, если
оригинальный ЗРК / БАМ имеет шапку. Значения представляют собой log2 количества отображенных чтений в
каждая позиция + ascii '0'.
Расширенный пакет выходной Режим производит a набор of файлов:
.stats: основной вывод
.fastx: вывод, совместимый с fastx-toolkit
.rcov: количество ссылок и охват
.xdist: несоответствие распределения
.ldist: распределение длины (если применимо)
.mqdist
: распределение качества карт
Используйте sam-stats онлайн с помощью сервисов onworks.net
