Это приложение для Linux под названием MCPerm: перестановка SNP Монте-Карло для запуска в Linux онлайн, последний выпуск которого можно загрузить как MCPerm_1.1.2.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием MCPerm: Монте-Карло перестановка SNP для запуска в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
MCPerm: перестановка SNP Монте-Карло для запуска в Linux онлайн
Ad
ОПИСАНИЕ
MCPerm: метод перестановки Монте-Карло для множественной корреляции тестов в исследовании ассоциации случай-контрольТрадиционный тест перестановки (TradPerm) - важный метод непараметрического анализа, который можно рассматривать как золотой стандарт для множественных исправлений тестирования в исследовании ассоциации случай-контроль. Однако он полагается на данные генотипов и фенотипов исходного однонуклеотидного полиморфизма (SNP) для выполнения большого количества случайных перетасовок, и, таким образом, требует больших вычислительных ресурсов, особенно для исследования ассоциаций в масштабе всего генома (GWAS). Чтобы повысить скорость вычислений без изменения размера p-значения TradPerm, мы разработали метод перестановки Монте-Карло (MCPerm) в качестве эффективной альтернативы TradPerm.
Методы: MCPerm не нуждается в перетасовке исходных данных генотипов и фенотипов. Он использует метод Монте-Карло, использует двухэтапное гипергеометрическое распределение для генерации случайного числа генотипов (AA, Aa и aa) в случаях и контролях.
Язык программирования
B / R
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/mcperm/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
