Это приложение для Linux под названием MANTI.pl / muda.pl для запуска в Linux онлайн, последний выпуск которого можно загрузить как muda.pl-v3.6.zip. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием MANTI.pl / muda.pl, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
MANTI.pl / muda.pl для запуска в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ
-------- ВНИМАНИЕ НАЧАЛО: ПЕРЕИМЕНОВАНИЕmuda.pl был переименован в MANTI.pl с v3.7, развитие проекта можно отслеживать на странице проекта MANTI на sourceforge.net. Старые версии остаются здесь для архивных целей.
-------- ВНИМАНИЕ КОНЕЦ
muda.pl - это оценочный скрипт (написанный на Perl) без особых зависимостей.
Он объединяет информацию из 4 различных выходных файлов MaxQuant в главный файл, специально предназначенный для анализа неоконцеваний белков. Центральным якорем для совокупности данных является файл modifySpecificPeptides.txt - дополнительные данные берутся из других исходных файлов из папки MaxQuant txt, но отправной точкой для сборки данных является только файл modifySpecificPeptides.txt. Может быть, также полезен для нормальных целей протеомики, но этот сценарий сильно оптимизирован для идентификации и проверки неокончаний белков.
Для более подробного объяснения параметров скрипта и стратегии оценки, пожалуйста, обратитесь к обширному руководству в формате PDF.
Особенности
- Оценка данных MaxQuant
- Идентификация и валидация белков-концевиков
- Аннотации и сборка данных UniProt
- Повторное сопоставление идентифицированных Термини с изоформами
- Интеграция Limma, LOCALIZER и TopFINDer
- Хорошо документированы
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
Perl
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/muda/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
