Это приложение для Linux под названием FOCUS, последний выпуск которого можно загрузить как FOCUS_0.31_python_2.7.XX.zip. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием FOCUS с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
ФОКУС
ОПИСАНИЕ
FOCUS, инновационная и гибкая композиция, основанная на использовании неотрицательных наименьших квадратов для профилирования и отчета об изобилии организмов, присутствующих в метагеномных образцах, и их относительной численности без зависимости от длины последовательности. Программа была протестирована с смоделированными и реальными метагеномами, и результаты показывают, что наш подход предсказывает организмы в случайных сообществах.Доступность и реализация: код, реализованный на Python, можно найти здесь, а веб-сервер - по адресу http://edwards.sdsu.edu/FOCUS.
Зависимости: Jellyfish, Numpy и Scipy.
Цитировать ФОКУС
Silva, GGZ, DA Cuevas, BE Dutilh и RA Edwards, 2014: FOCUS: модель без выравнивания для идентификации организмов в метагеномах с использованием неотрицательных наименьших квадратов. PeerJ, 2, e425, DOI: 10.7717 / peerj.425.
Особенности
- Метагеномы
- Богатство
- ровность
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/metagenomefocus/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
