āļāļĩāđāļāļ·āļāļāļģāļŠāļąāđāļ abyss-pe āļāļĩāđāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđāđāļāļāļđāđāđāļŦāđāļāļĢāļīāļāļēāļĢāđāļŪāļŠāļāđāļāļĢāļĩāļāļāļ OnWorks āđāļāļĒāđāļāđāđāļ§āļīāļĢāđāļāļŠāđāļāļāļąāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļĢāļĩāļāļāļāđāļĢāļē āđāļāđāļ Ubuntu Online, Fedora Online, āđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļāļ Windows āļŦāļĢāļ·āļāđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļāļ MAC OS
āđāļāļĢāļāļāļēāļĢ:
āļāļ·āđāļ
abyss-pe - āļĢāļ§āļāļĢāļ§āļĄāļāđāļēāļāđāļāđāļ contigs
āđāļĢāļ·āđāļāļāļĒāđāļ
āđāļŦāļ§-pe [āļāļēāļāđāļĨāļ·āļāļāļāļĩāđ-āļāļēāļĢāļēāļĄāļīāđāļāļāļĢāđ=āļĄāļđāļĨāļāđāļē-āļāļģāđāļŦāđ_TARGET] ...
DESCRIPTION
āļĢāļ§āļāļĢāļ§āļĄāļāļēāļĢāļāđāļēāļāļāļāļāđāļāļĨāđāļāļīāļāļāļļāļāđāļāđāļ contigs āļāļēāļĢāļāđāļēāļāļāļēāļāļāļĒāļđāđāđāļ FASTA, FASTQ
qseq, āļŠāđāļāļāļāļ, āļĢāļđāļāđāļāļ SRA, SAM āļŦāļĢāļ·āļ BAM āđāļĨāļ°āļāļēāļāļāļĩāļāļāļąāļāļāđāļ§āļĒ gz, bz2 āļŦāļĢāļ·āļ xz āđāļĨāļ°āļāļēāļāđāļāđāļ
āļāļēāļĢāđāđāļĢāđāļ
abyss-pe āđāļāđāļāļŠāļāļĢāļīāļāļāđ Makefile āļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļāļāļēāļĢāļāļĨāļīāļāđāļāđ āļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļāđāļāļąāļ abyss-pe āđāļāđ
āļāļēāļĢāļēāļĄāļīāđāļāļāļĢāđ of āđāļŦāļ§-pe
āļāļ·āđāļ, JOB_NAME
āļāļ·āđāļāļāļāļāļāļēāļĢāļāļļāļĄāļāļļāļĄāļāļĩāđ āđāļāļĢāļāļāļĩāđāđāļāđāļāļ°āļāļđāļāđāļāđāļāđāļ§āđāđāļ
${name}-scaffolds.fa
in āđāļāļĨāđāļāļīāļāļāļļāļ āđāļāđāļāļąāļ§āđāļāļĢāļāļĩāđāđāļĄāļ·āđāļāļĢāļ§āļāļĢāļ§āļĄāļāđāļāļĄāļđāļĨāļāļēāļāđāļĨāļāļĢāļēāļĢāļĩāđāļāļĩāļĒāļ§
lib āļĢāļēāļĒāļāļēāļĢāļāļāļāļāļ·āđāļāđāļĨāļāļĢāļēāļĢāļĩāļāļĨāļēāļĒāļāļđāđāļāļĩāđāļāļąāđāļāļāđāļ§āļĒāļāđāļāļāļ§āđāļēāļāđāļāđāļāļĢāļ·āđāļāļāļŦāļĄāļēāļĒāļāļģāļāļđāļ āđāļāđāļāļąāļ§āđāļāļĢāļāļĩāđ
āđāļĄāļ·āđāļāļĢāļ§āļāļĢāļ§āļĄāļāđāļāļĄāļđāļĨāļāļēāļāđāļĨāļāļĢāļēāļĢāļĩāļāļĨāļēāļĒāļāļđāđāļŦāļĨāļēāļĒāļāļąāļ§ āļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāđāļāđāļĨāļ°āļāļ·āđāļāļŦāđāļāļāļŠāļĄāļļāļāđāļ
lib āļāļđāđāđāļāđāļāđāļāļāļāļģāļŦāļāļāļāļąāļ§āđāļāļĢāđāļāļāļĢāļĢāļāļąāļāļāļģāļŠāļąāđāļāļāđāļ§āļĒāļāļ·āđāļāđāļāļĩāļĒāļ§āļāļąāļ āļāļķāđāļ
āļĢāļ°āļāļļāđāļāļĨāđāļāļĩāđāļāđāļēāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāđāļĨāļāļĢāļēāļĢāļĩāļāļąāđāļ āļāļđ āļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļ āļāđāļēāļāļĨāđāļēāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļāļāļāļĢāļĩāļ
āļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļāļāļēāļĢāđāļāđāļāļēāļ
pe āļĢāļēāļĒāļāļēāļĢāļāļāļāđāļĨāļāļĢāļēāļĢāļĩāđāļāļĨāļēāļĒāļāļđāđāļāļĩāđāļāļ°āđāļāđāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļēāļĢāļĢāļ§āļĄ unitigs āđāļāđāļēāđāļāđāļ .āđāļāđāļēāļāļąāđāļ
contigs āđāļĨāļ°āļāļ°āđāļĄāđāļāļģāđāļāļŠāļđāđāļĨāļģāļāļąāļāļāļąāļāļāļēāļĄāļāļī
mp āļĢāļēāļĒāļāļ·āđāļāļŦāđāļāļāļŠāļĄāļļāļāļāļđāđāļāļđāđāļāļĩāđāļāļ°āđāļāđāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļąāđāļāļĢāđāļēāļ āļŦāđāļāļāļŠāļĄāļļāļāļāļđāđāļāļđāđ
āđāļĄāđāļĄāļĩāļŠāđāļ§āļāļĢāđāļ§āļĄāđāļāļĨāļģāļāļąāļāļāļąāļāļāļēāļĄāļāļī
āļĒāļēāļ§ āļĢāļēāļĒāļāļ·āđāļāđāļĨāļāļĢāļēāļĢāļĩāļĨāļģāļāļąāļāļĒāļēāļ§āļāļĩāđāļāļ°āđāļāđāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļąāđāļāļĢāđāļēāļāđāļŦāļĄāđ āļĨāļģāļāļąāļāļĒāļēāļ§
āļŦāđāļāļāļŠāļĄāļļāļāđāļĄāđāđāļāđāļĄāļĩāļŠāđāļ§āļāļĢāđāļ§āļĄāđāļāļĨāļģāļāļąāļāļāļąāļāļāļēāļĄāļāļī
se āđāļāļĨāđāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļēāļĢāļāđāļēāļāļāļĨāļēāļĒāļāđāļēāļāđāļāļĩāļĒāļ§
a āļāļģāļāļ§āļāļāļīāđāļāļŠāļđāļāļŠāļļāļāļāļāļāļāļāļ [2]
b āļāļ§āļēāļĄāļĒāļēāļ§āļŠāļđāļāļŠāļļāļāļāļāļāļāļāļāļāļēāļāļēāļĻ (bp) [10000]
c āļāđāļēāđāļāļĨāļĩāđāļĒāļāļ§āļēāļĄāļāļĢāļāļāļāļĨāļļāļĄ k-mer āļāļąāđāļāļāđāļģāļāļāļ unitig [āļāļĢ.āļ§(āļāđāļēāļĄāļąāļāļĒāļāļēāļ)]
d āļāđāļāļāļīāļāļāļĨāļēāļāļāļĩāđāļāļāļļāļāļēāļāļāļāļāļāļēāļĢāļāļĢāļ°āļĄāļēāļāļĢāļ°āļĒāļ°āļāļēāļ (bp) [6]
e āļāļēāļĢāļāļąāļāđāļāļēāļ°āļāļąāđāļāļāđāļģ k-mer āļāļĢāļāļāļāļĨāļļāļĄ [āļāļĢ.āļ§(āļāđāļēāļĄāļąāļāļĒāļāļēāļ)]
E āļāļēāļĢāļāļąāļāđāļāļēāļ°āļāļąāđāļāļāđāļģ k-mer āļāļĢāļāļāļāļĨāļļāļĄāļāđāļāđāļāļĨāļĩāļĒāļ§ [1]
j āļāļģāļāļ§āļāļāļĢāļ°āļāļđāđ [2]
k āļāļāļēāļāļāļāļ k-mer (āđāļĄāļ·āđāļāđāļĄāđāđāļāđāļāļąāđāļāļāđāļē K) āļŦāļĢāļ·āļāļŠāđāļāļāļāļāļāļāļđāđ k-mer (āđāļĄāļ·āđāļāļāļąāđāļāļāđāļē K)
K āļāļāļēāļāļāļāļ k-mer āđāļāļĩāļĒāļ§āđāļāļāļđāđ k-mer (bp)
l āļāļ§āļēāļĄāļĒāļēāļ§āļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļāļāļąāđāļāļāđāļģāļāļāļāļāļēāļĢāļāđāļēāļ (bp) [k]
m āļāļēāļĢāļāļąāļāļāđāļāļāļāļąāļāļāļąāđāļāļāđāļģāļāļāļāļŠāļāļ unitigs (bp) [30]
n āļāļģāļāļ§āļāļāļđāđāļāļąāđāļāļāđāļģāļāļĩāđāļāļģāđāļāđāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļēāļĢāļāđāļāļŠāļĢāđāļēāļāļŠāđāļ§āļāļāđāļāļāļĢāļ°āļŠāļēāļ [10]
N āļāļģāļāļ§āļāļāļđāđāļāļąāđāļāļāđāļģāļāļĩāđāļāļģāđāļāđāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļēāļĢāļŠāļĢāđāļēāļāļāļąāđāļāļĢāđāļēāļ [n]
p āđāļāļāļĨāļąāļāļĐāļāđāļāļāļāļĨāļģāļāļąāļāļāļąāđāļāļāđāļģāļāļāļāļāļāļāļŠāļāļđāđ [0.9]
q āļāļļāļāļ āļēāļāļāļēāļāļāļąāđāļāļāđāļģāđāļĄāļ·āđāļāļāļąāļāđāļāđāļ [3]
āļāļąāļāđāļāđāļāļāļēāļāļāļēāļāļāļĨāļēāļĒāļāļēāļĢāļāđāļēāļāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļļāļāļ āļēāļāļāđāļāļĒāļāļ§āđāļē q
Q āļāļļāļāļ āļēāļāļāļēāļāļāļąāđāļāļāđāļģ [0]
āļāļīāļāļāļąāļāļāļēāļāļāļēāļĢāļāđāļēāļāļāļąāđāļāļŦāļĄāļāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļļāļāļ āļēāļāļāđāļāļĒāļāļ§āđāļē Q āđāļāđāļ `N'
s āļāļāļēāļāļŦāļāđāļ§āļĒāļāļąāđāļāļāđāļģāļāļĩāđāļāļģāđāļāđāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļŠāđāļ§āļāļāđāļāļāļēāļāļēāļĢ (bp) [200]
āļāļ§āļēāļĄāļĒāļēāļ§āļāļāļāđāļĄāļĨāđāļāļāļ§āļĢāļĄāļĩāļāļ§āļēāļĄāļĒāļēāļ§āļāļĒāđāļēāļāļāđāļāļĒāļŠāļāļāđāļāđāļēāļāļāļāļāđāļē k āļāđāļēāļĨāļģāļāļąāļāđāļāļīāđāļĄāđāļāļīāļĄāļāļ·āļ
āļāļĢāļ°āļāļāļāđāļāļīāļāļāļāļēāļāļāļĩāđāļāļĄāļāļĩāđāļāļēāļāđāļ§āđ āļĨāļāļāđāļāļīāđāļĄ s
S āļāļāļēāļ contig āļāļąāđāļāļāđāļģāļāļĩāđāļāļģāđāļāđāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļēāļĢāļŠāļĢāđāļēāļāļāļąāđāļāļĢāđāļēāļ (bp) [s]
SS SS=--SS āđāļāļ·āđāļāļāļĢāļ°āļāļāļāđāļāđāļŦāļĄāļāđāļāļāļēāļ°āļŠāļēāļĢāļ°
āļāļģāļŦāļāļāđāļŦāđāđāļĨāļāļĢāļēāļĢāļĩāļāļąāđāļāļŦāļĄāļāđāļāđāļāđāļĨāļāļĢāļēāļĢāļĩ RNA-Seq āđāļāļāļēāļ°āļŠāđāļāļĢāļāļāđ āļāļ·āļāļ§āđāļē
āļāļēāļĢāļāđāļēāļāļāļĢāļąāđāļāđāļĢāļāđāļāļāļđāđāļāļēāļĢāļāđāļēāļāļāļ°āļĒāđāļāļāļāļĨāļąāļ WRT āļāļēāļĢāļāļāļāđāļŠāļĩāļĒāļāļāļēāļĄāļĨāļģāļāļąāļ
t āļāļāļēāļāļāļĨāļēāļĒāļāļąāđāļāļāđāļģ (bp) [2k]
v v=-v āđāļāļ·āđāļāđāļāļīāļāđāļāđāļāļēāļāļāļēāļĢāļāļąāļāļāļķāļāđāļāļāļĨāļ°āđāļāļĩāļĒāļ
np, āļŠāļĨāđāļāļ
āļāļģāļāļ§āļāļāļĢāļ°āļāļ§āļāļāļēāļĢāļāļāļāļāļēāļĢāļāļĢāļ°āļāļāļ MPI
āļĄāļāļĩāļĢāļąāļ āđāļŠāđāļāļāļēāļāļŠāļđāđāļĄāļāļīāļĢāļļāļ
āđāļāđāļāđāļŠāđāļāļāļĢāļ
āđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļĩāđāļāļ°āđāļāđāđāļāļ·āđāļāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļāļāļēāļĢāļāđāļēāļāđāļŦāđ contigs [āđāļāļāļāļĩāđ]
āļāđāļēāļāļĩāđāļāļāļļāļāļēāļāļāļ·āļ: map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida āļāļđ
āļāļĩāļāđāļē āļŠāđāļ§āļāļāđāļēāļāļĨāđāļēāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāđāļāļĄāļđāļĨāđāļāļīāđāļĄāđāļāļīāļĄāđāļāļĩāđāļĒāļ§āļāļąāļāļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļ dida
cs āđāļāļĨāļāļŠāđāļ§āļāļāđāļāļāļāļāļŠāđāļāļāļŠāļĩāđāļāđāļāļāļāļāļāļīāļāļāļāļāļāļīāļ§āļāļĨāļĩāđāļāđāļāļāđāļŦāļĨāļąāļāļāļēāļĢāļāļĢāļ°āļāļāļ
Options of āļāļģ
-n, --āļāļĢāļēāļĒāļĢāļąāļ
āļāļīāļĄāļāđāļāļģāļŠāļąāđāļāļāļĩāđāļāļ°āļāļģāđāļāļīāļāļāļēāļĢ āđāļāđāđāļĄāđāļāđāļāļāļāļģāđāļāļīāļāļāļēāļĢ
āļāļģ āđāļāđāļēāļŦāļĄāļēāļĒ for āđāļŦāļ§-pe
āļāļīāļāļāļąāļ
āđāļāļĩāļĒāļāđāļāđāļēāļāļąāļ `scaffolds scaffolds-dot stats'
āļŦāļāđāļ§āļĒ
āļāļĢāļ°āļāļāļāļŦāļāđāļ§āļĒ.
unitigs-āļāļļāļ
āđāļŠāļāļāļāļĨāļāļĢāļēāļāļāļąāļāļāđāļāļ unitig
āļāļĩāđāđāļāļĄ āđāļĄāđāļ paired-end āļāđāļēāļ unitigs āđāļĨāļ°āļŠāđāļāļāļāļāđāļāļĨāđ SAM āđāļāļĨāđ SAM āđāļāđāļēāļāļąāđāļ
āļĄāļĩāļāļēāļĢāđāļĄāļāļāļēāļĢāļāđāļēāļāđāļāļĒāļąāļ contig āļāļĩāđāđāļāļāļāđāļēāļāļāļąāļ āđāļĨāļ° ID āļāļēāļĢāļāđāļēāļ āļĨāļģāļāļąāļāđāļĨāļ°āļāļļāļāļ āļēāļ
āļŠāļāļĢāļīāļāļāļ°āļāļđāļāđāļāļāļāļĩāđāļāđāļ§āļĒāļāļąāļāļāļĢāļ° '*'
āļāļĩāđāđāļāļĄ āđāļĄāđāļ paired-end āļāđāļēāļ unitigs āđāļĨāļ°āļŠāđāļāļāļāļāđāļāļĨāđ BAM āđāļāļĨāđ BAM āđāļāđāļēāļāļąāđāļ
āļĄāļĩāļāļēāļĢāđāļĄāļāļāļēāļĢāļāđāļēāļāđāļāļĒāļąāļ contig āļāļĩāđāđāļāļāļāđāļēāļāļāļąāļ āđāļĨāļ° ID āļāļēāļĢāļāđāļēāļ āļĨāļģāļāļąāļāđāļĨāļ°āļāļļāļāļ āļēāļ
āļŠāļāļĢāļīāļāļāļ°āļāļđāļāđāļāļāļāļĩāđāļāđāļ§āļĒāļāļąāļāļāļĢāļ° '*'
pe-āļāļąāļāļāļĩ
āļŠāļĢāđāļēāļāļāļąāļāļāļĩāļāļāļ unitigs āļāļĩāđāđāļāđāđāļāļĒ abyss-map
āļāļēāļĢāļāļīāļāđāļāļ·āđāļ
āļāļĢāļ°āļāļāļ contigs
contigs-āļāļļāļ
āđāļŠāļāļāļāļĨāļāļĢāļēāļāļāļąāļāļāđāļāļ contig
mp-sam āđāļĄāļāļāļđāđāļāļđāđāļāđāļēāļāđāļāļĒāļąāļ contigs āđāļĨāļ°āļŠāđāļāļāļāļāđāļāļĨāđ SAM āđāļāļĨāđ SAM āđāļāđāļēāļāļąāđāļ
āļĄāļĩāļāļēāļĢāđāļĄāļāļāļēāļĢāļāđāļēāļāđāļāļĒāļąāļ contig āļāļĩāđāđāļāļāļāđāļēāļāļāļąāļ āđāļĨāļ° ID āļāļēāļĢāļāđāļēāļ āļĨāļģāļāļąāļāđāļĨāļ°āļāļļāļāļ āļēāļ
āļŠāļāļĢāļīāļāļāļ°āļāļđāļāđāļāļāļāļĩāđāļāđāļ§āļĒāļāļąāļāļāļĢāļ° '*'
mp-āđāļāļĄ āđāļĄāļāļāļđāđāļāļđāđāļāđāļēāļāđāļāļĒāļąāļ contigs āđāļĨāļ°āļŠāđāļāļāļāļāđāļāļĨāđ BAM āđāļāļĨāđ BAM āđāļāđāļēāļāļąāđāļ
āļĄāļĩāļāļēāļĢāđāļĄāļāļāļēāļĢāļāđāļēāļāđāļāļĒāļąāļ contig āļāļĩāđāđāļāļāļāđāļēāļāļāļąāļ āđāļĨāļ° ID āļāļēāļĢāļāđāļēāļ āļĨāļģāļāļąāļāđāļĨāļ°āļāļļāļāļ āļēāļ
āļŠāļāļĢāļīāļāļāļ°āļāļđāļāđāļāļāļāļĩāđāļāđāļ§āļĒāļāļąāļāļāļĢāļ° '*'
mp-āļāļąāļāļāļĩ
āļŠāļĢāđāļēāļāļāļąāļāļāļĩāļāļāļ contigs āļāļĩāđāđāļāđāđāļāļĒ abyss-map
āļāļąāđāļāļĢāđāļēāļ
āļāļĢāļ°āļāļāļāļāļąāđāļāļĢāđāļēāļ.
āļāļąāđāļāļĢāđāļēāļ-āļāļļāļ
āđāļŠāļāļāļāļĨāļāļĢāļēāļāļāļąāļāļāđāļāļāļāļāļāđāļāļĢāļāļāļąāđāļāļĢāđāļēāļ
āļāļąāđāļāļĢāđāļēāļ
āļāļģāļĨāļēāļĒāđāļāļĢāļāđāļĨāļ°āļŠāļĢāđāļēāļāđāļāļĨāđ AGP
āļāļĨāļļāđāļĒāļĒāļēāļ§
āļāļąāđāļāļĢāđāļēāļāđāļāļĒāđāļāđ RNA-Seq āļāļĢāļ°āļāļāļ contigs
āļĒāļēāļ§-scaffs-dot
āļŠāđāļāļāļāļāļāļĢāļēāļāļāļąāļāļāđāļāļāđāļāļĢāļāļāļąāđāļāļĢāđāļēāļ RNA
āļŠāļāļīāļāļī āđāļŠāļāļāļŠāļāļīāļāļīāļāļ§āļēāļĄāļāđāļāđāļāļ·āđāļāļāļāļāļāļāļēāļĢāļāļĢāļ°āļāļāļ
āļāļĨāļēāđāļāļĒāļŠāđ āļĨāļāđāļāļĨāđāļĢāļ°āļāļąāļāļāļĨāļēāļ
āļĢāļļāđāļ
āđāļŠāļāļāđāļ§āļāļĢāđāļāļąāļāļāļāļ abyss-pe
āļĢāļļāđāļ
āđāļŠāļāļāđāļ§āļāļĢāđāļāļąāļāļāļāļāđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļąāđāļāļŦāļĄāļāļāļĩāđāđāļāđāđāļāļĒ abyss-pe
āļāđāļ§āļĒ āđāļŠāļāļāļāđāļāļāļ§āļēāļĄāļāļĩāđāđāļāđāļāļāļĢāļ°āđāļĒāļāļāđ
āļāļĩāļāđāļē
ABySS āļĢāļāļāļĢāļąāļāļāļēāļĢāđāļāđ DIDA (Distributed Indexing Dispatched Alignment) āļāļķāđāļāđāļāđ MPI
āļāļĢāļāļāļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļēāļĢāļāļģāļāļ§āļāļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļāļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļāļāđāļēāļĄāđāļāļĢāļ·āđāļāļāļŦāļĨāļēāļĒāđāļāļĢāļ·āđāļāļ āđāļāđ
DIDA āļāļąāļ ABySS āļāđāļāļāļāļ·āđāļāđāļŦāđāļāļēāļ§āļāđāđāļŦāļĨāļāđāļĨāļ°āļāļīāļāļāļąāđāļ DIDA āļāļēāļ
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/didaāļāļēāļāļāļąāđāļāļĢāļ°āļāļļ `dida` āđāļāđāļāļāđāļēāļāļāļ
āđāļāđāļāđāļŠāđāļāļāļĢāļ āļāļēāļĢāļēāļĄāļīāđāļāļāļĢāđ āđāļŦāļ§-pe.
āļāļĩāđāđāļāļĩāđāļĒāļ§āļāđāļāļāļāļąāļ DIDA āđāļŦāļ§-pe āļāļēāļĢāļēāļĄāļīāđāļāļāļĢāđ
Dida_MPIRUN
āļāļģāļŠāļąāđāļ `mpirun` āđāļāđāđāļāļ·āđāļāļĢāļąāļāļāļēāļ DIDA
DISA_RUN_OPTIONS
āļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļāļĢāļąāļāđāļāļĄāđ āđāļāđāļ āļāļģāļāļ§āļāđāļāļĢāļāļāđāļāļāļąāļāļāļąāļ MPI āđāļĨāļ°āļāđāļēāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļŠāļ āļēāļāđāļ§āļāļĨāđāļāļĄ
āļāļąāļ§āđāļāļĢ (āđāļāđāļ PATH, LD_LIBRARY_PATH) āđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđ `abyss-dida --help` āđāļāļ·āđāļāļāļđāļĢāļēāļĒāļāļēāļĢ
āļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļĒāļđāđ
DIDA_OPTIONS
āļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļāļāļĩāđāļŠāđāļāļāļĢāļāđāļāļĒāļąāļāđāļāļāļēāļĢāļĩ DIDA āļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļāđāļāđāļ āļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļāđ
āđāļāļ·āđāļāļāļ§āļāļāļļāļĄāđāļāļāļāđāļāļ§āļēāļĄāļĒāļēāļ§āļāļēāļĢāļāļąāļāļāļģāđāļŦāļāđāļāļāļąāđāļāļāđāļģ āđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđ `dida-wrapper --help` āļŠāļģāļŦāļĢāļąāļ a
āļĢāļēāļĒāļāļēāļĢāļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļāļāļĩāđāļĄāļĩāļāļĒāļđāđ
āđāļāļĄāđāļ āļāļ§āļēāļĄāđāļāđāļēāļāļąāļāđāļāđ
āđāļāļ·āđāļāļāļāļēāļāļāļēāļĢāđāļāđāļĄāļąāļĨāļāļīāđāļāļĢāļ DIDA āđāļāđāļāļĢāļēāļāļāļąāļāļŦāļēāļāļēāļĢāļŦāļĒāļļāļāļāļ°āļāļąāļāļāļāļ OpenMPI āđāļāļĒāđāļāđ
āļāļāđāļāļ°āļāļģāđāļĨāļāļĢāļēāļĢāļĩ MPICH MPI āļāļĒāđāļēāļāļĒāļīāđāļāđāļĄāļ·āđāļāļĢāļąāļāđāļāļŠāđāļāļĄāļāļĨāļĩāļāđāļ§āļĒ DIDA āļāļēāļĢāļāļāļŠāļāļ
āđāļŠāļĢāđāļāļŠāļīāđāļāļāđāļ§āļĒ MPICH 3.1.3 āļĢāļ§āļāļĢāļ§āļĄāļāđāļ§āļĒ --enable-threads=funneled
āļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļ
āļāļēāļĢāļāļģāļŦāļāļāļāđāļēāļĢāļąāļāđāļāļĄāđāļāļĩāđāđāļāļ°āļāļģāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļ DIDA āļāļ·āļ 1 āļāļąāļāļāļąāļ MPI āļāđāļāđāļāļĢāļ·āđāļāļāđāļĨāļ° 1 āđāļāļĢāļāļāđāļ
āļāļĩāļāļĩāļĒāļđāļāļāļĢāđ āļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļāđāļāđāļ āđāļāļāļēāļĢāļĢāļąāļāđāļāļŠāđāļāļĄāļāļĨāļĩāđāļ 3 āđāļŦāļāļāļāļĨāļąāļŠāđāļāļāļĢāđāļāļĩāđāļĄāļĩ 12 āļāļāļĢāđāđāļāđāļĨāļ°āļāļāļĢāđ āđāļŦāđāļāļģāļāļąāļāļāļĩāđ
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -āļāļđāļāđāļāđāļēāļāļąāļāļāļāļĢāđāļ'
āļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļāļāļĩāđāđāļāđāļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļāļāļĢāļĢāļāļąāļāļāļģāļŠāļąāđāļ MPICH āļŠāļģāļŦāļĢāļąāļ "mpirun" āļāļĩāđāļāļĩāđ `-np 3` āļŦāļĄāļēāļĒāļāļķāļ
āļāļģāļāļ§āļāļāļąāļāļāļąāļ MPI `-ppn 1` āļĢāļ°āļāļļāļāļģāļāļ§āļāļāļąāļāļāļąāļ MPI āļāđāļ "āđāļŦāļāļ" āđāļĨāļ°
`-bind-to board` āļāļģāļŦāļāļ "āđāļŦāļāļ" āđāļŦāđāđāļāđāļāļĄāļēāđāļāļāļĢāđāļāļāļĢāđāļ (āđāļāđāļāđāļāļĢāļ·āđāļāļāđāļāđāļĄ)
āđāļĨāļ°āļāļ§āļāđāļĢāļē āļāļąāļ§āđāļāļĢ
āļāļēāļĢāļēāļĄāļīāđāļāļāļĢāđāđāļ āđ āļāļĩāđāļāļēāļāļĢāļ°āļāļļāđāļ§āđāđāļāļāļĢāļĢāļāļąāļāļāļģāļŠāļąāđāļāļāļēāļāļāļđāļāļĢāļ°āļāļļāđāļ an
āļāļąāļ§āđāļāļĢāļŠāļ āļēāļāđāļ§āļāļĨāđāļāļĄ
āđāļŠāđāļāļāļēāļ āļāđāļāļāļĄāļĩāđāļāđāļĢāđāļāļāļāļĢāļĩāļāļĩāđāļāļīāļāļāļąāđāļāđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāđāļĢāļĩāļĒāļāļāļģāļāļēāļ ABySS āđāļāđ `āđāļŦāļ§-
pe āđāļ§āļāļĢāđāļāļąāļ 'āđāļāļ·āđāļāļāļĢāļ§āļāļŠāļāļāļ§āđāļē PATH āđāļāđāļĢāļąāļāļāļēāļĢāļāļģāļŦāļāļāļāđāļēāļāļĒāđāļēāļāļāļđāļāļāđāļāļ
āļāļĩāđāļāđāļĄāļāļĩāļāļĩāļāļēāļĢāđ āļĢāļ°āļāļļāđāļāđāļĢāđāļāļāļāļĢāļĩāļāļĩāđāļāļ°āđāļāđāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāđāļāļĨāđāļāļąāđāļ§āļāļĢāļēāļ§
āļāļēāļĢāļēāļāđāļ§āļĨāļē āļāļđāļĢāļāļēāļāļēāļĢ
ABySS āļāļģāļāļēāļāļĢāđāļ§āļĄāļāļąāļāļāļąāļ§āļāļąāļāļāļģāļŦāļāļāļāļēāļĢāļāļēāļāļāļāļāļāļĨāļąāļŠāđāļāļāļĢāđāđāļāđāļāļĩ āđāļāđāļ:
* SGE (āđāļāļĢāļ·āđāļāļāļĒāļāļāđāļāļąāļāļāļĢāļīāļ)
* āļĢāļ°āļāļāđāļāļāļāđāđāļāļāļāļāļāļē (PBS)
* āđāļŦāļĨāļāļāļēāļĢāđāļāđāļāļāļąāļāļŠāļīāđāļāļāļģāļāļ§āļĒāļāļ§āļēāļĄāļŠāļ°āļāļ§āļ (LSF)
* āđāļāļāļĩāđāļāđāļĄ LoadLeveler
āļāļēāļāđāļāđāļāļąāļ§āđāļāļĢāļŠāļ āļēāļāđāļ§āļāļĨāđāļāļĄ SGE JOB_NAME, SGE_TASK_ID āđāļĨāļ° NSLOTS āđāļāļ·āđāļāļĢāļ°āļāļļ
āļāļ·āđāļāļāļēāļĢāļēāļĄāļīāđāļāļāļĢāđ k āđāļĨāļ° np āļāļēāļĄāļĨāļģāļāļąāļ āđāļĨāļ°āđāļāļāļģāļāļāļāđāļāļĩāļĒāļ§āļāļąāļāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļāļąāļ§āļāļģāļŦāļāļāļāļēāļĢāļēāļāđāļ§āļĨāļēāļāļ·āđāļāđ
āļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļ
āļŦāļāļķāđāļ āļāļđāđāļāļĨāļēāļĒ āļŦāđāļāļāļŠāļĄāļļāļ
abyss-pe k=64 āļāļ·āđāļ=ecoli āđāļ='reads1.fa reads2.fa'
āđāļāļĨāļāļāļāļĢāđāļĄāļāļĩāđāļŦāļĨāļēāļāļŦāļĨāļēāļĒ āļāļđāđāļāļĨāļēāļĒ āļŦāđāļāļāļŠāļĄāļļāļ
abyss-pe k=64 āļāļ·āđāļ=ecoli lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'
āļāļĨāļēāļĒāļāļđāđ āđāļĨāļ° āļāļđāđāļāļđāđ āļŦāđāļāļāļŠāļĄāļļāļ
abyss-pe k=64 āļāļ·āđāļ=ecoli lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'
āļĢāļ§āļĄāļāļąāđāļ RNA-Seq āļāļĢāļ°āļāļāļ
abyss-pe k=64 āļāļ·āđāļ=ecoli lib=pe1 mp=mp1 āļĒāļēāļ§=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.āļāļ°
āđāļāļĄāđāļ
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'
SGE
qsub -N ecoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'
āđāļāđ abyss-pe āļāļāļāđāļĨāļāđāđāļāļĒāđāļāđāļāļĢāļīāļāļēāļĢ onworks.net