amap - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

amap - การจัดตำแหน่งโปรตีนหลายตำแหน่งโดยการหลอมตามลำดับ

เรื่องย่อ

แผนที่ [ทางเลือกที่] [เอ็มฟาไฟล์] [เอ็มฟาไฟล์]

DESCRIPTION

AMAP เป็นเครื่องมือในการจัดตำแหน่ง peptidic หลายตำแหน่ง มันใช้ส่วนหลัง
การถอดรหัสและการจัดแนวการหลอมตามลำดับแทนการก้าวหน้าแบบเดิม
วิธีการจัดตำแหน่ง เป็นโปรแกรมการจัดตำแหน่งเดียวที่ช่วยให้สามารถควบคุม
การแลกเปลี่ยนความไว / ความจำเพาะ มันขึ้นอยู่กับซอร์สโค้ด ProbCons แต่ใช้
ความถูกต้องของเมตริกการจัดตำแหน่งและขจัดการเปลี่ยนแปลงความสม่ำเสมอ

ในการกำหนดค่าเริ่มต้น AMAP จะถูกปรับเพื่อเพิ่มค่า Alignment Metric . ที่คาดหวังให้สูงสุด
คะแนนความแม่นยำ (AMA) - การวัดความแม่นยำในการจัดตำแหน่งใหม่ โดยยึดตามตัวชี้วัดสำหรับ
พื้นที่การจัดตำแหน่งหลายตำแหน่งซึ่งรวมเอาความไวและความจำเพาะเข้าไว้ด้วยกัน
การวัดที่สมดุล AMA ถูกกำหนดให้เป็นเศษส่วนของสารตกค้างที่จัดตำแหน่งอย่างถูกต้อง (ถึง
เรซิดิวอื่นหรือช่องว่าง) จากจำนวนเรซิดิวทั้งหมดในลำดับทั้งหมด

แผนที่ จัดแนวลำดับที่มีให้ในรูปแบบ MFA รูปแบบนี้ประกอบด้วยหลายลำดับ
แต่ละลำดับในรูปแบบ MFA เริ่มต้นด้วยคำอธิบายบรรทัดเดียว ตามด้วยบรรทัดของ
ข้อมูลลำดับ บรรทัดรายละเอียดแตกต่างจากข้อมูลลำดับโดย a
เครื่องหมายมากกว่า (“>”) ในคอลัมน์แรก

OPTIONS

-คลัสเตอร์
ใช้รูปแบบเอาต์พุต CLUSTALW แทน MFA

-c --ความสม่ำเสมอ ตัวแทน
ใช้ 0 <= ตัวแทน <= 5 (ค่าเริ่มต้น: 0) ผ่านการเปลี่ยนแปลงความสอดคล้อง

-ir --iterative-การปรับแต่ง ตัวแทน
ใช้ 0 <= ตัวแทน <=1000 (ค่าเริ่มต้น: 0) การผ่านของ iterative-refinement

-ก่อน --ก่อนการฝึกอบรม ตัวแทน
ใช้ 0 <= ตัวแทน <= 20 (ค่าเริ่มต้น: 0) รอบของการฝึกล่วงหน้า

-คู่
สร้างการจัดตำแหน่งคู่ทุกคู่

-วิเทอร์บี
ใช้อัลกอริทึม Viterbi เพื่อสร้างคู่ทั้งหมด (เปิดใช้งานโดยอัตโนมัติ -คู่)

-v --รายละเอียด
รายงานความคืบหน้าขณะจัดแนว (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-ไม่ ชื่อไฟล์
เขียนคำอธิบายประกอบสำหรับการจัดตำแหน่งหลายรายการถึง ชื่อไฟล์

-t --รถไฟ ชื่อไฟล์
คำนวณความน่าจะเป็นการเปลี่ยนแปลง EM เก็บไว้ใน ชื่อไฟล์ (ค่าเริ่มต้น: ไม่มีการฝึกอบรม)

-e --การปล่อย
ยังประเมินความน่าจะเป็นในการปล่อยก๊าซอีกครั้ง (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-p --paramfile ชื่อไฟล์
อ่านพารามิเตอร์จาก ชื่อไฟล์ (ค่าเริ่มต้น: )

-a --การจัดตำแหน่ง-ลำดับ
ลำดับการพิมพ์ในลำดับการจัดตำแหน่งมากกว่าลำดับการป้อน (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-g --gap-ปัจจัย GF
ใช้ GF เป็นพารามิเตอร์ gap-factor ตั้งค่าเป็น 0 เพื่อความไวที่ดีที่สุด ค่าที่สูงกว่าสำหรับ
ความจำเพาะดีกว่า (ค่าเริ่มต้น: 0.5)

-w --ขอบ-น้ำหนัก-เกณฑ์ W
หยุดกระบวนการหลอมตามลำดับเมื่อขอบที่ดีที่สุดมีน้ำหนักต่ำกว่า W, ตั้งค่าเป็น 0
เพื่อความไวแสงที่ดีที่สุด ค่าที่สูงขึ้นเพื่อความจำเพาะที่ดีกว่า (ค่าเริ่มต้น: 0)

-prog --ความก้าวหน้า
ใช้การจัดตำแหน่งแบบโปรเกรสซีฟแทนการจัดตำแหน่งการหลอมตามลำดับ (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-ไม่มีการสั่งซื้อ --no-edge-การจัดลำดับใหม่
ปิดใช้งานการจัดลำดับขอบใหม่ระหว่างการจัดตำแหน่งการหลอมตามลำดับ (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-maxstep --use-max-stepsize
ใช้ขนาดขั้นตอนการปรับปรุงสูงสุดแทนการจัดอันดับขอบ tGf (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-พิมพ์ --พิมพ์-หลัง
พิมพ์เฉพาะเมทริกซ์ความน่าจะเป็นหลัง (ค่าเริ่มต้น: ปิด)

-กุย เริ่มต้น STEP
เอาต์พุตการพิมพ์สำหรับ GUI ที่ใช้ AMAP แสดง Java (ค่าเริ่มต้น: ) เริ่มต้นที่น้ำหนัก เริ่มต้น
(ค่าเริ่มต้น: อินฟินิตี้) ด้วยขนาดขั้นตอน STEP (ค่าเริ่มต้น: )

ตัวอย่าง

หากต้องการเรียกใช้ AMAP ด้วยตัวเลือกเริ่มต้นให้เปลี่ยนเป็น จัดแนว ไดเรกทอรีและประเภท:

% แผนที่

หากไม่ได้ระบุชื่อไฟล์ไว้ รายการตัวเลือกจะถูกพิมพ์

เพื่อที่จะใช้ AMAP Display ให้รัน AMAP ด้วยตัวเลือก -gui และบันทึกเอาต์พุตไปที่a
ไฟล์ จากนั้นใช้ไฟล์เป็นอินพุตไปยัง AmapDisplay ตัวอย่างเช่น พิมพ์:

% จัดตำแหน่ง/ap -กุย ตัวอย่าง/BB12020.tfa > ตัวอย่าง/BB12020.tfa.out

% ชวา - โถ จอแสดงผล/AmapDisplay.jar ตัวอย่าง/BB12020.tfa.out

(บนระบบเดเบียน, the ตัวอย่าง ไดเรกทอรีอยู่ใน /usr/share/doc/amap-align/examples

หมายเหตุ

ในเวอร์ชันเก่า (< 2.0-1) ของแพ็คเกจสำหรับระบบ Debian(TM) แผนที่ คำสั่งคือ
เปลี่ยนชื่อเป็น amap-จัดตำแหน่ง เพราะมีเครื่องมือที่เรียกว่า .อยู่แล้ว แผนที่ (ซึ่งทำหน้าที่บางอย่าง
การวินิจฉัยเครือข่ายคอมพิวเตอร์) ลิงค์สัญลักษณ์ amap-จัดตำแหน่ง ยังคงมีให้สำหรับการอัพเกรด
วัตถุประสงค์ แต่จะถูกลบออกใน Debian ที่เผยแพร่หลัง Etch (Debian 4.0)

ใช้ amap ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net