นี่คือคำสั่ง Alien_hunter ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
Alien_hunter - ลวดลายคำสั่งตัวแปร Interpolated เพื่อระบุแนวนอน
ได้รับ DNA
เรื่องย่อ
Alien_hunter [ Options]
DESCRIPTION
Alien_hunter เป็นแอปพลิเคชั่นสำหรับการทำนายการถ่ายโอนยีนแนวนอนสมมุติ
เหตุการณ์ (HGT) ที่มีการใช้ Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs) หนึ่ง
วิธีการ IVOM ใช้ประโยชน์จากอคติเชิงองค์ประกอบโดยใช้การแจกแจงแม่ลายลำดับตัวแปรและ
จับองค์ประกอบภายในของลำดับได้อย่างน่าเชื่อถือมากขึ้นเมื่อเปรียบเทียบกับลำดับคงที่
วิธีการ ตัวเลือกการคาดคะเนสามารถแยกวิเคราะห์เป็น 2 สถานะ 2 ซ่อน Markov
โมเดล (HMM) ในเฟรมเวิร์กการตรวจจับจุดเปลี่ยน เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการแปลของ
ขอบเขตของภูมิภาคที่คาดการณ์ไว้ การคาดคะเน (รูปแบบ embl) สามารถโดยอัตโนมัติ
โหลดลงในโปรแกรมดูจีโนม Artemis ได้ฟรีที่:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
INPUT: ลำดับจีโนมดิบ PREDICTION: ภูมิภาค HGT อิงตาม Interpolated Variable Order
อาร์กิวเมนต์ Motifs (IVOMs):
ลำดับจีโนมดิบ
ชื่อไฟล์สำหรับข้อมูลเอาท์พุต
อาร์กิวเมนต์ตัวเลือก:
-a เพื่อโหลดไฟล์คำทำนายลงใน Artemis
-c เพิ่มประสิทธิภาพขอบเขตที่คาดการณ์ไว้ด้วยการตรวจจับจุดเปลี่ยน 2 สถานะลำดับที่ 2 HMM
ไฟล์เอาต์พุต:
การคาดคะเน (ไฟล์แท็บ) ในรูปแบบ embl
.เลือก
การคาดการณ์ที่ปรับให้เหมาะสม (HMM) (ไฟล์แท็บ) ในรูปแบบ embl
.plot
การคาดการณ์ในรูปแบบ Artemis User Plot เพื่อโหลดด้วยตนเองโดยใช้ Graph -> Add
พล็อตผู้ใช้...
.opt.plot
การคาดการณ์ที่ปรับให้เหมาะสม (HMM) ในรูปแบบ Artemis User Plot เพื่อโหลดด้วยตนเองโดยใช้
กราฟ -> เพิ่มพล็อตผู้ใช้...
.sco
คะแนนเหนือหน้าต่างบานเลื่อนทั้งหมด - สำหรับการตรวจสอบการแจกแจงคะแนน
หมายเหตุ: การคาดคะเนที่ทับซ้อนกับโอเปอเรเตอร์ rRNA ถูกกล่าวถึงในตัวระบุบันทึกย่อ
ใช้ Alien_hunter ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
