Это приложение для Linux под названием VarScan, последний выпуск которого можно загрузить как VarScan.v2.3.9.jar. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием VarScan с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
ВарСкан
ОПИСАНИЕ
Обнаружение вариантов при массово-параллельном секвенировании. Для одной выборки называются SNP, индели и консенсусные генотипы. Для пар опухоль-нормаль дополнительно классифицирует каждый вариант как зародышевый, соматический или LOH, а также обнаруживает изменения числа соматических копий. ПОСЛЕДНЯЯ ВЕРСИЯ ДОСТУПНА НА GITHUB
Особенности
- Вызывает SNP и Indels из файлов pileup SAMtools
- Фильтрует варианты по охвату, глубине считывания, частоте вариантов и базовому качеству
- Определяет соматический статус (соматический, зародышевый, LOH) для пар опухоль-нормальный
- Сравнивает, объединяет и пересекает два списка вариантов
- Ограничивает вызовы вариантов набором целевых позиций или целевых регионов
- Бесплатно для некоммерческого использования.
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Командная строка
Язык программирования
Java
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/varscan/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.