āļāļĩāđāļāļ·āļāļāļģāļŠāļąāđāļ cleanasn āļāļĩāđāļŠāļēāļĄāļēāļĢāļāđāļĢāļĩāļĒāļāđāļāđāđāļāļāļđāđāđāļŦāđāļāļĢāļīāļāļēāļĢāđāļŪāļŠāļāđāļāļĢāļĩāļāļāļ OnWorks āđāļāļĒāđāļāđāļŦāļāļķāđāļāđāļāđāļ§āļīāļĢāđāļāļŠāđāļāļāļąāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļĢāļĩāļāļāļāđāļĢāļē āđāļāđāļ Ubuntu Online, Fedora Online, āđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļāļ Windows āļŦāļĢāļ·āļāđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļģāļĨāļāļāļāļāļāđāļĨāļāđāļāļāļ MAC OS
āđāļāļĢāļāļāļēāļĢ:
āļāļ·āđāļ
cleanasn - āļĨāđāļēāļāļŠāļīāđāļāļāļīāļāļāļāļāļīāđāļāļ§āļąāļāļāļļ NCBI ASN.1
āđāļĢāļ·āđāļāļāļĒāđāļ
āļāļģāļāļ§āļēāļĄāļŠāļ°āļāļēāļ [-] [-A āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ] [-C Str] [-D Str] [-F Str] [-K Str] [-L āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ] [-M āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ]
[-N Str] [-P Str] [-Q Str] [-R] [-S Str] [-T] [-U Str] [-V Str] [-X Str] [-Z Str] [-a Str]
[-b] [-c] [-d Str] [-f Str] [-i āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ] [-j āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ] [-k āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ] [-m Str] [-n āđāļŠāđāļāļāļēāļ]
[-o āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ] [-p āđāļŠāđāļāļāļēāļ] [-q āđāļŠāđāļāļāļēāļ] [-r āđāļŠāđāļāļāļēāļ] [-v āđāļŠāđāļāļāļēāļ] [-x āļāđāļ]
DESCRIPTION
āļāļģāļāļ§āļēāļĄāļŠāļ°āļāļēāļ āđāļāđāļāđāļāļĢāđāļāļĢāļĄāļāļĢāļĢāļāļāļĢāļ°āđāļĒāļāļāđāđāļāļ·āđāļāļĨāđāļēāļāļŠāļīāđāļāļāļīāļāļāļāļāļīāđāļāļāđāļāļāđāļāđāļāļāđ NCBI ASN.1
OPTIONS
āļŠāļĢāļļāļāļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļāļāļĒāļđāđāļāđāļēāļāļĨāđāļēāļ
- āļāļīāļĄāļāđāļāđāļāļāļ§āļēāļĄāļāļēāļĢāđāļāđāļāļēāļ
-A āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ
āđāļāļĨāđāļĢāļēāļĒāļāļēāļĢāļ āļēāļāļĒāļēāļāļļāļ§āļąāļāļī
-C Str āļāļēāļĢāļāļģāđāļāļīāļāļāļēāļĢāļāļēāļĄāļĨāļģāļāļąāļ āļāļēāļĄāđāļāļĨāđāļāđāļ str:
āļ āļāļĩāļāļāļąāļ
d āļāļĨāļēāļĒāļāļēāļĢāļāļĩāļāļāļąāļ
v āļāđāļāļāļ§āđāļēāļāđāļŠāļĄāļ·āļāļāļ āļēāļĒāđāļāļĨāļģāļāļąāļāļāļĩāđāđāļāđāļāļŠāđāļ§āļ
s āđāļāļĨāļāļāļļāļāđāļāļāđāļĄāļāļāđāđāļāđāļāļĨāļģāļāļąāļāđāļāļĨāļāđāļē
-D Str āļĨāđāļēāļāļāļąāļ§āļāļāļīāļāļēāļĒāļāļēāļĄāļāđāļēāļŠāļāļēāļāļ°āđāļ str:
t āļĨāļāļāļ·āđāļāđāļĢāļ·āđāļāļ
āļ āļĨāļāļāļ§āļēāļĄāļāļīāļāđāļŦāđāļ
n āļĨāļāļāļ·āđāļāļāļļāļ Nuc-Prot
e āļĨāļ Pop/Phy/Mut/Eco Set title
m āļĨāļ mRNA title
p āļĨāļāļāļ·āđāļāđāļāļĢāļāļĩāļ
-F Str āļĨāđāļēāļāļāļļāļāļŠāļĄāļāļąāļāļīāļāļēāļĄāļāđāļēāļŠāļāļēāļāļ°āđāļ str:
u āļĨāļ User-objects
d āļĨāļ db_xrefs
e āļĨāļ /āļŦāļĨāļąāļāļāļēāļ āđāļĨāļ° /āļāļāļļāļĄāļēāļ
r āļĨāļāļĒāļĩāļāļāđāļģāļāđāļāļ xrefs
āļŦāļĨāļāļĄāļĢāļ§āļĄāļāļļāļāļŠāļĄāļāļąāļāļīāļāļĩāđāļāđāļģāļāļąāļ
k āđāļāđāļāđāļāļāļāļēāļĢāđāļāđāļēāļĢāļŦāļąāļŠāļ āļđāļĄāļīāļ āļēāļāļŦāļĢāļ·āļāļāļļāļāļŠāļĄāļāļąāļāļīāļāļīāđāļāļŠāđāļ§āļ
z āļĨāļāļŦāļĢāļ·āļāļāļąāļāđāļāļāļŦāļĄāļēāļĒāđāļĨāļ EC
-K Str āļāļģāļāļēāļĢāļĨāđāļēāļāļāđāļāļĄāļđāļĨāļāļąāđāļ§āđāļ āļāļēāļĄāđāļāļĨāđāļāđāļ str:
āļ BasicSeqEntryCleanup
p C++ BasicCleanup (āļāđāļēāļāļĒāļđāļāļīāļĨāļīāļāļĩāđāļ āļēāļĒāļāļāļ)
SeriousSeqEntryCleanup āļāļāļ
g GpipeSeqEntryCleanup
n āļāļĢāļąāļāļĨāļģāļāļąāļāļāļąāļ§āļāļāļīāļāļēāļĒāđāļŦāđāđāļāđāļāļāļāļāļī
u āļĨāļāļ§āļąāļāļāļļāļāļđāđāđāļāđ NcbiCleanup
c āļāļĢāļ°āļŠāļēāļāļĢāļŦāļąāļŠāļāļąāļāļāļļāļāļĢāļĢāļĄ
d āļāļīāļāđāļāļĢāđāļāļāđ CDS āļāļēāļāļŠāđāļ§āļāļāļĩāļāļāļĢāļąāđāļ
m āļāļīāļāđāļāļĢāđāļāļāđ mRNA āļāļēāļāļŠāđāļ§āļāļāļĩāļāļāļĢāļąāđāļ
t āļāļīāļāđāļāļĢāđāļāļāđāđāļāļāđāļāļāđāļāļēāļāļŠāđāļ§āļāļāļĩāļāļāļĢāļąāđāļ
a āļāļĢāļąāļāļāļĢāļ°āļāļāļāļąāļāļāļēāļĄāļāļī
āļāļąāļāđāļĨāļ·āđāļāļāļāļąāđāļāđāļāđāļ Seq-ID . āļāļĩāđ "āđāļĒāđāļāļĩāđāļŠāļļāļ"
-L āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ
āļĨāđāļāļāđāļāļĨāđ
-M āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ
āđāļāļĨāđāļĄāļēāđāļāļĢ
-N Str āļĨāđāļēāļāļĨāļīāļāļāđāļāļēāļĄāļāđāļēāļŠāļāļēāļāļ°āđāļ str:
o āđāļāļ·āđāļāļĄāđāļĒāļ CDS mRNA āđāļāļĒāļāļēāļāđāļāļĩāđāļĒāļ§āļāļąāļ
p āđāļāļ·āđāļāļĄāđāļĒāļ CDS mRNA āļāļēāļĄāļāļĨāļīāļāļ āļąāļāļāđ
r āļāļģāļŦāļāļāļĢāļŦāļąāļŠāļāļļāļāļŠāļĄāļāļąāļāļīāđāļŦāļĄāđ
f āđāļāđāđāļāļĢāļŦāļąāļŠāļāļļāļāļŠāļĄāļāļąāļāļīāļāļķāđāļāļāļąāļāđāļĨāļ°āļāļąāļāļāļĩāđāļāļēāļāļŦāļēāļĒāđāļ
c āļĨāđāļēāļāļĢāļŦāļąāļŠāļāļļāļāļŠāļĄāļāļąāļāļī
-P āļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļāļŠāļīāđāļāļāļīāļĄāļāđ:
a āļĨāļāļŠāļīāđāļāļāļīāļĄāļāđāļāļąāđāļāļŦāļĄāļ
s āļĨāļāļŦāļĄāļēāļĒāđāļĨāļāļāļĩāđāļĢāļĩāļĒāļĨ
f āļĨāļāļĢāļđāļ āļĨāļģāļāļąāļ āđāļĨāļ°āļāļ·āđāļ
r āļĨāļāļŦāļĄāļēāļĒāđāļŦāļāļļ
u āļāļąāļāđāļāļāļŠāļīāđāļāļāļīāļĄāļāđāđāļāļāļēāļ° PMID
# āđāļāļāļāļĩāđāđāļĄāđāđāļāđāđāļāļĒāđāļāļĢāđāļāđāļ§āļĒ PMID
-Q Str āļĢāļēāļĒāļāļēāļ:
c āļāļģāļāļ§āļāļāļąāļāļāļķāļ
r ASN.1 āļĢāļēāļĒāļāļēāļ BSEC
s ASN.1 āļĢāļēāļĒāļāļēāļ SSEC
n NORM āđāļāļĩāļĒāļāļāļąāļāļĢāļēāļĒāļāļēāļ SSEC
e PopPhyMutEco AutoDef āļĢāļēāļĒāļāļēāļ
o āļĢāļēāļĒāļāļēāļāļāļēāļāđāļāļĩāđāļĒāļ§āļāļąāļ
l āļĨāļ°āļāļīāļāļđāļ-āļĨāļāļāļāļīāļāļđāļ āļāļĢāļ°āđāļāļĻ āļāđāļēāļ
d āļāļąāļāļāļķāļāļāļ§āļēāļĄāđāļāļāļāđāļēāļ SSEC
g GenBank SSEC āđāļāļāļāđāļēāļ
āļŠāđāļ§āļāļāđāļēāļ f asn2gb/asn2flat
h āļāļ§āļēāļĄāđāļāļāļāđāļēāļāļāļāļ Seg-to-delta GenBank
v āđāļāļĢāļ·āđāļāļāļĄāļ·āļāļāļĢāļ§āļāļŠāļāļ SSEC diff
m āļāļĢāļąāļāļāļĢāļļāļāļĒāļĩāļ/RNA/PCR . āđāļŦāđāļāļąāļāļŠāļĄāļąāļĒ
u āļāļēāļĢāļāđāļāļŦāļēāļāļąāļāļāļĩāđāđāļĄāđāđāļāđāđāļāļĒāđāļāļĢāđ
p āđāļāļĒāđāļāļĢāđāļāļēāļĢāļāđāļāļŦāļēāļāļąāļ
j Unindexed Journal āļĢāļēāļĒāļāļēāļ
x āļŠāđāļāļāđāļāļāļāļģāļŦāļāļāđāļāļ
-R āļāļēāļĢāļāļķāļāļāđāļāļĄāļđāļĨāļĢāļ°āļĒāļ°āđāļāļĨāļāļēāļ ID (āļāļēāļāļāđāļāļĄāļđāļĨāļĨāļģāļāļąāļ NCBI)
-S Str āļāļąāļ§āļāļĢāļāļāļāļĨāļāđāļēāļāđāļāļāđāļĨāļ·āļāļ (āļāđāļēāļĄāļāļąāļ§āļāļīāļĄāļāđāđāļŦāļāđ)
s āļŠāļŠāļŠ
āļ BSEC
āļāļđāđāđāļāļĩāļĒāļ
āļāļĩ āļŠāļīāđāļāļāļīāļĄāļāđ
l āļāļĩāđāļāļąāđāļ
āļāļēāļĢāđāđāļāđāļāđāļ
q āļĨāļģāļāļąāļāļāļēāļĢāļāļąāļāđāļĢāļĩāļĒāļāļĢāļāļāļāļąāļāđāļĨāļ·āļāļ
āļ. Genbank āļāļĨāđāļāļ
k Package CdRegion āļŦāļĢāļ·āļāļāļļāļāļŠāļĄāļāļąāļāļīāļāļāļāļāļīāđāļāļŠāđāļ§āļ
m āļĒāđāļēāļĒāļŠāļīāđāļāļāļīāļĄāļāđ
o āļāļīāđāļāļŠāļīāđāļāļāļīāļĄāļāđ Bioseq āļāļĩāđāļāđāļģāļāļąāļ
d āđāļŠāđāļāļāļīāļĒāļēāļĄāļāļąāļāđāļāļĄāļąāļāļī
e Pop/Phy/Mut/Eco Set āļāļģāļāļģāļāļąāļāļāļ§āļēāļĄāļāļāļāđāļŠāđāļ
-T āļāļēāļĢāļāđāļāļŦāļēāļāļāļļāļāļĢāļĄāļ§āļīāļāļēāļ
-U Str āļāļąāļāļŠāļĄāļąāļĒ ââāļāļēāļĄāļāđāļēāļŠāļāļēāļāļ°āđāļ str:
āļ. āļĒāļĩāļ
āļāļēāļĢāđāđāļāđāļāđāļ
p PCR āđāļāļĢāđāļĄāļāļĢāđ
-V Str āļĨāļāļāļļāļāļŠāļĄāļāļąāļāļīāļāļēāļĄāļāļ§āļēāļĄāļĢāļļāļāđāļĢāļāļāļāļāđāļāļĢāļ·āđāļāļāļĄāļ·āļāļāļĢāļ§āļāļŠāļāļ:
r āļāļāļīāđāļŠāļ
āļāđāļāļāļīāļāļāļĨāļēāļ
āļāļģāđāļāļ·āļāļ
āļāļąāļāļāđāļāļĄāļđāļĨ
-X Str āļāļąāļ§āđāļĨāļ·āļāļāđāļāđāļāđāļāļĨāđāļ āļāđāļ str:
d āđāļŠāđāļāļāļīāļĒāļēāļĄāļāļąāļāđāļāļĄāļąāļāļī
e Pop/Phy/Mut/Eco Set āļāļģāļāļģāļāļąāļāļāļ§āļēāļĄāļāļāļāđāļŠāđāļ
n āļĒāļāļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļāļāļ·āđāļ NC
m āļŠāļĢāđāļēāļāļāļīāļāļŠāđāļāļāļāđ NM titles
x āļāļ·āđāļ XM āļāļīāđāļĻāļĐ
p āļĒāļāļāļąāļ§āļāļĒāđāļēāļāļāļ·āđāļāđāļāļĢāļāļĩāļ
c āļŠāļĢāđāļēāļ mRNA āļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāļĨāļģāļāļąāļāļāļēāļĢāđāļāđāļēāļĢāļŦāļąāļŠ
f āđāļāđāđāļāđāļāļĢāļāļĩāļāļāļķāđāļāļāļąāļāđāļĨāļ°āļāļąāļ_id/transcript_id
-Z Str āļĨāļāļĢāļ°āļāļļ User-object
-a Str ASN.1 āļāļĢāļ°āđāļ āļ
āđāļāđ (āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļ)
e Seq-āļĢāļēāļĒāļāļēāļĢ
āļ Bioseq
āļāļļāļ Bioseq
m Seq-āļŠāđāļ
t āļāļēāļĢāļāļĢāļ°āļĄāļ§āļĨāļāļĨāđāļāđāļāļāļļāļ [āļŠāļāļĢāļīāļ]
-b āļāļīāļāļāļļāļ ASN.1 āđāļāđāļāđāļāļāļēāļĢāļĩ
-c āļāļīāļāļāļļāļ ASN.1 āļāļđāļāļāļĩāļāļāļąāļ
-d Str āļāļēāļāļāđāļāļĄāļđāļĨāļāđāļāļāļēāļ
āđāļāđ (āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļ)
āļāļĢāļąāļĄ GenBank
āļāļĩ EMBL
d āļāļĩāļāļĩāļāļĩāđāļ
b EMBL āļŦāļĢāļ·āļ DDBJ
r RefSeq
n āđāļāđāļāļāļĩāļāļĩāđāļ
v āđāļāļāļēāļ°āļĨāļģāļāļąāļāļāļĩāđāđāļāđāļāļŠāđāļ§āļ
w āđāļĄāđāļĢāļ§āļĄāļĨāļģāļāļąāļāļāļĩāđāđāļāđāļāļŠāđāļ§āļ
x āđāļĄāđāļĢāļ§āļĄ EMBL/DDBJ
y āđāļĄāđāļĢāļ§āļĄ gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts
-f Str āļāļąāļ§āļāļĢāļāļāļŠāļāļĢāļīāļāļĒāđāļāļĒ
-i āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ
āđāļāļĨāđāļāļīāļāļāļļāļāđāļāļĩāđāļĒāļ§ (āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāđāļāđāļ stdin)
-j āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ
āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđāđāļĢāļ
-k āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ
āļāļēāļĄāļŠāļāļļāļĨāđāļāļĨāđ
-m Str āđāļŦāļĄāļ Flatfile:
r āļāļĨāđāļāļĒ
āļāļĩ āđāļāļāđāļāļĢāļ
s āđāļĨāļ·āđāļāļĄ
d āļāļēāļĢāļāđāļēāļĒāđāļāļāļāđāļāļĄāļđāļĨ
-n āđāļŠāđāļāļāļēāļ
asn2āđāļāļ executable (āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāļāļ·āļ /netopt/ncbi_tools/bin/asn2flat)
-o āļāļ·āđāļāđāļāļĨāđ
āđāļāļĨāđāđāļāļēāļāđāļāļļāļāđāļāļĩāđāļĒāļ§ (āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāđāļāđāļ stdout)
-p āđāļŠāđāļāļāļēāļ
āļāļĢāļ°āļĄāļ§āļĨāļāļĨāđāļāļĨāđāļāļĩāđāļāļĢāļāļāļąāļāļāļąāđāļāļŦāļĄāļāđāļ āđāļŠāđāļāļāļēāļ
-q āđāļŠāđāļāļāļēāļ
āļāļāļāļāļ executable (āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāļāļ·āļ /netopt/genbank/āđāļāļĢāļ·āđāļāļāļĄāļ·āļāļĒāđāļāļĒ/bin/ffdiff)
-r āđāļŠāđāļāļāļēāļ
āđāļŠāđāļāļāļēāļāļŠāļđāđāļāļĨāļĨāļąāļāļāđ
-v āđāļŠāđāļāļāļēāļ
āļāļąāļŠāļ§āļēāļĨ executable (āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāļāļ·āļ /netopt/ncbi_tools/bin/asnval)
-x āļāđāļ āļāļģāļāđāļāļāđāļēāļĒāļāļēāļĢāđāļĨāļ·āļāļāđāļāļĨāđāļŠāļģāļŦāļĢāļąāļāđāļāđāļāļąāļ -p (āļāđāļēāđāļĢāļīāđāļĄāļāđāļāđāļāđāļ .ent)
āđāļāđ cleanasn āļāļāļāđāļĨāļāđāđāļāļĒāđāļāđāļāļĢāļīāļāļēāļĢ onworks.net