Это приложение для Linux под названием iMSAT для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как SSRs.zip. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием iMSAT, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
iMSAT для запуска в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ
iMSAT представляет собой полное обновление программы vcf2MSAT. Эта программа командной строки на Python позволяет пользователю использовать данные полиморфизма, сгенерированные с помощью SAM- и BAM-инструментов, и файл выравнивания .fasta для поиска полиморфных микросателлитных маркеров (MSAT или STR). За счет определения полиморфных производителей, а не простых повторяющихся регионов, как это делали предыдущие программы, iMSAT значительно увеличивает скорость, с которой могут быть идентифицированы полиморфные MSAT, экономя драгоценное время и деньги исследователей. Визит http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract для статьи в формате pdf, описывающей полезность iMSAT, и если вы используете эту программу, цитируйте эту статью как: Andersen and Mills: iMSAT: новый подход к разработке микросателлитных локусов с использованием библиотек Illumina со штрих-кодом. BMC Genomics 2014 15: 858.Особенности
- Идентификация полиморфных микросателлитов
- Секвенирование Illumina
- Геномный анализ
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
Питон
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/imsat/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
