Это приложение для Linux под названием PASHA: Parallelized Short Read Assembly, последний выпуск которого можно загрузить как Pasha-1.0.10.tar.bz2. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием PASHA: Parallelized Short Read Assembly with OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
PASHA: Распараллеленная короткая сборка чтения
Ad
ОПИСАНИЕ
PASHA - это параллельный ассемблер короткого чтения для больших геномов, использующий графы де Брейна. Используя преимущества как многоядерных процессоров с общей памятью, так и вычислительных кластеров с распределенной памятью, PASHA продемонстрировал свой потенциал для выполнения высококачественной сборки больших геномов de-novo в разумные сроки с небольшими вычислительными ресурсами. Наша оценка с использованием трех небольших реальных наборов данных с парными концами показывает, что PASHA может создавать лучшие сборки с сопоставимым охватом генома и скоростью неправильной сборки по сравнению с тремя ведущими сборщиками: Velvet, ABySS и SOAPdenovo. Более того, PASHA обеспечивает максимальную скорость для всех трех наборов данных на одном процессоре. Для генома человека PASHA обеспечивает конкурентоспособное качество сборки с ABySS и может завершить сборку примерно за 21 час, что примерно в 2.38 раза быстрее, чем ABySS на тех же конфигурациях оборудования.
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал
Язык программирования
C + +
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/pasha/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.