cmtk-convertx - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

Convertx - แปลงระหว่างรูปแบบไฟล์รูปภาพและประเภทข้อมูล

เรื่องย่อ

Convertx [ตัวเลือก] infile outfile

DESCRIPTION

เครื่องมือนี้แปลงระหว่างรูปแบบไฟล์รูปภาพและประเภทข้อมูลพิกเซล สมัครได้ด้วยนะ
การดำเนินการกับรูปภาพที่ใช้งานง่ายทั่วไปในกระบวนการนี้ จำนวนการดำเนินการโดยพลการ
สามารถระบุได้ในบรรทัดคำสั่ง ซึ่งจะนำไปใช้ตามลำดับที่กำหนด

OPTIONS

เหตุการณ์ที่ Toolkit Options (เหล่านี้ เป็น ที่ใช้ร่วมกัน by ทั้งหมด ซี.เอ็ม.ที.เค เครื่องมือ)
--ช่วยด้วย
เขียนรายการตัวเลือกบรรทัดคำสั่งพื้นฐานไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน

-- ช่วยทั้งหมด
เขียนรายการตัวเลือกบรรทัดคำสั่งพื้นฐานและขั้นสูงทั้งหมดลงในเอาต์พุตมาตรฐาน

--วิกิ
เขียนรายการตัวเลือกบรรทัดคำสั่งไปยังเอาต์พุตมาตรฐานในมาร์กอัปมีเดียวิกิ

--ชาย
เขียนแหล่งที่มาของหน้าคนในมาร์กอัป 'nroff' ไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน

--รุ่น
เขียนเวอร์ชันชุดเครื่องมือไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน

--เสียงสะท้อน
เขียนบรรทัดคำสั่งปัจจุบันไปยังเอาต์พุตมาตรฐาน

--verbose-ระดับ
กำหนดระดับการใช้คำฟุ่มเฟือย

--รายละเอียด, -v
เพิ่มระดับการใช้คำฟุ่มเฟือยขึ้น 1 (เลิกใช้แล้ว รองรับความเข้ากันได้แบบย้อนหลัง)

--กระทู้
ตั้งค่าจำนวนเธรดแบบขนานสูงสุด (สำหรับเธรด POSIX และ OpenMP)

รูปภาพ/การแปลงร่าง ฐานข้อมูล
--ฐานข้อมูล
เส้นทางไปยังฐานข้อมูลภาพ/การแปลงที่ควรปรับปรุงด้วยการสร้างใหม่
ภาพ. [ค่าเริ่มต้น: ไม่มี]

อินพุต ภาพ ควบคุม
--set-padding
ตั้งค่าช่องว่างภายใน: พิกเซลทั้งหมดในภาพที่ป้อนที่มีค่านี้จะถูกละเว้น
ในการดำเนินการต่อไปทั้งหมด

--unset-padding
Unset padding value: สำหรับการดำเนินการที่ตามมาทั้งหมด พิกเซลทั้งหมดจะได้รับการปฏิบัติ
ตามมูลค่าของพวกเขา

--ฉลาก
ระบุว่าค่าของรูปภาพจะถือเป็นป้ายกำกับแบบแยกส่วน สิ่งนี้จะส่งผลให้
ในรหัสเจตนาที่เหมาะสมที่จะตั้งค่าในไฟล์เอาต์พุตในรูปแบบ NIfTI

--สีเทา
ระบุว่าค่าของภาพจะถือว่าเป็นระดับสีเทาอย่างต่อเนื่อง นี่จะ
รีเซ็ตรหัสเจตนาในไฟล์ที่อ่านจากรูปแบบ NIfTI

ข้อมูล ชนิดภาพเขียน การแปลง
--ถ่าน
8 บิต จำนวนเต็มลงนาม

--ไบต์
8 บิต จำนวนเต็มไม่มีเครื่องหมาย

--สั้น
16 บิต จำนวนเต็มลงนาม

--ushort
16 บิต จำนวนเต็มไม่มีเครื่องหมาย

--int
จำนวนเต็มลงนาม 32 บิต

--uint
จำนวนเต็มไม่มีเครื่องหมาย 32 บิต

--ลอย
จุดลอยตัว 32 บิต

--สองเท่า
จุดลอยตัว 64 บิต

ความคุ้มค่า แมป
--map-ค่า
ใช้ฟังก์ชันการแมปกับค่าพิกเซล การทำแผนที่ถูกกำหนดเป็น
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' เพื่อจับคู่ค่า VAL0, VAL1 ฯลฯ กับค่าใหม่ NEWVAL ถ้า
ไม่ได้กำหนด NEWVAL ค่าถูกตั้งค่าเป็นช่องว่างภายใน

--map-ค่าเท่านั้น
ใช้ฟังก์ชันการแมปกับค่าพิกเซลและแทนที่พิกเซลที่ไม่ได้แมปด้วยการเติม
กฎการจับคู่หลายกฎสามารถต่อกันเป็น RULE0+RULE1[+...]; ทั้งหมด
กฎที่ต่อกันจะถูกนำไปใช้พร้อมกัน การทำแผนที่ถูกกำหนดเป็น
'VAL0[,VAL1,...][:NEWVAL]' เพื่อจับคู่ค่า VAL0, VAL1 ฯลฯ กับค่าใหม่ NEWVAL ถ้า
ไม่ได้กำหนด NEWVAL ค่าถูกตั้งค่าเป็นช่องว่างภายใน กฎการทำแผนที่ดังกล่าวสามารถเป็นได้หลายข้อ
ต่อกันเป็น RULE0+RULE1[+...]; กฎที่ต่อกันทั้งหมดจะถูกนำไปใช้
พร้อมกัน

--แทนที่ช่องว่างภายใน
แทนที่ข้อมูลพิกเซลเสริมด้วยค่าที่กำหนด

--replace-inf-น่าน
แทนที่พิกเซลที่ไม่มีที่สิ้นสุดและไม่ใช่ตัวเลขด้วยค่าที่กำหนด

ภาพ พลิก
--พลิก-x
พลิก (กระจก) ตามทิศทาง x

--พลิก-y
พลิก (กระจก) ตามทิศทาง y

--พลิก-z
พลิก (กระจก) ตามทิศทาง z

ภาพ การกำบัง และ เกณฑ์
--หน้ากาก
ชื่อไฟล์มาสก์ไบนารี: กำจัดพิกเซลรูปภาพทั้งหมดที่มาสก์เป็น 0 พิกเซลที่ปิดบัง
จะไม่ถูกตั้งค่าเป็นศูนย์ แต่จะถูกแทนที่ด้วยช่องว่างภายในที่ตั้งไว้ในปัจจุบันแทน
ค่า. ใช้ '--set-padding 0' ก่อน '--mask' เพื่อบังคับการตั้งค่าเป็นศูนย์

--mask-ผกผัน
ชื่อไฟล์มาสก์ไบนารี่ผกผันจะกำจัดพิกเซลของรูปภาพทั้งหมดที่มาสก์ไม่ใช่ 0 ดู
หมายเหตุเกี่ยวกับการเติมใต้ '--mask' ด้านบนด้วย

--thresh-ด้านล่าง
ตั้งค่าทั้งหมดด้านล่างขีดจำกัดเป็นค่าขีดจำกัด

--thresh-ข้างบน
ตั้งค่าทั้งหมดเหนือขีดจำกัดเป็นค่าขีดจำกัด

--thresh-ด้านล่างเพื่อขยาย
ตั้งค่าทั้งหมดด้านล่างขีดจำกัดเป็นค่าการเติม

--thresh-เหนือ-to-padding
ตั้งค่าทั้งหมดเหนือขีดจำกัดเป็นค่าการเติม

--binarize-นวดข้าว
ตั้งค่าทั้งหมดต่ำกว่าเกณฑ์เป็น 0 ค่าทั้งหมดเท่ากับหรือสูงกว่า 1

--otsu-นวด
ไบนารีภาพเป็น 0/1 โดยใช้เกณฑ์ที่คำนวณด้วยวิธีของ Otsu อาร์กิวเมนต์คือตัวเลข
ของถังฮิสโตแกรมสำหรับการคำนวณขีดจำกัด

--otsu-นวดข้าว-nbins
Binarization โดยใช้วิธีการของ Otsu ด้วยจำนวนฮิสโตแกรมที่ผู้ใช้กำหนดสำหรับ
การคำนวณเกณฑ์

--พรุน-ฮิสโตแกรม
ภาพเกณฑ์โดย 'การตัดแต่งฮิสโตแกรมความเข้ม' เช่น สำหรับอาร์กิวเมนต์ที่กำหนด n
[ถังฮิสโตแกรม] กำหนดเกณฑ์ที่เศษ 1/n-th ของสูงสุดและ
voxels ต่ำสุดคือธรณีประตู

--พรุน-ฮิสโตแกรมสูง
เช่นเดียวกับ '--prune-histograms' แต่ให้ลบเฉพาะความเข้มสูงเท่านั้น

--พรุน-ฮิสโตแกรม-ต่ำ
เช่นเดียวกับ '--prune-histograms' แต่ให้ลบเฉพาะความเข้มต่ำเท่านั้น

ความรุนแรง การแปลง
--ขนาดต่อช่วง
ปรับขนาดความเข้มของรูปภาพเป็นช่วง 'จาก:ถึง' เช่น '0:255' ก่อนการแปลงเป็นไบต์
ข้อมูล

--ฮิสโตแกรม-อีควอไลเซชัน
ใช้การปรับสมดุลฮิสโตแกรม

--ฮิสโตแกรม-equalization-nbins
ใช้ฮิสโตแกรมอีควอไลเซอร์ด้วย จำนวนถังขยะ

--match-ฮิสโตแกรม
แปลงความเข้มให้ตรงกับการกระจายในรูปภาพที่ให้ไว้เป็นอาร์กิวเมนต์
สำหรับคำสั่งนี้

--match-mean-sdev
ความเข้มของมาตราส่วนเพื่อให้ตรงกับค่าเฉลี่ยและการกระจายมาตรฐานของความเข้มใน
รูปภาพที่ให้ไว้เป็นอาร์กิวเมนต์สำหรับคำสั่งนี้

สัณฐานวิทยา การดำเนินการ
--ย้อนกลับ
เปลี่ยนกลับรูปแบบไบนารี เช่น แลกเปลี่ยนพื้นหน้าและพื้นหลัง

--กัดเซาะ
ตัวดำเนินการการกัดเซาะทางสัณฐานวิทยา (พิกเซล)

--ขยาย
ตัวดำเนินการขยายทางสัณฐานวิทยา (โดยพิกเซล)

--erode-ระยะทาง
ตัวดำเนินการกัดเซาะทางสัณฐานวิทยา (ตามระยะทาง) มักนิยมใช้กับข้อมูลแอนไอโซทรอปิก

--erode-distance-multilabel
ตัวดำเนินการการกัดเซาะทางสัณฐานวิทยา (ตามระยะทาง) สำหรับแผนที่หลายป้าย ผลลัพธ์จะเป็น
ไบต์ ข้อมูลสั้นที่ไม่ได้ลงนาม หรือข้อมูล int ที่ไม่ได้ลงนาม ขึ้นอยู่กับดัชนีของ
ฉลากที่ใช้มากที่สุดในอินพุต

--dilate-ระยะทาง
ตัวดำเนินการขยายทางสัณฐานวิทยา (ตามระยะทาง) มักจะดีกว่าสำหรับ anisotropic
ข้อมูล

--เชื่อมต่อ-ส่วนประกอบ
สร้างแมปส่วนประกอบที่เชื่อมต่อกับภูมิภาคที่มีหมายเลขโดยการลดขนาดส่วนประกอบ

--ขอบเขต-แผนที่
สร้างแผนที่ขอบเขต

--แผนที่หลายขอบเขต
สร้างแผนที่ขอบเขตหลายค่า

--แผนที่ระยะทาง
คำนวณแผนที่ระยะทางแบบยุคลิดที่ไม่ได้ลงนาม รูปภาพที่ป้อนถูกตีความว่าเป็นมาสก์ไบนารี

--ป้าย-ระยะทาง-แผนที่
ลงนามในการคำนวณ (ภายใน=เชิงลบ ภายนอก=บวก) แผนที่ระยะทางแบบยุคลิด

ตัวกรอง การดำเนินการ
--ค่ามัธยฐาน-ตัวกรอง
ตัวกรองค่ากลาง การดำเนินการนี้ใช้รัศมีตัวกรองเป็นพิกเซลเป็นพารามิเตอร์ NS
จำนวนเต็มเดียวกำหนดรัศมีเคอร์เนลในทั้งสามมิติ สามจุลภาค-
จำนวนเต็มแยกกำหนดรัศมีที่แยกจากกันสำหรับสามมิติ

--mean-ตัวกรอง
ตัวกรองค่าเฉลี่ยภูมิภาค การดำเนินการนี้ใช้รัศมีตัวกรองเป็นพิกเซลเป็น
พารามิเตอร์. จำนวนเต็มเดียวกำหนดรัศมีเคอร์เนลในทั้งสามมิติ สาม
จำนวนเต็มคั่นด้วยจุลภาคกำหนดรัศมีที่แยกจากกันสำหรับสามมิติ

--fast-mean-กรอง
ตัวกรองค่าเฉลี่ยภูมิภาค (การดำเนินการตามเวลาเชิงเส้นอย่างรวดเร็ว) การดำเนินการนี้ใช้เวลา
รัศมีตัวกรองเป็นพิกเซลเป็นพารามิเตอร์ จำนวนเต็มเดียวกำหนดรัศมีเคอร์เนล
ในสามมิติทั้งหมด เลขจำนวนเต็มคั่นด้วยจุลภาคสามตัวกำหนดรัศมีแยกสำหรับ
สามมิติ

--variance-กรอง
ตัวกรองความแปรปรวนระดับภูมิภาค การดำเนินการนี้ใช้รัศมีตัวกรองเป็นพิกเซลเป็น
พารามิเตอร์. จำนวนเต็มเดียวกำหนดรัศมีเคอร์เนลในทั้งสามมิติ สาม
จำนวนเต็มคั่นด้วยจุลภาคกำหนดรัศมีที่แยกจากกันสำหรับสามมิติ

--fast-แปรปรวน-กรอง
ตัวกรองความแปรปรวนระดับภูมิภาคที่รวดเร็ว (เวลาเชิงเส้น) การดำเนินการนี้ใช้รัศมีตัวกรอง
เป็นพิกเซลเป็นพารามิเตอร์ จำนวนเต็มเดียวกำหนดรัศมีเคอร์เนลในทั้งสาม
มิติข้อมูล เลขจำนวนเต็มคั่นด้วยจุลภาคสามตัวกำหนดรัศมีที่แยกจากกันสำหรับสาม
มิติข้อมูล

--วินาทีที่สาม-ตัวกรอง
ตัวกรองช่วงเวลาที่สามของภูมิภาค การดำเนินการนี้ใช้รัศมีตัวกรองเป็นพิกเซลเป็น
พารามิเตอร์. จำนวนเต็มเดียวกำหนดรัศมีเคอร์เนลในทั้งสามมิติ สาม
จำนวนเต็มคั่นด้วยจุลภาคกำหนดรัศมีที่แยกจากกันสำหรับสามมิติ

--มาตรฐาน-เบี่ยงเบน-กรอง
ตัวกรองส่วนเบี่ยงเบนมาตรฐานระดับภูมิภาค การดำเนินการนี้ใช้รัศมีตัวกรองเป็นพิกเซล
เป็นพารามิเตอร์ จำนวนเต็มเดียวกำหนดรัศมีเคอร์เนลในทั้งสามมิติ
จำนวนเต็มที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคสามตัวกำหนดรัศมีที่แยกจากกันสำหรับสามมิติ

--เรียบ-กรอง
ตัวกรอง 'ความเรียบเนียน' ระดับภูมิภาค การดำเนินการนี้ใช้รัศมีตัวกรองเป็นพิกเซลเป็น
พารามิเตอร์. จำนวนเต็มเดียวกำหนดรัศมีเคอร์เนลในทั้งสามมิติ สาม
จำนวนเต็มคั่นด้วยจุลภาคกำหนดรัศมีที่แยกจากกันสำหรับสามมิติ

--gaussian-กรอง-sigma
กรองภาพด้วยเคอร์เนล Gaussian การดำเนินการนี้ใช้ค่าจริงเพียงค่าเดียว
พารามิเตอร์ซึ่งระบุซิกมาสัมประสิทธิ์เคอร์เนลในหน่วยโลก [เช่น mm] as
พารามิเตอร์

--gaussian-กรอง-fwhm
กรองภาพด้วยเคอร์เนล Gaussian การดำเนินการนี้ใช้ค่าจริงเพียงค่าเดียว
พารามิเตอร์ซึ่งระบุเคอร์เนลเต็มความกว้างสูงสุดครึ่งหนึ่งในหน่วยโลก
[เช่น มม.]

--laplace-กรอง
กรองภาพด้วยเคอร์เนล Laplacian ที่เพิ่มขอบ

ตะแกรง การดำเนินการ
--downsample-เลือก
ลดขนาดภาพโดยการเลือกพิกเซลโดยใช้ปัจจัยต่อแกน 'Fx, Fy, Fz' หรือใช้ single
ปัจจัย 'Fxyz'

--downsample-เฉลี่ย
ลดขนาดรูปภาพโดยการหาค่าเฉลี่ยโดยใช้ตัวประกอบต่อแกน 'Fx,Fy,Fz' หรือใช้ single
ปัจจัย 'Fxyz'

--ตัวอย่าง
สุ่มตัวอย่างภาพเป็นพิกเซลใกล้ไอโซโทรปิก โดยคงระยะการมองเห็นของภาพไว้
รับหนึ่งอาร์กิวเมนต์ ความละเอียดเป้าหมายในหน่วยโลก [เช่น mm]

--resample-แน่นอน
สุ่มตัวอย่างภาพเป็นพิกเซลไอโซโทรปิกของความละเอียดที่กำหนดโดยจับคู่
ระยะการมองเห็นของภาพให้ใกล้เคียงที่สุด รับหนึ่งอาร์กิวเมนต์ ความละเอียดเป้าหมาย
ในหน่วยโลก [เช่น มม.]

--ครอบตัดโดยดัชนี
ครอบตัดรูปภาพไปยังพื้นที่ที่ระบุโดยชุดพิกัดดัชนีกริดหกชุดที่กำหนดเป็น
comma-separated integers x0,y0,z0,x1,y1,z1

--ครอบตัดตามเกณฑ์
ครอบตัดรูปภาพตามภูมิภาคที่กำหนดผ่านเกณฑ์ที่กำหนด ภาพที่ได้จะ
มีพิกเซลทั้งหมดที่ใหญ่กว่าพารามิเตอร์ที่กำหนด

--ครอบตัดตามเกณฑ์เขียนภูมิภาค
ครอบตัดรูปภาพตามภูมิภาคที่กำหนดผ่านเกณฑ์ที่กำหนดและเขียนขอบเขตการครอบตัดไปที่
เอาต์พุตมาตรฐาน

--ครอบตัดตามเกณฑ์เขียน-xform
ครอบตัดรูปภาพตามภูมิภาคที่กำหนดผ่านเกณฑ์ที่กำหนดและเขียนการครอบตัด
การแปลงเป็นเอาต์พุตมาตรฐาน

ผู้เขียน

Torsten Rohlfing โดยได้รับการสนับสนุนจาก Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff และ Yaroslav Halchenko

ใช้ cmtk-convertx ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net