Это приложение для Linux под названием ViralFusionSeq [VFS] для запуска в Linux в Интернете, последний выпуск которого можно загрузить как vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием ViralFusionSeq [VFS], чтобы запускать в Linux онлайн с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите онлайн-эмулятор OnWorks Linux или Windows или онлайн-эмулятор MACOS с этого веб-сайта.
- 5. В только что запущенной ОС OnWorks Linux перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение, установите его и запустите.
СКРИНШОТЫ
Ad
ViralFusionSeq [VFS] для запуска в Linux онлайн
ОПИСАНИЕ
VFS был полностью протестирован в системе Ubuntu / Debian.** Объявление 1 **: VFS превосходит Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
По состоянию на 2016 год VFS является единственным инструментом вирусной интеграции, доступным в системе NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) - это универсальный инструмент высокопроизводительного секвенирования (HTS) для обнаружения событий вирусной интеграции и восстановления транскриптов слияния при разрешении по одному основанию.
VFS объединяет информацию мягкого отсечения, анализ пар чтения и целевую сборку de novo для обнаружения и аннотирования событий слияния вируса и человека.
Простая, но эффективная эмпирическая статистическая модель используется для оценки качества контрольных точек слияния.
Требуются минимальные параметры, определяемые пользователем.
Исходный код с руководством пользователя и руководством по установке VFS доступен в разделе «Файлы» sourceforge.
Образец цитирования: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Особенности
- Применимо и полностью протестировано с использованием данных RNA-Seq и DNA-Seq
- Используйте информацию как об отсеченных последовательностях (CS), так и о парных концах (RP), чтобы обнаружить вирусную интеграцию.
- Восстановление последовательности транскрипта слияния с использованием информации CS и RP
Аудитория
Наука / Исследования
Язык программирования
Perl
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в сети с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.