นี่คือแอมพลิคอนนอยส์คำสั่งที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
AmpliconNoise - ขจัดเสียงรบกวนจากข้อมูลลำดับนิวคลีโอไทด์ที่มีปริมาณงานสูง
VERSION
เอกสารนี้อ้างถึงเวอร์ชัน 1.22
เรื่องย่อ
ดู /usr/share/doc/ampliconnoise/Doc.pdf.gz เพื่อดูรายละเอียดวิธีการวิ่ง
DESCRIPTION
รวมเครื่องมือต่อไปนี้ ส่วนใหญ่มีค่าเทียบเท่า MPI เช่น
SeqNoise มี SeqNoiseM เทียบเท่าซึ่งสามารถใช้กับ mpirun ได้
ฟาสต้าไม่ซ้ำใคร - ทำซ้ำไฟล์ fasta
-in ชื่อไฟล์อินพุตสตริง
ตัวเลือก:
เอฟซีคลัสเตอร์
-in ชื่อไฟล์อินพุตระยะสตริง
-out เอาต์พุตสตริงไฟล์ stub
ตัวเลือก:
-r ความละเอียด
- ความเชื่อมโยงโดยเฉลี่ย
-w ใช้ตุ้มน้ำหนัก
-ฉันอ่านตัวระบุ
-s ขนาด dis
นพ - เมทริกซ์ระยะลำดับ Needleman-Wunsch คู่จากไฟล์ fasta
-in ชื่อไฟล์สตริง fata
ตัวเลือก:
-i ตัวระบุเอาต์พุต
เซอุส - สังหารสัตว์ประหลาด
-sin สตริงชื่อไฟล์ seq
ตัวเลือก:
-ไฟล์ลำดับอ้างอิงสตริงอ้างอิง
-a การจัดตำแหน่งเอาต์พุต
-d ใช้ความไม่สมดุล
-rin ชื่อไฟล์ค้นหาสตริง
ไพโรดิส - เมทริกซ์ระยะทางแบบคู่จากโฟลว์แกรม
-in ชื่อไฟล์กระแสสตริง
-out stub ออก stub ไฟล์
ตัวเลือก:
-ni ไม่มีดัชนีในไฟล์ dat
-rin ชื่อไฟล์ค้นหาสตริง
ไพโรนอยส์ - คลัสเตอร์โฟลว์แกรมโดยไม่มีการจัดตำแหน่ง
-din ชื่อไฟล์กระแสสตริง
-out ชื่อไฟล์อินพุตคลัสเตอร์สตริงคลัสเตอร์
-lin ไฟล์รายการสตริง
ตัวเลือก:
-v ละเอียด
-c การตัดเริ่มต้นสองครั้ง
-ni ไม่มีดัชนีในไฟล์ dat
-s ความแม่นยำสองเท่า
-rin ชื่อไฟล์ค้นหาไฟล์
SeqDist - เมทริกซ์ระยะทางแบบคู่จากไฟล์ fasta
-in ชื่อไฟล์สตริง fasta
ตัวเลือก:
-i ตัวระบุเอาต์พุต
-rin ชื่อไฟล์ค้นหาสตริง
SeqNoise - ลำดับคลัสเตอร์
-in ชื่อไฟล์ลำดับสตริง
-din ชื่อไฟล์เมทริกซ์ระยะสตริง
-out ชื่อไฟล์อินพุตคลัสเตอร์สตริงคลัสเตอร์
-lin ไฟล์รายการสตริง
ตัวเลือก:
-ไฟล์การแมปนาที
-v ละเอียด
-c การตัดเริ่มต้นสองครั้ง
-s ความแม่นยำสองเท่า
-rin ชื่อไฟล์ค้นหาสตริง
แยกคลัสเตอร์Even
-din ชื่อไฟล์สตริงข้อมูล
-min ชื่อไฟล์แมปสตริง
-tin ชื่อไฟล์สตริงต้นไม้
-s แยกขนาด
-m ขนาดต่ำสุด
ใช้เครื่องขยายเสียงออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
