circos - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

-
-
| | | | '__/ __/ _ \/ __|
- - - - - -
\____|_|_| \____\___/|___/

รอบกำลังดี

circos - สร้างกราฟิกข้อมูลแบบวงกลม

เรื่องย่อ

# เดาตำแหน่งของไฟล์กำหนดค่า
ละครสัตว์

# ใช้ไฟล์กำหนดค่าเฉพาะ
circos -conf circos.conf [-เงียบ]

# วินิจฉัยโมดูลที่จำเป็น
circos - โมดูล

#คนหน้า
วงเวียน -man

# การดีบักโดยละเอียดสำหรับส่วนประกอบโค้ด
# ดู http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging
วงเวียน -debug_group GROUP1,[GROUP2,...]

# ดีบักแบบเต็ม
วงเวียน -debug_group _all

# การถ่ายโอนข้อมูลการกำหนดค่าของบล็อก (หรือบล็อกทรี) ของ
# พารามิเตอร์ใด ๆ ที่ตรงกับ REGEXP (ไม่บังคับ)
วงเวียน -cdump [BLOCK1/[BLOCK2/...]]{:REGEXP}

# เอาชนะพารามิเตอร์การกำหนดค่า
circos -param image/radius=2000p -param ideogram/show=no

#เพื่อความสนุก - สุ่มสีในภาพทั้งหมด ยกเว้น
# COLOR1 และ COLOR2
วงกลม - สุ่มสี COLOR1,[COLOR2,...]

DESCRIPTION

Circos ใช้สำหรับการแสดงข้อมูลในรูปแบบวงกลม เหมาะอย่างยิ่งสำหรับการสำรวจความสัมพันธ์
ระหว่างวัตถุหรือตำแหน่ง มีสาเหตุอื่นๆ ที่ทำให้รูปแบบวงกลมเป็น
ได้เปรียบไม่น้อยไปกว่าความจริงที่ว่ามันมีเสน่ห์

Circos ไม่ใช่วิธีแก้ปัญหา เป็นเครื่องมือในการแก้ปัญหาการสร้างภาพ สำหรับให้
ปัญหาคุณไม่รับประกันว่าเหมาะสม

คุณสามารถควบคุมวิธีการแสดงองค์ประกอบข้อมูลแต่ละส่วนได้อย่างละเอียด ช่วยให้คุณจับคู่ได้
ความสำคัญต่อความเกี่ยวข้อง

การกำหนดค่า

การตั้งค่ามีไว้เพื่อส่งผ่านโดยใช้ไฟล์การกำหนดค่าข้อความธรรมดา ไฟล์นี้สามารถ
สร้างขึ้นด้วยตนเองหรือโดยสคริปต์อื่น ซึ่งช่วยให้ Circos ทำงานอัตโนมัติได้อย่างสมบูรณ์

ดูเอกสารฉบับเต็มได้ที่

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials>

วากยสัมพันธ์
การกำหนดค่าเป็นข้อความธรรมดาและประกอบด้วยบล็อกแบบลำดับชั้น บล็อกบางส่วนเช่น
" เป็นข้อบังคับในขณะที่คนอื่นชอบ " เป็นทางเลือก

ในการเริ่มต้น โปรดดูบทแนะนำคู่มือฉบับย่อ

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/quick_guide>

ไฟล์การกำหนดค่าทั่วไปอาจมีลักษณะดังนี้

# ขนาดและรูปแบบภาพ

...


#ตำแหน่งและขนาดของอุดมการณ์

...


# ตำแหน่ง ประเภท และรูปแบบของแทร็กข้อมูล


...

...


# สี แบบอักษร และรูปแบบการเติม
< >

# พารามิเตอร์ระบบ
< >

modularity
"< > directive นำเข้าไฟล์การกำหนดค่าหนึ่งไปยังอีกไฟล์หนึ่ง นี้
สิ่งอำนวยความสะดวกช่วยให้ไฟล์การกำหนดค่าเป็นแบบโมดูลาร์

คำจำกัดความของพารามิเตอร์ที่ไม่เปลี่ยนแปลงบ่อย เช่น คำจำกัดความของสีและแบบอักษร
นำเข้าตามอัตภาพจากไฟล์ที่พบใน ฯลฯ/ ในการจำหน่าย

ในบทช่วยสอน คุณจะพบว่า และ " บล็อกถูกนำเข้ามาที่
ไฟล์คอนฟิกูเรชันหลัก เนื่องจากบล็อกเหล่านี้อาจมีขนาดค่อนข้างใหญ่ ตัวหลัก
ไฟล์คอนฟิกูเรชันจะอ่านง่ายขึ้นหากถูกผลักไสให้แยกเป็นไฟล์แยก

ที่เอาชนะ กับ *
หากต้องการแทนที่พารามิเตอร์ที่รวมมาจากไฟล์ ให้ใช้ส่วนต่อท้าย "*" คำต่อท้าย
จำเป็นเนื่องจากไม่อนุญาตให้ใช้คำจำกัดความของพารามิเตอร์หลายคำ ยกเว้นในกรณี
โดยที่พารามิเตอร์อาจมีมากกว่าหนึ่งค่า


# รวมไฟล์กำหนด 'รัศมี'
< >
# สิ่งนี้จะแทนที่ค่ารัศมี
รัศมี* = 2500p


ส่วนต่อท้าย "*" สามารถทำซ้ำได้เพื่อระบุว่าค่าใดมีความสำคัญเหนือกว่าในบล็อก

รัศมี = 1500p
รัศมี* = 2500p
รัศมี** = 3000p # ตัวอย่างรัศมีนี้จะถูกใช้

ที่เอาชนะ กับ คำสั่ง Line
พารามิเตอร์การกำหนดค่าใด ๆ ในชื่อบล็อกที่ไม่ซ้ำกันสามารถระบุได้ในบรรทัดคำสั่ง
การใช้

-param PATH/PARAM=ค่า

ตัวอย่างเช่น


แสดง = ไม่
...


-พารามิเตอร์ ideogram/show=no

และ



ค่าเริ่มต้น = 0.01r

...


-param ideogram/ระยะห่าง/ค่าเริ่มต้น=0.01r

เมื่อ คอนเฟิร์ม() ใช้ในไฟล์กำหนดค่าเพื่อดึงค่าของพารามิเตอร์ (any
พารามิเตอร์ ไม่ใช่แค่ที่ตั้งค่าโดย -param) คุณจะได้รับระบบที่ยืดหยุ่นสำหรับการเปลี่ยน
การกำหนดค่าที่บรรทัดคำสั่ง

สปีชีส์ = มนุษย์
karytotype = data/karyotype/karyotype.conf(สายพันธุ์).txt

-พาราม สปีชีส์=หนู

พารามิเตอร์หลายตัวสามารถกำหนดใหม่ได้ โดยแต่ละตัวมีแฟล็ก "-param" ของตัวเอง

-param show_ticks=no -param ภาพ/รัศมี=2000p

การผสม Blocks
หลายอินสแตนซ์ของบล็อกต่อไปนี้จะถูกรวมโดยอัตโนมัติ: " ,
" , " , " , " , " , " และ " .

จุดประสงค์ของการดำเนินการนี้คือเพื่อให้คุณเพิ่มคำจำกัดความตามรูปแบบบัญญัติได้

# ไฟล์นี้กำหนดค่าเริ่มต้น , และ
< >

#เพิ่มลงในบล็อคสี

มายคัลเลอร์ = 150,25,25

OPTIONS

องค์ประกอบ
ไฟล์ -configfile
ชื่อของไฟล์การกำหนดค่า นี้เป็นสิ่งจำเป็น

Circos จะพยายามเดาตำแหน่งของไฟล์นี้ โดยค้นหา "circos.conf" ใน
".", "..", และ "..-".

เอาท์พุต รูปแบบ
-png, -nopng
-svg, -nosvg
สลับเอาต์พุตของไฟล์ PNG และ SVG

ภาพ องค์ประกอบ
-show_ticks, -noshow_ticks
-show_tick_labels, -noshow_tick_labels
แทนที่การแสดงเห็บและป้ายกำกับ ทั้งสองมักจะถูกกำหนดไว้ใน
บล็อก.

เอาท์พุต เส้นทาง
-เอาต์พุตdir DIR, -dir DIR
-outputfile FILE, -ไฟล์ FILE
เปลี่ยนไดเร็กทอรีเอาต์พุตและชื่อไฟล์ ไฟล์สามารถมีเส้นทาง

การแก้จุดบกพร่อง
-debug
เปิดเอาต์พุตการดีบักพื้นฐาน รายงานข้อมูลจาก

รูปภาพ, io, เลเยอร์, ​​สรุป, ตัวจับเวลา

กลุ่มดีบัก (ดูด้านล่าง)

-debug_group {+-}กลุ่ม 1,[{+-}กลุ่ม 2,...]
เปิดเอาต์พุตการดีบักสำหรับบางกลุ่ม ดูรายชื่อกลุ่มได้ที่

L<http://www.circos.ca/documentation/tutorials/configuration/debugging>

ในการเพิ่มกลุ่มไปยังผลลัพธ์ที่นำหน้าด้วย + หากต้องการลบด้วย -

# ใช้กลุ่มดีบักเริ่มต้น แต่ไม่รวมเลเยอร์และ io
-debug -debug_group -layer,-io

# ใช้กลุ่มดีบักเริ่มต้นและเพิ่มระยะห่าง
-debug -debug_group +ระยะห่าง

#ระบุกลุ่มอย่างชัดเจน
-debug_group png,io,ตัวจับเวลา

ในการแสดงรายการกลุ่มที่ได้รับการสนับสนุน ใช้แฟล็กโดยไม่มีอาร์กิวเมนต์

-debug_group

-เวลา
รายงานข้อมูลเวลา เหมือนกับ -debug_group +timer

-เงียบ
ไม่สร้างรายงาน

-หวาดระแวง, -noparanoid
ทำงานในโหมดหวาดระแวง (ค่าเริ่มต้น) หรือไม่ ค่าเริ่มต้นสำหรับการตั้งค่านี้ถูกกำหนดโดย
'หวาดระแวง' ใน etc/housekeeping.conf

- คำเตือน - คำเตือน
แสดงคำเตือนหรือไม่ (ค่าเริ่มต้น) ค่าเริ่มต้นสำหรับการตั้งค่านี้ถูกกำหนดโดย
'คำเตือน' ใน etc/housekeeping.conf

-fakeerror = รายการ -fakeerror CAT = รายการ -fakeerror ,ID = รายการ -fakeerror CAT,ID
ปลอมข้อผิดพลาดโดยแสดงข้อความแสดงข้อผิดพลาดสำหรับหมวดหมู่ CAT และ ID ชื่อข้อผิดพลาด ถ้า
หนึ่งหรือไม่มีระบุ รายการที่มีข้อผิดพลาด

เว้นแต่คุณจะสนุกกับการดูข้อความแสดงข้อผิดพลาดอย่างแท้จริง มีเหตุผลเล็กน้อยสำหรับคุณที่จะ
ต้องการใช้สิ่งนี้

การใช้
-version
แสดงรุ่น.

-ช่วยด้วย
แสดงสรุปการใช้งานโดยย่อ

-ชาย
แสดงหน้าคน

ขำ รอบ
-สุ่มสี [color1,color2,...]
สุ่มสีของทุกองค์ประกอบในภาพ ยกเว้นรายการตัวเลือกของ
สี

ตัวอย่างเช่น เพื่อให้พื้นหลังเป็นสีขาวและอะไรก็ได้ที่เป็นสีดำ

- สุ่มสี ขาว ดำ

ใช้ circos ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net