Это приложение для Linux под названием ParDRe, последний выпуск которого можно загрузить как ParDRe-rel2.2.5.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием ParDRe с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
ПарДРе
Ad
ОПИСАНИЕ
ParDRe - это параллельный инструмент для удаления повторяющихся чтений. Повторяющиеся чтения могут рассматриваться как идентичные
или почти идентичные последовательности с некоторыми несоответствиями. Этот инструмент позволит пользователям избежать анализа ненужных операций чтения, сократив время последующих процедур с набором данных (например, сборок, сопоставлений и т. Д.).
Инструмент реализован с помощью MPI, чтобы использовать параллельные возможности многоядерных процессоров.
кластеры. Он быстрее, чем многопоточные аналоги (конец 2015 г.), при том же количестве ядер и, благодаря технологии передачи сообщений, может выполняться на кластерах.
Также существует аналог ParDRe в MapReduce, называемый MarDRe (см. Ссылку выше).
ОБНОВЛЕНИЕ: Начиная с версии 2.0.5 ParDRe также поддерживает удаление только оптических дубликатов (и оставляет биологически интересные дубликаты), а также работу со сжатым вводом / выводом в формате .gz.
Аудитория
Информационные технологии, здравоохранение, наука / исследования
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал, Командная строка
Язык программирования
C + +
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/pardre/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.