cmbuild - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

cmbuild - สร้างแบบจำลองความแปรปรวนร่วมจาก RNA ที่มีคำอธิบายประกอบหลายลำดับ
การจัดตำแหน่ง

เรื่องย่อ

ซมบิลด์ [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

สำหรับแต่ละการจัดตำแหน่งหลายลำดับใน สร้างแบบจำลองความแปรปรวนร่วมและบันทึกลงใน
ไฟล์ใหม่ .

ไฟล์การจัดตำแหน่งต้องอยู่ในรูปแบบ Stockholm หรือ SELEX และต้องมีฉันทามติ
คำอธิบายประกอบโครงสร้างรอง ซมบิลด์ ใช้โครงสร้างฉันทามติเพื่อกำหนด
สถาปัตยกรรมของ CM.

อาจเป็น '-' (ขีด) ซึ่งหมายถึงการอ่านอินพุตนี้จาก สเตดิน แทนที่จะเป็นไฟล์.
หากต้องการใช้ '-' คุณต้องระบุรูปแบบไฟล์การจัดตำแหน่งด้วย --ข้อมูล , เช่นเดียวกับใน
--ข้อมูล สตอกโฮล์ม (เนื่องจากข้อจำกัดในปัจจุบันในการใช้งานของเรา ไฟล์ MSA
ไม่สามารถตรวจจับรูปแบบอัตโนมัติในสตรีมอินพุตที่ไม่สามารถกรอกลับได้)

อาจจะไม่ '-' (หยุด), เพราะส่งไฟล์ CM ไปที่ แย่ จะขัดแย้ง
กับเอาต์พุตข้อความอื่นๆ ของโปรแกรม

นอกจากการเขียน CM ถึง , ซมบิลด์ ยังส่งออกบรรทัดเดียวสำหรับแต่ละ
โมเดลที่สร้างขึ้นเพื่อ stdout แต่ละบรรทัดมีฟิลด์ต่อไปนี้: "aln": ดัชนีของ
การจัดตำแหน่งที่ใช้ในการสร้าง CM; "idx": ดัชนีของ CM ใน ; "ชื่อ":
ชื่อของ CM; "nseq": จำนวนลำดับในการจัดตำแหน่งที่ใช้ในการสร้าง CM
"eff_nseq": จำนวนลำดับที่ใช้ในการสร้างแบบจำลอง "เอเลน": ความยาว
ของการจัดตำแหน่งที่ใช้ในการสร้าง CM "clen": จำนวนคอลัมน์จากการจัดตำแหน่ง
กำหนดเป็นคอลัมน์ฉันทามติ (ตรงกัน) "bps": จำนวนคู่เบสใน CM; "bif":
จำนวนแฉกใน CM; "rel entropy: CM": เอนโทรปีสัมพัทธ์ทั้งหมดของ
แบบจำลองหารด้วยจำนวนคอลัมน์ฉันทามติ "rel entropy: HMM": ค่าสัมพัทธ์ทั้งหมด
เอนโทรปีของแบบจำลองไม่สนใจโครงสร้างรองหารด้วยจำนวนฉันทามติ
คอลัมน์ "description": คำอธิบายของรุ่น/การจัดตำแหน่ง

OPTIONS

-h ช่วย; พิมพ์การแจ้งเตือนสั้นๆ เกี่ยวกับการใช้บรรทัดคำสั่งและตัวเลือกที่มี

-n ตั้งชื่อCM .ใหม่ . ค่าเริ่มต้นคือการใช้ชื่อของการจัดตำแหน่ง (หากมีคือ
ปัจจุบันใน ), หรือไม่เช่นนั้นชื่อของ . If
มีการจัดตำแหน่งมากกว่าหนึ่ง -n ใช้งานไม่ได้และทุกการจัดตำแหน่ง
ต้องมีชื่อกำกับไว้ใน (เช่นในหมายเหตุประกอบ Stockholm #=GF ID)

-F อนุญาต จะถูกเขียนทับ หากไม่มีตัวเลือกนี้ if แล้ว
มีอยู่ ซมบิลด์ ออกโดยมีข้อผิดพลาด

-o กำหนดเอาต์พุตสรุปไปยังไฟล์ , มากกว่าที่จะ มาตรฐาน

-O หลังจากสร้างแต่ละโมเดลแล้ว ให้บันทึกการจัดตำแหน่งซอร์สที่มีคำอธิบายประกอบลงในไฟล์
ในรูปแบบสตอกโฮล์ม ลำดับจะถูกบันทึกด้วยน้ำหนักของลำดับสัมพัทธ์
ได้รับมอบหมาย. การจัดตำแหน่งยังมีคำอธิบายประกอบด้วยบรรทัดคำอธิบายประกอบอ้างอิง
ระบุว่าคอลัมน์ใดได้รับมอบหมายให้เป็นฉันทามติ ถ้าการจัดตำแหน่งต้นทางมี
คำอธิบายประกอบอ้างอิง ("#=GC RF") จะถูกแทนที่ด้วยส่วนที่เหลือที่เป็นเอกฉันท์ของ
แบบจำลองสำหรับคอลัมน์ฉันทามติและ '.' สำหรับการแทรกคอลัมน์ เว้นแต่ --มือ
ตัวเลือกที่ใช้ระบุตำแหน่งฉันทามติซึ่งในกรณีนี้จะเป็น
ไม่เปลี่ยนแปลง

--devhelp พิมพ์ความช่วยเหลือเช่นเดียวกับ -h , แต่ยังรวมถึงตัวเลือกของผู้เชี่ยวชาญที่ไม่ใช่
แสดงด้วย -h . ตัวเลือกผู้เชี่ยวชาญเหล่านี้ไม่คาดว่าจะเกี่ยวข้องกับ
ผู้ใช้ส่วนใหญ่และอื่น ๆ ไม่ได้อธิบายไว้ในหน้าคู่มือ เพียง
แหล่งข้อมูลเพื่อทำความเข้าใจสิ่งที่พวกเขาทำจริง ๆ คือบรรทัดเดียวสั้น ๆ
คำอธิบายเอาต์พุตเมื่อ --devhelp เปิดใช้งานและซอร์สโค้ด

OPTIONS การควบคุม MODEL การก่อสร้าง

ตัวเลือกเหล่านี้ควบคุมวิธีกำหนดคอลัมน์ฉันทามติในการจัดตำแหน่ง

--เร็ว กำหนดคอลัมน์ฉันทามติโดยอัตโนมัติเป็นคอลัมน์ที่มีเศษส่วน >= ซิมแฟรค of
สารตกค้างเมื่อเทียบกับช่องว่าง (ดูด้านล่างสำหรับ --ซิมแฟรก ตัวเลือก) นี่คือ
ค่าเริ่มต้น.

--มือ ใช้คำอธิบายประกอบพิกัดอ้างอิง (#=GC RF line ในสตอกโฮล์ม) เพื่อกำหนดว่า
คอลัมน์คือฉันทามติและส่วนแทรก อักขระที่ไม่มีช่องว่างแสดงว่า a
คอลัมน์ฉันทามติ (เช่น ทำเครื่องหมายคอลัมน์ฉันทามติด้วย "x" และแทรกคอลัมน์
ด้วย ".".) ตัวเลือกนี้เรียกว่า --rf ใน Infernal เวอร์ชันก่อนหน้า (0.1
จนถึง 1.0.2)

--ซิมแฟรก
กำหนดเกณฑ์เศษส่วนตกค้างที่จำเป็นในการกำหนดคอลัมน์ฉันทามติเมื่อ
ไม่ใช้ --มือ. ค่าเริ่มต้นคือ 0.5 เศษส่วนสัญลักษณ์ในแต่ละคอลัมน์คือ
คำนวณหลังจากพิจารณาการถ่วงน้ำหนักของลำดับสัมพัทธ์ กำลังตั้งค่านี้เป็น
0.0 หมายความว่าทุกคอลัมน์การจัดตำแหน่งจะได้รับการกำหนดเป็นฉันทามติซึ่งอาจ
มีประโยชน์ในบางกรณี การตั้งค่าเป็น 1.0 หมายความว่าเฉพาะคอลัมน์ที่มี 0 ช่องว่าง
จะได้รับมอบหมายให้เป็นเอกฉันท์ ตัวเลือกนี้จะแทนที่ --gaptresh ตัวเลือก
จากเวอร์ชันก่อนหน้าของ Infernal (0.1 ถึง 1.0.2) ด้วย เท่ากับ (1.0 -
). เช่น การทำซ้ำพฤติกรรมสำหรับคำสั่งของ ซมบิลด์ --gaptresh 0.8
ในเวอร์ชันก่อนหน้า ใช้ ซมบิลด์ --ซิมแฟรก 0.2 กับรุ่นนี้

--นอส ละเว้นคำอธิบายประกอบโครงสร้างรอง หากมี ใน และสร้าง CM ด้วย
คู่เบสเป็นศูนย์ โมเดลนี้จะคล้ายกับโปรไฟล์ HMM และ ค้นหา cm และ
ซม.สแกน โปรแกรมจะใช้อัลกอริธึม HMM ซึ่งเร็วกว่า CM สำหรับสิ่งนี้
แบบอย่าง. นอกจากนี้ ไม่จำเป็นต้องสอบเทียบแบบจำลองศูนย์เบสคู่ด้วย ซม.ปรับเทียบ
ก่อนวิ่ง ค้นหา cm กับมัน --นอส ต้องใช้ตัวเลือกหากไม่มี
คำอธิบายประกอบโครงสร้างรองใน .

--rsearch
การวัดค่าการปล่อยมลพิษจะให้คะแนนตาม RSEARCH โดยใช้เมทริกซ์ RIBOSUM ในไฟล์ .
กับ --rsearch เปิดใช้งานการจัดตำแหน่งทั้งหมดใน ต้องมีตัวเดียว
ลำดับหรือ --เรียก ต้องเปิดใช้งานตัวเลือกด้วย ทุกตำแหน่งในแต่ละลำดับ
จะถือว่าเป็น "คอลัมน์" ฉันทามติ อันที่จริง คะแนนการปล่อยสำหรับสิ่งเหล่านี้
โมเดลจะไม่เหมือนกับคะแนน RIBOSUM เนื่องจากความแตกต่างในการสร้างแบบจำลอง
กลยุทธ์ระหว่าง Infernal และ RSEARCH แต่จะคล้ายกันมากที่สุด
ไฟล์เมทริกซ์ RIBOSUM รวมอยู่ใน Infernal ในไดเร็กทอรีย่อย "matrices/" ของ
ไดเร็กทอรี "infernal-xxx" ระดับบนสุด เมทริกซ์ RIBOSUM เป็นคะแนนทดแทน
เมทริกซ์ที่ได้รับการฝึกฝนโดยเฉพาะสำหรับ RNA เชิงโครงสร้างที่มีเกลียวเดี่ยวแยกจากกัน
คะแนนการแทนที่เรซิดิวและคู่เบส สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม โปรดดูที่ RSEARCH
สิ่งพิมพ์ (Klein and Eddy, BMC Bioinformatics 4:44, 2003)

อื่น ๆ MODEL การก่อสร้าง OPTIONS

--โมฆะ
อ่านโมเดล null จาก . โมเดล null กำหนดความน่าจะเป็นของแต่ละ RNA
นิวคลีโอไทด์ในลำดับพื้นหลัง ค่าเริ่มต้นคือใช้ 0.25 สำหรับแต่ละนิวคลีโอไทด์
รูปแบบของไฟล์ null ระบุไว้ในคู่มือผู้ใช้

--ก่อน
อ่าน Dirichlet ก่อนจาก , แทนที่ส่วนผสมเริ่มต้น Dirichlet NS
รูปแบบของไฟล์ก่อนหน้าระบุไว้ในคู่มือผู้ใช้

ใช้ --devhelp เพื่อดูตัวเลือกการสร้างแบบจำลองเพิ่มเติม หากไม่มีเอกสาร

OPTIONS การควบคุม ญาติ น้ำหนัก

ซมบิลด์ ใช้อัลกอริธึมการถ่วงน้ำหนักตามลำดับเฉพาะกิจเพื่อลดน้ำหนักที่เกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิด
ลำดับและเรื่องที่เกี่ยวข้องกันที่มีน้ำหนักเกิน มีผลทำให้โมเดลลดน้อยลง
อคติโดยการแสดงสายวิวัฒนาการที่ไม่สม่ำเสมอ ตัวอย่างเช่น สองลำดับที่เหมือนกันจะ
โดยทั่วไปแล้วแต่ละคนจะได้รับน้ำหนักครึ่งหนึ่งที่หนึ่งซีเควนซ์จะได้รับ ตัวเลือกเหล่านี้ควบคุม
อัลกอริทึมใดที่ใช้

--wpb ใช้โครงร่างการถ่วงน้ำหนักตามลำดับตามตำแหน่ง Henikoff [Henikoff และ Henikoff
เจ โมล. ไบโอล. 243:574, 1994]. นี่คือค่าเริ่มต้น

--wgsc ใช้อัลกอริทึมการถ่วงน้ำหนัก Gerstein/Sonnhammer/Chothia [Gerstein et al, J. Mol
ไบโอล. 235:1067, 1994].

--wone
ปิดการถ่วงน้ำหนักของลำดับ เช่น ตั้งค่าน้ำหนักของลำดับทั้งหมดเป็น 1.0 อย่างชัดเจน

--ตามที่ได้รับ
ใช้น้ำหนักของลำดับตามที่ระบุในคำอธิบายประกอบในไฟล์การจัดตำแหน่งอินพุต ถ้าไม่
ให้น้ำหนัก ถือว่าทั้งหมด 1.0 ค่าเริ่มต้นคือการกำหนดใหม่
ลำดับน้ำหนักโดยอัลกอริทึม Gerstein/Sonnhammer/Chothia โดยไม่สนใจใดๆ
น้ำหนักที่มีคำอธิบายประกอบ

--wblosum
ใช้อัลกอริธึมการกรอง BLOSUM เพื่อถ่วงน้ำหนักของลำดับ แทนที่จะเป็นค่าดีฟอลต์
การชั่งน้ำหนัก GSC จัดกลุ่มลำดับตามเปอร์เซ็นต์ที่กำหนด (ดู --วิด);
กำหนดให้แต่ละคลัสเตอร์มีน้ำหนักรวม 1.0 กระจายอย่างเท่าเทียมกันในหมู่สมาชิก
ของคลัสเตอร์นั้น

--วิด
ควบคุมพฤติกรรมของ --wblosum ตัวเลือกน้ำหนักโดยการตั้งค่าเปอร์เซ็นต์
เอกลักษณ์สำหรับการจัดกลุ่มการจัดตำแหน่งไปยัง .

OPTIONS การควบคุม ที่มีประสิทธิภาพ ลำดับ จำนวน

หลังจากกำหนดน้ำหนักสัมพัทธ์แล้ว จะถูกทำให้เป็นมาตรฐานเพื่อรวมเป็นประสิทธิผลทั้งหมด
ลำดับหมายเลข, eff_nseq ตัวเลขนี้อาจเป็นจำนวนจริงของลำดับใน
การจัดตำแหน่ง แต่ก็มักจะเล็กกว่านั้นเกือบทุกครั้ง การถ่วงน้ำหนักเอนโทรปีเริ่มต้น
วิธี (-เอนท์) ลดหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิภาพเพื่อลดเนื้อหาข้อมูล
(เอนโทรปีสัมพัทธ์หรือคะแนนเฉลี่ยที่คาดหวังจาก homologs ที่แท้จริง) ต่อตำแหน่งที่เป็นเอกฉันท์ NS
เอนโทรปีสัมพัทธ์เป้าหมายถูกควบคุมโดยฟังก์ชันสองพารามิเตอร์ โดยที่ two
พารามิเตอร์สามารถตั้งค่าได้ด้วย --เออ และ --esigma

--ent ใช้กลยุทธ์การถ่วงน้ำหนักเอนโทรปีเพื่อกำหนดหมายเลขลำดับผลที่
ให้เอนโทรปีสัมพัทธ์ของสถานะการจับคู่ค่าเฉลี่ยเป้าหมาย ตัวเลือกนี้เป็นค่าเริ่มต้น และ
สามารถปิดได้ด้วย --เอโนเน เป้าหมายเริ่มต้นหมายถึงสถานะการจับคู่ที่สัมพันธ์กัน
เอนโทรปีคือ 0.59 บิตสำหรับรุ่นที่มีอย่างน้อย 1 เบสคู่และ 0.38 บิตสำหรับรุ่น
ด้วยคู่เบสเป็นศูนย์ แต่เปลี่ยนด้วย --เอ่อ. ค่าเริ่มต้น 0.59 หรือ 0.38 บิตคือ
เปลี่ยนโดยอัตโนมัติหากเอนโทรปีสัมพัทธ์ทั้งหมดของโมเดล (ผลรวมที่ตรงกัน
เอนโทรปีสัมพัทธ์ของรัฐ) น้อยกว่าจุดตัด ซึ่งเป็นค่าเริ่มต้น 6.0 บิต แต่
สามารถเปลี่ยนแปลงได้โดยผู้เชี่ยวชาญ ไม่มีเอกสาร --อดีต ตัวเลือก. ถ้าคุณต้องการ
เล่นกับตัวเลือกนั้น ศึกษาซอร์สโค้ด

--เอโนเน
ปิดกลยุทธ์การถ่วงน้ำหนักเอนโทรปี หมายเลขลำดับที่มีประสิทธิภาพเป็นเพียง
จำนวนลำดับในการจัดตำแหน่ง

--เออ
ตั้งค่าเป้าหมายการจับคู่สถานะเอนโทรปีสัมพัทธ์เป็น . โดยค่าเริ่มต้นเป้าหมาย
เอนโทรปีสัมพัทธ์ต่อตำแหน่งการแข่งขันคือ 0.59 บิตสำหรับรุ่นที่มีอย่างน้อย 1
คู่เบสและ 0.38 สำหรับรุ่นที่ไม่มีคู่เบส

--eminseq
กำหนดหมายเลขลำดับผลขั้นต่ำที่อนุญาตเป็น .

--อืมม
ตั้งค่าเป้าหมาย HMM หมายถึงเอนโทรปีสัมพัทธ์สถานะการจับคู่เป็น . เอนโทรปีสำหรับ
สถานะการจับคู่เบสจับคู่คำนวณโดยใช้การปล่อยเบสคู่รอง
ความน่าจะเป็น

--eset
ตั้งค่าหมายเลขลำดับที่มีประสิทธิภาพสำหรับการถ่วงน้ำหนักเอนโทรปีเป็น .

OPTIONS การควบคุม FILTER P7 อืม การก่อสร้าง

สำหรับแต่ละ CM ที่ ซมบิลด์ โครงสร้าง ตัวกรองประกอบ p7 HMM ถูกสร้างขึ้นจากอินพุต
การจัดตำแหน่งเช่นกัน ตัวเลือกเหล่านี้ควบคุมโครงสร้างตัวกรอง HMM:

--p7ere
ตั้งค่าเอนโทรปีสัมพัทธ์ของสถานะการจับคู่ค่าเฉลี่ยเป้าหมายสำหรับตัวกรอง p7 HMM เป็น . By
ค่าเริ่มต้นเอนโทรปีสัมพัทธ์เป้าหมายต่อตำแหน่งการแข่งขันคือ 0.38 บิต

--p7ml ใช้โอกาสสูงสุด p7 HMM ที่สร้างจาก CM เป็นตัวกรอง HMM HMM นี้จะ
คล้ายกับ CM มากที่สุด (ในขณะที่จำเป็นต้องเพิกเฉยต่อรอง
โครงสร้าง).

ใช้ --devhelp เพื่อดูตัวเลือกการสร้าง HMM เพิ่มเติม ที่ไม่มีเอกสารประกอบ

OPTIONS การควบคุม FILTER P7 อืม สอบเทียบ

หลังจากสร้างตัวกรอง HMM แต่ละตัวแล้ว ซมบิลด์ กำหนดพารามิเตอร์ E-value ที่เหมาะสมที่จะใช้
ระหว่างการกรองใน ค้นหา cm และ ซม.สแกน โดยการสุ่มตัวอย่างชุดของลำดับและค้นหาพวกมัน
ด้วยการกำหนดค่าตัวกรอง HMM และอัลกอริธึมแต่ละรายการ

--เอมเอ็น ตั้งค่าจำนวนลำดับการสุ่มตัวอย่างสำหรับการปรับเทียบตัวกรอง MSV ในพื้นที่เป็น .
200 ตามค่าเริ่มต้น

--EvN ตั้งค่าจำนวนลำดับตัวอย่างสำหรับการสอบเทียบตัวกรอง HMM ของ Viterbi ในพื้นที่เป็น
. 200 ตามค่าเริ่มต้น

--เอลฟ์เอ็น ตั้งค่าจำนวนตัวอย่างลำดับสำหรับการสอบเทียบตัวกรอง HMM ไปข้างหน้าในเครื่องเป็น
. 200 ตามค่าเริ่มต้น

--เช่นN ตั้งค่าจำนวนลำดับการสุ่มตัวอย่างสำหรับการสอบเทียบ HMM ตัวกรอง glocal Forward
ไปยัง . 200 ตามค่าเริ่มต้น

ใช้ --devhelp เพื่อดูตัวเลือกการสอบเทียบตัวกรอง HMM เพิ่มเติม ที่ไม่มีเอกสาร

OPTIONS สำหรับ การกลั่น DIE INPUT การจัดตำแหน่ง

--ปรับแต่ง
พยายามปรับแต่งการจัดตำแหน่งก่อนสร้าง CM โดยใช้ความคาดหวัง-
การขยายสูงสุด (EM) CM ถูกสร้างขึ้นครั้งแรกจากการจัดตำแหน่งเริ่มต้นตามปกติ แล้ว,
ลำดับในการจัดตำแหน่งได้รับการปรับใหม่อย่างเหมาะสม (ด้วย CYK . ที่มีแถบ HMM
อัลกอริธึม, เหมาะสมที่สุดหมายถึงเหมาะสมที่สุดเมื่อกำหนดแบนด์) ให้กับ CM และสร้าง CM ใหม่
จากการจัดตำแหน่งผลลัพธ์ จากนั้น ลำดับจะถูกปรับใหม่เป็น CM ใหม่และ a
CM ใหม่ถูกสร้างขึ้นจากการจัดตำแหน่งนั้น ต่อเนื่องไปจนถึงบรรจบกัน
โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมื่อการจัดตำแหน่งสำหรับการวนซ้ำสองครั้งต่อเนื่องกันไม่ได้
แตกต่างกันอย่างมีนัยสำคัญ (คะแนนบิตรวมของลำดับทั้งหมดใน
การจัดตำแหน่งเปลี่ยนแปลงน้อยกว่า 1% ระหว่างการวนซ้ำสองครั้งต่อเนื่องกัน) สุดท้าย
การจัดตำแหน่ง (การจัดตำแหน่งที่ใช้ในการสร้าง CM ที่ได้รับการเขียนถึง ) is
เขียนไป .

-l กับ --ปรับแต่ง, เปิดอัลกอริธึมการจัดตำแหน่งในพื้นที่ ซึ่งช่วยให้การจัดตำแหน่งไปยัง
ขยายช่วงย่อยสองส่วนขึ้นไปหากจำเป็น (เช่น ถ้าโครงสร้างของแบบสอบถาม
โมเดลและลำดับเป้าหมายใช้ร่วมกันเพียงบางส่วนเท่านั้น) ทำให้บางส่วนมีขนาดใหญ่
การแทรกและการลบในโครงสร้างที่จะลงโทษแตกต่างจากปกติ
อินเดล ค่าดีฟอลต์คือการจัดแนวโมเดลคิวรีให้ตรงกับลำดับเป้าหมาย

--กิ๊บส์
ปรับเปลี่ยนพฤติกรรมของ --ปรับแต่ง ดังนั้นจึงใช้การสุ่มตัวอย่าง Gibbs แทน EM NS
ความแตกต่างคือระหว่างระยะการตั้งศูนย์ การจัดตำแหน่งไม่จำเป็น
เหมาะสมที่สุด แทนที่จะสุ่มตัวอย่างการจัดตำแหน่ง (parsetree) สำหรับแต่ละลำดับจาก
การกระจายหลังของการจัดตำแหน่งตามที่กำหนดโดยอัลกอริธึม Inside เนื่องจาก
ขั้นตอนการสุ่มตัวอย่างนี้ --กิ๊บส์ ไม่ได้กำหนดขึ้น ดังนั้นการวิ่งที่แตกต่างกันด้วยเหมือนกัน
การจัดตำแหน่งอาจให้ผลลัพธ์ที่แตกต่างกัน สิ่งนี้ไม่เป็นความจริงเมื่อ --ปรับแต่ง ถูกนำมาใช้
ปราศจาก --กิ๊บส์ ตัวเลือกซึ่งในกรณีนี้การจัดตำแหน่งสุดท้ายและ CM จะเป็น .เสมอ
เหมือน. เมื่อไหร่ --กิ๊บส์ เปิดใช้งานไฟล์ --เมล็ด สามารถใช้ตัวเลือกในการเพาะเมล็ด
ตัวสร้างตัวเลขสุ่มที่คาดเดาได้ ทำให้ผลลัพธ์สามารถทำซ้ำได้ เป้าหมายของ
--กิ๊บส์ ทางเลือกคือการช่วยภัณฑารักษ์การจัดตำแหน่ง RNA ผู้เชี่ยวชาญปรับแต่งโครงสร้าง
การจัดตำแหน่งโดยให้พวกเขาสังเกตการจัดตำแหน่งการให้คะแนนสูงทางเลือก

--เมล็ด
เมล็ดพันธุ์เครื่องกำเนิดตัวเลขสุ่มด้วย , จำนวนเต็ม >= 0 ตัวเลือกนี้ใช้ได้เท่านั้น
ใช้ร่วมกับ --กิ๊บส์. If ไม่ใช่ศูนย์ การสุ่มตัวอย่างสุ่มของ
การจัดตำแหน่งจะทำซ้ำได้ คำสั่งเดียวกันจะให้ผลลัพธ์เหมือนกัน ถ้า
คือ 0 ตัวสร้างตัวเลขสุ่มจะถูกเพาะโดยพลการและสุ่ม
การสุ่มตัวอย่างอาจแตกต่างกันไปในการรันคำสั่งเดียวกัน เมล็ดพันธุ์เริ่มต้นคือ 0

--ซิก กับ --ปรับแต่ง, สอดคล้องกับอัลกอริทึม CYK โดยค่าเริ่มต้นความแม่นยำที่เหมาะสมที่สุด
ใช้อัลกอริธึม มีข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับเรื่องนี้ใน ซม หน้าคู่มือ

--notrunc
กับ --ปรับแต่ง, ปิดอัลกอริธึมการจัดตำแหน่งที่ถูกตัดทอน มีมากขึ้น
ข้อมูลเกี่ยวกับเรื่องนี้ใน ซม หน้าคู่มือ

ใช้ --devhelp เพื่อดูตัวเลือกการปรับแต่งการจัดตำแหน่งเพิ่มเติม มิฉะนั้น ที่ไม่มีเอกสารเป็น
รวมถึงตัวเลือกไฟล์เอาท์พุตอื่นๆ และตัวเลือกสำหรับการสร้างหลายรุ่นสำหรับไฟล์เดียว
การจัดตำแหน่ง

ใช้ cmbuild ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net