Это команда scopparsee, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
scopparse - Создать файл DCF из необработанных файлов SCOP.
СИНТАКСИС
грубый -классфайл вводить -десинфайл вводить -носегменты логический -номультичейн логический
[-номинор логический] -dcffile Outfile
грубый -Помощь
ОПИСАНИЕ
грубый это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Утилиты: создание базы данных».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
вход .
-классфайл вводить
Эта опция указывает имя необработанного файла классификации SCOP dir.cla.scop.txt_X.XX
(Вход). Это необработанный файл классификации SCOP, доступный по адресу
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.cla.scop.txt_1.57.
-десинфайл вводить
Эта опция указывает имя необработанного файла описания SCOP dir.des.scop.txt_X.XX
(Вход). Это необработанный файл описания SCOP, доступный по адресу
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/parse/dir.des.scop.txt_1.57.
необходимые .
-носегменты логический
Эта опция указывает, следует ли пропускать домены, состоящие из более чем одного сегмента.
Это необходимо, если требуется непрерывная последовательность остатков. Значение по умолчанию: N
-номультичейн логический
Эта опция указывает, следует ли пропускать домены, состоящие из сегментов более чем одного
цепь. Это необходимо, если требуется непрерывная последовательность остатков. Значение по умолчанию:
N
дополнительный .
-номинор логический
Этот параметр указывает, следует ли исключать домены из второстепенных классов (определяемых как что-либо
не входит в класс «Все альфа-белки», «Все бета-белки», «Альфа- и бета-белки».
(a / b) 'или' альфа- и бета-белки (a + b) '). Это необходимо или уместно для многих
анализы. Значение по умолчанию: N
Результат .
-dcffile Outfile
Этот параметр указывает имя файла SCOP DCF (файл классификации домена) (вывод).
«Файл классификации доменов» содержит классификацию и другие данные для доменов из
базы данных SCOP или CATH. Файл создается с помощью DOMAINER и находится в DCF.
формат (подобный EMBL). Информация о последовательности домена может быть добавлена в файл с помощью
DOMAINSEQS. Значение по умолчанию: test.scop
Используйте scopparsee онлайн с помощью сервисов onworks.net
