Это приложение для Linux под названием KMC-KaiC, последнюю версию которого можно загрузить как KMC_KaiC_Original.zip. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием KMC-KaiC с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
КМС-KaiC
ОПИСАНИЕ
Этот код представляет собой специальный алгоритм кинетического Монте-Карло (KMC), который имитирует модель посттрансляционных циркадных часов Кая.
Код позволяет моделировать систему Kai на уровне отдельных гексамеров и мономеров KaiC и явно отслеживает оборот каждого нуклеотида АТФ. За исключением гидролиза АТФ, все реакции подчиняются детальному балансу.
Применение кода описано в нашей статье под названием «Термодинамически согласованная модель посттрансляционных циркадных часов Кая», которая находится в свободном доступе в журнале открытого доступа PLOS Computational Biology:
https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005415
* ОБНОВЛЕНИЕ * Мы сделали полностью обратимую версию нашей модели, включая обратные реакции гидролиза АТФ. Это позволяет запустить модель в термодинамическом равновесии. Эту версию модели можно скачать в папке KMC_KaiC_Rev.zip.
Если вы хотите использовать нашу модель для собственных исследований, процитируйте, пожалуйста, нашу статью по вычислительной биологии PLoS.
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
C + +
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/kmc-kaic/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
