Это приложение для Linux под названием PRADA для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как pyPRADA_1.2.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием PRADA, чтобы работать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
PRADA для работы в Linux онлайн
Ad
ОПИСАНИЕ
Массивно параллельное секвенирование кДНК, обратно транскрибируемой с РНК (RNASeq), обеспечивает точную оценку количества и состава мРНК. Чтобы охарактеризовать транскриптом с помощью анализа данных RNA-seq, мы разработали PRADA. PRADA фокусируется на обработке и анализе оценок экспрессии генов, контролируемой и неконтролируемой идентификации слияния генов и контролируемой идентификации внутригенных делеций.PRADA в настоящее время поддерживает 7 модулей для обработки и выявления отклонений от данных RNAseq:
препроцесс: генерирует выровненные и повторно откалиброванные файлы BAM.
выражение: генерирует экспрессию генов (RPKM) и показатели качества.
слияние: идентифицирует слияние генов-кандидатов.
guess-ft: контролируемый поиск расшифровок слияния.
guess-if: контролируемый поиск внутригенных слияний.
гомология: вычисляет гомологию между данными двумя генами.
кадр: прогнозирует функциональные последствия расшифровки слияния
Особенности
- PRADA написана на языке программирования Python и предназначена для запуска в среде командной строки в операционных системах UNIX или LINUX.
- Подробное описание шагов установки и использования каждого модуля с примерами доступно в документации по адресу https://sourceforge.net/p/prada/wiki/Home/attachment/pyPRADA.pdf
- Справочные файлы hg19 доступны для загрузки по адресу http://bioinformatics.mdanderson.org/Software/PRADA/
- Чтобы удалить артефакты слияния, мы отфильтровываем гены с несколькими партнерами в одном образце и гомологии.
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/prada/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
