นี่คือคำสั่ง bp_fetchp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bp_fetch.pl - ดึงข้อมูลลำดับจากฐานข้อมูลที่จัดทำดัชนี bioperl
เรื่องย่อ
bp_fetch.pl สวิส:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl net::genbank:JX295726
bp_fetch.pl net::genpept:ROA1_HUMAN
bp_fetch.pl ace::myserver.somewhere.edu,21000:X56676
bp_fetch.pl -fmt GCG สวิส:ROA1_HUMAN
DESCRIPTION
ดึงข้อมูลลำดับโดยใช้ระบบการเข้าถึงฐานข้อมูลใน Bioperl ที่นิยมใช้กันมากที่สุดคือ
เป็น bp_fetch ลำดับจากดัชนี bioperl ที่สร้างขึ้นโดยใช้ bpindex.pl หรือเพื่อดึงข้อมูลลำดับ
จากเว็บไซต์ กสทช
รูปแบบสำหรับการดึงข้อมูลลำดับนั้นจงใจเหมือนกับรูปแบบ GCG/EMBOSS เช่น
ต่อไปนี้:
db:ชื่อ
ด้วยศักยภาพในการวางประเภทฐานข้อมูล 'เมตา' เป็น
เมตา::db:ชื่อ
ข้อมูลเมตาสามารถเป็นหนึ่งในสามประเภท
โลคัล - ฐานข้อมูลไฟล์แฟล็ตที่จัดทำดัชนีในเครื่อง
net - เครือข่าย http: ตามฐานข้อมูล
ace - ฐานข้อมูล ACeDB
ข้อมูลนี้มีค่าเริ่มต้นเป็น 'local' สำหรับชื่อฐานข้อมูลที่ไม่มีข้อมูล meta db
OPTIONS
-fmt - รูปแบบเอาต์พุต
Fasta (ค่าเริ่มต้น), EMBL, Raw, swiss หรือ GCG
-acc - string เป็นหมายเลขภาคยานุวัติ ไม่ใช่ an
รหัส
ตัวเลือกสำหรับการใช้งานโดยผู้เชี่ยวชาญเท่านั้น
-dir - ไดเร็กทอรีเพื่อค้นหาไฟล์ดัชนี
(แทนที่ตัวแปรสภาพแวดล้อม BIOPERL_INDEX)
-พิมพ์ - ประเภทของไฟล์ DBM ที่จะเปิด
(แทนที่ตัวแปรสภาพแวดล้อม BIOPERL_INDEX_TYPE)
และพวกเรา
bp_index และ bp_fetch ประสานงานที่ฐานข้อมูลอยู่โดยใช้ตัวแปรสภาพแวดล้อม
BIOPERL_INDEX สามารถแทนที่ได้โดยใช้ตัวเลือก -dir ประเภทดัชนี (SDBM หรือ
DB_File หรือไฟล์ดัชนีอื่น) ถูกควบคุมโดยตัวแปร BIOPERL_INDEX_TYPE นี้
ค่าเริ่มต้นเป็น SDBM_File
ใช้ IT ด้วยตัวคุณเอง
bp_fetch เป็นตัวห่อหุ้มรอบโมดูล bioperl ที่รองรับ Bio::DB::BioSeqI
อินเทอร์เฟซที่เป็นนามธรรม ซึ่งรวมถึง:
รหัสผู้แต่ง
James Gilbert - ตัวทำดัชนี Fasta, ตัวทำดัชนีบทคัดย่อ
Aaron Mackay - การเข้าถึง GenBank และ GenPept DB
Ewan Birney - ตัวทำดัชนี EMBL .dat
หลายคน - รหัส SeqIO
โมดูลเหล่านี้สามารถใช้ได้โดยตรง ซึ่งดีกว่าการใช้สคริปต์นี้เป็นระบบ
โทรหรือท่อที่จะอ่านจาก อ่านซอร์สโค้ดสำหรับ bp_fetch เพื่อดูว่ามีการใช้งานอย่างไร
ขยายเวลา IT
bp_fetch ใช้โมดูลต่างๆ จำนวนหนึ่งเพื่อให้สามารถเข้าถึงฐานข้อมูลได้ โมดูลใดก็ได้
ซึ่งสมัครใช้งานอินเทอร์เฟซ Bio::DB::BioSeqI ได้ที่นี่ สำหรับไฟล์แบน
ตัวสร้างดัชนี ทำได้ดีที่สุดโดยขยาย Bio::Index::Abstract เช่นเดียวกับที่ทำใน
Bio::Index::EMBL และ Bio::Index::Fasta. สำหรับการเข้าถึงฐานข้อมูลอื่น คุณจะต้อง
ม้วนอินเทอร์เฟซของคุณเอง
สำหรับรูปแบบเอาต์พุตใหม่ คุณต้องเพิ่มโมดูล SeqIO ใหม่ สิ่งที่ง่ายที่สุดคือการมอง
ที่ Bio::SeqIO::Fista และหาวิธีแฮ็คมันสำหรับรูปแบบของคุณเอง (เรียกมันว่าอะไร
ต่างกันอย่างเห็นได้ชัด)
การตอบรับ
จดหมาย รายการ
ความคิดเห็นของผู้ใช้เป็นส่วนสำคัญของวิวัฒนาการของโมดูลนี้และโมดูล Bioperl อื่นๆ ส่ง
ข้อคิดเห็นและข้อเสนอแนะของคุณ ควรไปที่รายชื่อผู้รับจดหมายของ Bioperl การมีส่วนร่วมของคุณ
เป็นที่ชื่นชมมาก
[ป้องกันอีเมล] - พูดคุยเรื่องทั่วไป
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - เกี่ยวกับรายชื่อผู้รับจดหมาย
การรายงาน Bugs
รายงานจุดบกพร่องไปยังระบบติดตามจุดบกพร่องของ Bioperl เพื่อช่วยเราติดตามจุดบกพร่องและข้อบกพร่องเหล่านั้น
ปณิธาน. สามารถส่งรายงานข้อบกพร่องผ่านทางเว็บ:
https://github.com/bioperl/bioperl-live/issues
ใช้ bp_fetchp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
