นี่คือคำสั่ง bp_bioflat_indexp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bp_bioflat_index.pl - ไฟล์ลำดับดัชนีโดยใช้ Bio::DB::Flat
DESCRIPTION
สร้างหรืออัปเดตฐานข้อมูลลำดับชีวภาพที่จัดทำดัชนีด้วย
Bio::DB::Flat indexing scheme. อาร์กิวเมนต์เป็นรายการของไฟล์แบน
มีข้อมูลลำดับที่จะจัดทำดัชนี
การใช้
bp_bioflat_index.pl ไฟล์1 ไฟล์2 ไฟล์3...
ตัวเลือก:
--create สร้างหรือกำหนดค่าเริ่มต้นดัชนีใหม่ หากไม่ระบุ
ดัชนีต้องมีอยู่แล้ว
--รูปแบบ รูปแบบของไฟล์ลำดับ ต้องเป็นหนึ่ง
ของ "genbank", "swissprot", "embl" หรือ "fasta"
--ที่ตั้ง พาธไปยังไดเร็กทอรีที่ไฟล์ดัชนี
ถูกเก็บไว้
--dbname ชื่อสัญลักษณ์ของฐานข้อมูลที่จะสร้าง
--indextype ประเภทของดัชนีที่จะสร้าง ไม่ว่าจะเป็น "bdb" หรือ "แบน"
"binarysearch" เหมือนกับ "flat"
ตัวเลือกสามารถย่อได้ ตัวอย่างเช่น ใช้ -i สำหรับ --indextype
ตัวแปรสภาพแวดล้อมต่อไปนี้จะถูกใช้เป็นค่าเริ่มต้นหากตัวเลือกที่เกี่ยวข้อง
ไม่ได้ให้:
รูปแบบ OBDA_FORMAT ของไฟล์ลำดับ
เส้นทาง OBDA_LOCATION ไปยังไดเร็กทอรีที่เก็บไฟล์ดัชนีไว้
OBDA_DBNAME ชื่อฐานข้อมูล
ดัชนีประเภท OBDA_INDEX ที่จะสร้าง
ใช้ bp_bioflat_indexp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
