bowtie2-build - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

bowtie2-build - กระดาษห่อสำหรับ bowtie2-build-*

เรื่องย่อ

bowtie2-สร้าง [ตัวเลือก]*

DESCRIPTION

Bowtie 2 เวอร์ชั่น 2.2.6 โดย Ben Langmead ([ป้องกันอีเมล],www.cs.jhu.edu/~langmea)

การอ้างอิง_in
รายการไฟล์ที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคที่มีลำดับการอ้างอิง

bt2_index_base
เขียนข้อมูล bt2 ไปยังไฟล์ด้วย dir/basename . นี้

*** ดัชนี Bowtie 2 ใช้งานได้กับ v2 เท่านั้น (ไม่ใช่ v1) ในทำนองเดียวกันสำหรับดัชนี v1 ***

OPTIONS

-f ไฟล์อ้างอิงคือ Fasta (ค่าเริ่มต้น)

-c ลำดับอ้างอิงที่กำหนดในบรรทัด cmd (as )

--ดัชนีขนาดใหญ่
บังคับสร้างดัชนีให้ 'ใหญ่' แม้ว่าผู้อ้างอิงจะมีน้อยกว่า 4 พันล้าน
นิวคลีโอ

-a//-noauto
ปิดการใช้งานอัตโนมัติ -p//-bmax/--dcv memory-fitting

-p//-เต็มแล้ว
ใช้สตริงที่บรรจุไว้ภายใน ช้าลง หน่วยความจำน้อยลง

--บีแม็กซ์
max bucket sz สำหรับตัวสร้างต่อท้าย blockwise-array

--bmaxdivn
max bucket sz เป็นตัวหารของ ref len (ค่าเริ่มต้น: 4)

--ดีซีวี
ระยะเวลาต่างกันไปสำหรับบล็อกเกอร์ (ค่าเริ่มต้น: 1024)

--nodc ปิดการใช้งาน diff-cover (อัลกอริทึมกลายเป็นกำลังสอง)

-r//-noref
อย่าสร้างไฟล์ดัชนี .3/.4

-3//-justref
เพียงแค่สร้างไฟล์ดัชนี .3/.4

-o//-offrate
SA สุ่มตัวอย่างทุกๆ 2^ อักขระ BWT (ค่าเริ่มต้น: 5)

-t//-ftabchars
จำนวนตัวอักษรที่ใช้ในการค้นหาเริ่มต้น (ค่าเริ่มต้น: 10)

--เมล็ด
เมล็ดพันธุ์สำหรับเครื่องกำเนิดตัวเลขสุ่ม

-q/--เงียบ
เอาต์พุตแบบละเอียด (สำหรับการดีบัก)

-h/--ช่วย
พิมพ์คำอธิบายโดยละเอียดของเครื่องมือและตัวเลือกต่างๆ

--การใช้งาน
พิมพ์ข้อความการใช้งานนี้

--รุ่น
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออกจาก

ใช้ bowtie2-build ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net