Это приложение для Linux под названием SplitMEM, последнюю версию которого можно загрузить как splitmem.1.0.tgz. Его можно запустить онлайн на бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием SplitMEM с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СплитМЕМ
Ad
ОПИСАНИЕ
С появлением усовершенствованных технологий секвенирования геномика расширяется от парадигмы единого эталона для каждого вида до более комплексного пангеномного подхода, в котором несколько индивидуумов представлены и проанализированы вместе. Здесь мы представляем новый алгоритм времени и пространства O (n log n), называемый splitMEM, который напрямую строит сжатый граф де Брейна для пангенома общей длины n. Чтобы достичь этой временной сложности, мы дополняем суффиксное дерево пропусками суффиксов, новой конструкцией, которая позволяет нам перемещаться по нескольким суффиксным ссылкам за постоянное время и использовать их для эффективного разложения максимальных точных совпадений (MEM) во время обхода суффиксного дерева.
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
C + +
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/splitmem/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
