wiggle2gff3p - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

wiggle2gff3.pl - конвертирует файлы формата UCSC WIG в файлы gff3.

СИНТАКСИС

wiggle2gff3.pl [параметры] WIG_FILE> load_data.gff3

Преобразует файлы формата UCSC WIG в файлы gff3, подходящие для загрузки в GBrowse
базы данных. Это используется для количественных данных с высокой плотностью, таких как CNV, SNP и экспрессия.
массивы.

ОПИСАНИЕ

Используйте этот конвертер, когда у вас есть плотные количественные данные для отображения с помощью xyplot,
плотность или глифы тепловой карты, а также слишком много элементов данных (тысячи) для загрузки в GBrowse. Это
создает один или несколько компактных двоичных файлов, содержащих количественные данные, как
а также небольшой файл GFF3, который можно загрузить в Chado или другие базы данных GBrowse.

Типичное использование следующее:

% wiggle2gff3.pl --method = microarray_oligo my_data.wig> my_data.gff3

Опции
Принимаются следующие варианты:

--method = Установите метод для линий GFF3, представляющих
каждая точка количественных данных на треке.
По умолчанию - «microarray_oligo».

--source = Задайте исходное поле для файла GFF3. По умолчанию
никто.

--gff3 Создать файл в формате GFF3 (по умолчанию)

--featurefile Создать файл формата "featurefile" - это
упрощенный формат, используемый для загрузки GBrowse. Этот
опция несовместима с опцией --gff3.

--sample Если true, то будут отбираться очень большие файлы (> 5 МБ).
для получения минимального, максимального и стандартного отклонения; иначе
весь файл будет просканирован для получения этой статистики.
Это ускорит обработку файлов, но может пропустить выбросы
значения.

--path = Укажите каталог, в который нужно поместить двоичное покачивание
файлы. По умолчанию это текущий временный каталог.
(/ Tmp или все, что подходит для вашей операционной системы).

--base = То же, что и "--path".

--trackname указать базу имени трека для создания файла wig

--help Эта документация.

Этот скрипт принимает различные стили опций, включая сокращенные варианты.
("--meth = foo"), односимвольные параметры ("-m foo") и другие распространенные варианты.

Двоичный покачивание файлов
Бинарные файлы "покачивания", созданные этой утилитой, доступны для чтения с помощью
Био :: Графика :: Модуль покачивания. Количественные данные масштабируются в диапазоне 1-255.
(теряет точность, но все еще более чем достаточно для визуализации данных) и хранится
в упакованном формате, в котором каждый файл соответствует длине одной хромосомы или
контиг.

После создания двоичные файлы не следует перемещать или переименовывать, если вы не соблюдаете осторожность.
внести соответствующие изменения в имена путей, заданные атрибутом "wigfile" в GFF3
характерные линии файла. Вы также должны быть осторожны при использовании команды cp для копирования
бинарные файлы; они отформатированы с "дырками" таким образом, что отсутствующие данные не
занимают любое место на диске. Если вы их зафиксируете, дыры заполнятся нулями, а
будет потеряна экономия места. Лучше использовать команду tar с параметром --sparse, чтобы
перемещать файлы из одного места в другое.

Пример ПАРИК Файл
Этот пример взят изhttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# имя файла: example.wig
#
# 300 базовая широкая гистограмма, автоматическое масштабирование включено по умолчанию == график
# лимиты будут динамически изменяться, чтобы всегда отображать полный диапазон данных
# в окне просмотра, приоритет = 20 позиционирует это как второй график
# Обратите внимание, что для формата кровати используется полуоткрытая система координат с нулевым отсчетом.
track type = wiggle_0 name = "Формат кровати" description = "Формат кровати" \
видимость = полный цвет = 200,100,0 altColor = 0,100,200 приоритет = 20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# 150 базовая широкая гистограмма в произвольно расположенных позициях,
# пороговая линия нарисована при y = 11.76
# autoScale off для диапазона просмотра установлено значение [0:25]
# priority = 10 позиционирует это как первый график
# Обратите внимание, что для этого формата используется однополярная система координат.
тип дорожки = wiggle_0 name = "variableStep" description = "variableStep format" \
visibility = full autoScale = off viewLimits = 0.0: 25.0 цвет = 255,200,0 \
yLineMark = 11.76 yLineOnOff = по приоритету = 10
variableStep chrom = chr19 span = 150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
График шириной 200 точек на каждые 300 оснований, график высотой 50 пикселей
# autoScale выключен, а диапазон просмотра установлен на [0: 1000]
# priority = 30 позиционирует это как третий график
# Обратите внимание, что для этого формата используется однополярная система координат.
track type = wiggle_0 name = "fixedStep" description = "фиксированный шаг" видимость = полная \
autoScale = off viewLimits = 0: 1000 цвет = 0,200,100 maxHeightPixels = 100: 50: 20 \
graphType = приоритет очков = 30
fixedStep chrom = chr19 start = 59307401 step = 300 span = 200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

Вы можете преобразовать его в загружаемый файл GFF3 с помощью следующей команды:

wiggle2gff3.pl --meth = example --so = example --path = / var / gbrowse / db example.wig \
> example.gff3

Результат будет выглядеть так:

## gff-версия 3

chr19 пример пример 59302001 59304700. . . Имя = Формат кровати; wigfile = / var / gbrowse / db / track001.chr19.1199828298.wig
chr19 пример пример 59304701 59308020. . . Имя = variableStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track002.chr19.1199828298.wig
chr19 пример пример 59307401 59310400. . . Имя = fixedStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track003.chr19.1199828298.wig

Используйте wiggle2gff3p онлайн с помощью сервисов onworks.net