Это приложение для Linux под названием MGEScan, последнюю версию которого можно загрузить как MGEScan1.3.1.tar.gz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием MGEScan с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
MGEScan
Ad
ОПИСАНИЕ
MGEScan - это набор из двух программных инструментов MGEScan-LTR и MGEScan-non-LTR.
MGEScan-LTR - это программное обеспечение, которое может идентифицировать новые ретротранспозоны LTR, не полагаясь на библиотеку известных элементов. Он использует метод приблизительного сопоставления строк и анализ белкового домена для обнаружения интактных ретротранспозонов LTR. Кроме того, он идентифицирует частично удаленные или одиночные LTR с использованием профильных скрытых марковских моделей (pHMM).
MGEScan-non-LTR - это программное обеспечение для идентификации ретротранспозонов не-LTR в геномных последовательностях, основанное на вычислительном подходе, вдохновленном обобщенной скрытой марковской моделью (GHMM).
Ссылки:
1. М. Ро и др., "De novo идентификация ретротранспозонов LTR в эукариотических геномах", BMC Genomics (2007) 8:90.
2. М. Ро и Х. Танг, «MGEScan-non-LTR: вычислительная идентификация и классификация автономных не-LTR ретротранспозонов в эукариотических геномах», Nucleic Acids Research (2009) 37:21.
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
Perl, C ++
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/mgescan/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
