bowtie-build - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

bowtie-build - สร้างดัชนี colorspace สำหรับ bowtie

เรื่องย่อ

bowtie-สร้าง [ตัวเลือก]*

DESCRIPTION

การอ้างอิง_in
รายการไฟล์ที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคที่มีลำดับการอ้างอิง

ebwt_outfile_base
เขียนข้อมูล Ebwt ไปยังไฟล์ด้วย dir/basename . นี้

OPTIONS

-f ไฟล์อ้างอิงคือ Fasta (ค่าเริ่มต้น)

-c ลำดับอ้างอิงที่กำหนดในบรรทัด cmd (as )

--ดัชนีขนาดใหญ่
บังคับสร้างดัชนีให้ 'ใหญ่' แม้ว่าผู้อ้างอิงจะมีน้อยกว่า 4 พันล้าน
นิวคลีโอ

-C/--สี
สร้างดัชนีสีสเปซ

-a//-noauto
ปิดการใช้งานอัตโนมัติ -p//-bmax/--dcv memory-fitting

-p//-เต็มแล้ว
ใช้สตริงที่บรรจุไว้ภายใน ช้าลง ใช้ความจำน้อยลง

--บีแม็กซ์
max bucket sz สำหรับตัวสร้างต่อท้าย blockwise-array

--bmaxdivn
max bucket sz เป็นตัวหารของ ref len (ค่าเริ่มต้น: 4)

--ดีซีวี
ระยะเวลาต่างกันไปสำหรับบล็อกเกอร์ (ค่าเริ่มต้น: 1024)

--nodc ปิดการใช้งาน diff-cover (อัลกอริทึมกลายเป็นกำลังสอง)

-r//-noref
อย่าสร้างส่วน .3/.4.ebwt (การอ้างอิงที่บรรจุไว้)

-3//-justref
เพียงแค่สร้าง .3/.4.ebwt (การอ้างอิงที่บรรจุไว้) ส่วน

-o//-offrate
SA ถูกสุ่มตัวอย่างทุก ๆ 2^offRate BWT ตัวอักษร (ค่าเริ่มต้น: 5)

-t//-ftabchars
จำนวนตัวอักษรที่ใช้ในการค้นหาเริ่มต้น (ค่าเริ่มต้น: 10)

--nto แปลง Ns โดยอ้างอิงถึง As

--เมล็ด
เมล็ดพันธุ์สำหรับเครื่องกำเนิดตัวเลขสุ่ม

-q/--เงียบ
เอาต์พุตแบบละเอียด (สำหรับการดีบัก)

-h/--ช่วย
พิมพ์คำอธิบายโดยละเอียดของเครื่องมือและตัวเลือกต่างๆ

--การใช้งาน
พิมพ์ข้อความการใช้งานนี้

--รุ่น
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออกจาก

64 บิต สร้างขึ้นบน lgw01-11 พฤ. 26 พ.ย. 11:11:03 UTC 2015 คอมไพเลอร์: gcc เวอร์ชัน 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) ตัวเลือก: -O3 -Wl,--hash-style=ทั้งสอง -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-ป้องกันที่แข็งแกร่ง -Wรูปแบบ - ผิดพลาด=รูปแบบ-ความปลอดภัย -g -O2 -fstack-ป้องกันที่แข็งแกร่ง
-Wรูปแบบ - ผิดพลาด=รูปแบบ-ความปลอดภัย -Wl,-Bsymbolic-ฟังก์ชั่น -Wl,-z,relro Sizeof {int, ยาว,
ยาว ยาว เป็นโมฆะ*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}

ใช้ bowtie-build ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net