Это приложение для Windows под названием BBMap, последний выпуск которого можно загрузить как BBMap_39.33.tar.gz. Его можно запустить онлайн в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks для рабочих станций.
Загрузите и запустите онлайн это приложение под названием BBMap с OnWorks бесплатно.
Следуйте этим инструкциям, чтобы запустить это приложение:
- 1. Загрузил это приложение на свой компьютер.
- 2. Введите в нашем файловом менеджере https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 3. Загрузите это приложение в такой файловый менеджер.
- 4. Запустите любой онлайн-эмулятор OS OnWorks с этого сайта, но лучше онлайн-эмулятор Windows.
- 5. В только что запущенной ОС Windows OnWorks перейдите в наш файловый менеджер https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX с желаемым именем пользователя.
- 6. Скачайте приложение и установите его.
- 7. Загрузите Wine из репозиториев программного обеспечения вашего дистрибутива Linux. После установки вы можете дважды щелкнуть приложение, чтобы запустить его с помощью Wine. Вы также можете попробовать PlayOnLinux, необычный интерфейс поверх Wine, который поможет вам установить популярные программы и игры для Windows.
Wine - это способ запустить программное обеспечение Windows в Linux, но без Windows. Wine - это уровень совместимости с Windows с открытым исходным кодом, который может запускать программы Windows непосредственно на любом рабочем столе Linux. По сути, Wine пытается заново реализовать Windows с нуля, чтобы можно было запускать все эти Windows-приложения, фактически не нуждаясь в Windows.
СКРИНШОТЫ
Ad
BBMКарта
ОПИСАНИЕ
Этот пакет включает BBMap, выравниватель короткого чтения, а также различные другие биоинформатические инструменты. Он написан на чистой Java, может работать на любой платформе и не имеет никаких зависимостей, кроме установленной Java (скомпилирован для Java 6 и выше). Все инструменты производительные и многопоточные.
BBMap: выравниватель короткого чтения для данных ДНК и РНК-seq. Способен обрабатывать произвольно большие геномы с миллионами каркасов. Обрабатывает Illumina, PacBio, 454 и другие операции чтения; очень высокая чувствительность и толерантность к ошибкам и многочисленным крупным отступам. Очень быстро.
BBNorm: инструмент для исправления ошибок и нормализации на основе Kmer.
Dedupe: упрощает сборки, удаляя повторяющиеся или содержащиеся подпоследовательности, которые имеют целевую процентную идентичность.
Reformat: переформатирует чтение между fasta / fastq / scarf / fasta + qual / sam, interleaved / paired и ASCII-33/64 со скоростью более 500 МБ / с.
BBDuk: Фильтры, обрезки или маски читаются с совпадениями kmer в файл артефакта / загрязнителя.
... И многое другое!
Особенности
- Чистая Java, работает на любой платформе; уже скомпилирован, просто разархивируйте и запустите.
- Быстрый, эффективный и многопоточный.
- Информация об использовании отображается при запуске сценария оболочки без параметров.
- Самая высокая чувствительность среди всех элайнеров для коротких считываний.
- Легко установить - просто разархивируйте / распакуйте.
- Легко использовать. Пример: bbmap.sh ref = ecoli.fa in = reads.fq out = mapped.sam
- Обрабатывает все распространенные форматы: fasta, fastq, sam, scarf, fasta + qual, ASCII-33, ASCII-64, gzip.
- Используется Объединенным институтом генома.
- BB означает Bestus Bioinformaticus.
- Здесь есть удобный FAQ: http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=58221
Аудитория
Наука / Исследования
Интерфейс пользователя
Консоль / Терминал
Язык программирования
Java
Категории
Это приложение также можно загрузить с https://sourceforge.net/projects/bbmap/. Он размещен в OnWorks, чтобы его можно было легко запускать в Интернете с помощью одной из наших бесплатных операционных систем.
