เว้า - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

ความเว้า - ตัวทำนายของตำแหน่งที่จับโปรตีนลิแกนด์จากโครงสร้างและการอนุรักษ์

เรื่องย่อ

เว้า [ตัวเลือก] PDBFILE OUTPUT_NAME

DESCRIPTION

ConCavity ทำนายตำแหน่งการจับโปรตีนลิแกนด์โดยการรวมลำดับวิวัฒนาการ
การอนุรักษ์และโครงสร้าง 3 มิติ

ConCavity ใช้เป็นโครงสร้างโปรตีนรูปแบบ PDB ที่เป็นอินพุต PDBFILE และไฟล์ทางเลือกที่
อธิบายลักษณะการอนุรักษ์ลำดับวิวัฒนาการของโซ่ในไฟล์โครงสร้าง

ไฟล์ผลลัพธ์ต่อไปนี้ถูกสร้างโดยค่าเริ่มต้น:

· การทำนายผลผูกพันลิแกนด์ตกค้างสำหรับแต่ละเชน (*.scores)

· การคาดการณ์การผูกลิแกนด์สารตกค้างในไฟล์รูปแบบ PDB (คะแนนตกค้างใน
อุณหภูมิ ฟิลด์แฟคเตอร์ *_residue.pdb)

· ตำแหน่งการทำนายพ็อกเก็ตในไฟล์รูปแบบ DX (*.dx)

· สคริปต์ PyMOL เพื่อแสดงภาพการทำนาย (*.pml)

หากต้องการเห็นภาพการคาดคะเนใน PyMol (หากติดตั้งไว้ในระบบของคุณ) ให้โหลดสคริปต์
โดยพิมพ์ "pymol 1G6C_test1.pml" ที่พรอมต์หรือโดยการโหลดผ่าน pymol
อินเตอร์เฟซ.

ไฟล์ PDB และ DX สามารถป้อนลงในโปรแกรมดูระดับโมเลกุลอื่นๆ ได้หากต้องการ หลาย
มีรูปแบบเอาต์พุตเพิ่มเติม ดูด้านล่าง โปรดทราบว่าการนับสารตกค้างใน
ไฟล์ .scores อาจไม่ตรงกับไฟล์ PDB

แนวทาง ConCavity ดำเนินการในสามขั้นตอนแนวคิด: การสร้างกริด, กระเป๋า
การสกัดและการทำแผนที่สารตกค้าง (ดูวิธีการในกระดาษ) ประการแรก โครงสร้างและ
คุณสมบัติวิวัฒนาการของโปรตีนถูกใช้เพื่อสร้างตาราง 3 มิติปกติโดยรอบ
โปรตีนที่คะแนนที่เกี่ยวข้องกับแต่ละจุดกริดแสดงถึงค่าประมาณ
โอกาสที่มันจะทับซ้อนกับอะตอมลิแกนด์ที่ถูกผูกไว้ ประการที่สอง กลุ่มที่อยู่ติดกันสูง-
จุดกริดการให้คะแนนถูกจัดกลุ่มเพื่อแยกกระเป๋าที่ยึดตามรูปร่างและขนาดที่กำหนด
ข้อจำกัด สุดท้าย โปรตีนที่เหลือทั้งหมดจะถูกให้คะแนนด้วยค่าประมาณว่ามีความเป็นไปได้มากน้อยเพียงใด
เพื่อผูกกับลิแกนด์โดยอาศัยความใกล้ชิดกับกระเป๋าที่แยกออกมา

แต่ละอัลกอริธึมที่อธิบายสำหรับขั้นตอนเหล่านี้ถูกนำมาใช้ในลักษณะเว้า ดู
ตัวอย่าง.

ข้อมูลอ้างอิง

Capra JA, Laskowski RA, Thornton JM, Singh M และ Funkhouser TA(2009) ทำนายโปรตีน
ไซต์เชื่อมโยงลิแกนด์ด้วยการรวมการอนุรักษ์ลำดับวิวัฒนาการและโครงสร้าง 3 มิติ
PLoS คอมพิวเตอร์ไบโอล, 5(12)

OPTIONS

PDBFILE เป็นไฟล์โครงสร้างโปรตีนในรูปแบบ PDB เอาท์พุต_NAME กลายเป็นส่วนหนึ่งของผลผลิต
ชื่อไฟล์และต้องไม่มี "/" เอาต์พุตถูกเขียนไปยังไดเร็กทอรีปัจจุบัน

อินพุต
-การอนุรักษ์ เส้นทาง
หากไม่ได้ให้ตัวเลือก "-การอนุรักษ์" แสดงว่าไม่มีข้อมูลการอนุรักษ์
ที่พิจารณา. โปรดทราบว่ามีไฟล์การอนุรักษ์ที่แยกจากกันสำหรับสายโปรตีนแต่ละสายใน
โครงสร้างและอินพุตของตัวเลือก -conservation คือส่วนนำหน้าของไฟล์เหล่านี้
ไฟล์การอนุรักษ์ที่คำนวณไว้ล่วงหน้าสำหรับ PQS เกือบทั้งหมดบน ConCavity
เว็บไซต์ หากคุณต้องการคำนวณค่าการอนุรักษ์ตามลำดับของคุณเอง
การจัดตำแหน่ง เราขอแนะนำอัลกอริทึม JSD:
<http://compbio.cs.princeton.edu/conservation/> ใช้ได้เป็น คะแนน_การอนุรักษ์(1)
จากแพ็คเกจรหัสอนุรักษ์

ตะแกรง การสร้าง
-grid_method ligsite|surfnet|pocketfinder|กำหนดเอง
- ความละเอียด int int int
ตั้งค่าความละเอียดของกริด

-ระยะห่าง ลอย
กำหนดระยะห่างกริด

กระเป๋าเสื้อ การสกัด
-extract_method ค้นหา|topn|กำหนดเอง
-extract_threshold_range_cutoff ลอย
หยุดการวนซ้ำ ค้นหา วิธีเมื่อเส้นผ่านศูนย์กลางของหน้าต่างค้นหาไบนารีน้อยกว่า
กว่า -extract_threshold_range_cutoff * บน_threshold ค่าที่แนะนำ: 1st-6.
ค่าเริ่มต้น: 0.

สารตกค้าง การทำแผนที่
-res_map_method เบลอ | dist | dist-thresh | กำหนดเอง

อัลกอริธึมเหล่านี้แต่ละอันอธิบายไว้ในข้อความ และแต่ละอัลกอริธึมมีเพิ่มเติมอีกจำนวนหนึ่ง
พารามิเตอร์ที่เปลี่ยนพฤติกรรมของพวกเขา ตัวเลือก "กำหนดเอง" ให้คุณตั้งค่าต่างๆ ได้
ของพารามิเตอร์ทั้งหมดสำหรับแต่ละขั้นตอนด้วยตัวคุณเอง ค่าที่ตั้งไว้ล่วงหน้า (เช่น ligsite, ค้นหา, เบลอ) อาจ
แทนที่ค่าที่คุณตั้งค่าไว้ในบรรทัดคำสั่ง ดังนั้นให้ใช้ "กำหนดเอง" เพื่อให้มีการควบคุมที่สมบูรณ์

เอาท์พุต
นอกจากนี้ยังมีตัวเลือกรูปแบบเอาต์พุตหลายแบบ ค่าตารางการทำนายพ็อกเก็ตสามารถส่งออกได้
ในรูปแบบต่อไปนี้:

-print_grid_dx 0 | 1
รูปแบบ DX นี่คือ 1 โดยค่าเริ่มต้น

-print_grid_pdb 0 | 1
รูปแบบ PDB การคาดการณ์สารตกค้างจะถูกส่งออกเป็นไฟล์ PDB ที่มีคะแนนสารตกค้าง
แมปกับอุณหภูมิ ฟิลด์แฟกเตอร์และหมายเลขกระเป๋าไปยังฟิลด์ลำดับตกค้าง

-print_grid_txt 0 | 1
ข้อความดิบ

-v โหมดละเอียด

ตัวอย่าง

หมายเหตุ: คุณอาจต้องคัดลอกและคลายการบีบอัดไฟล์ข้อมูลตัวอย่างก่อนเรียกใช้
ตัวอย่างต่อไปนี้

1. สิ่งนี้จะเรียกใช้ concavity ด้วยค่าเริ่มต้น (เทียบเท่ากับ ConCavity^L ในกระดาษ)
บนโครงสร้าง 1G6C.pdb และพิจารณาค่าการอนุรักษ์ที่พบใน
Conservation_data/. ชุดคำทำนายนี้จะเรียกว่า "test1" นี้ผลิต
ไฟล์ผลลัพธ์เริ่มต้นต่อไปนี้ในไดเร็กทอรีปัจจุบัน:

เว้า -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb test1

2. ตัวอย่าง การให้คะแนนโครงสร้าง 1G6C.pdb ด้วย ConCavity_Pocketfinder, Search และ
เบลอ คุณต้องพิมพ์:

เว้า -conservation /usr/share/doc/concavity/examples/conservation_data/1G6C -grid_method pocketfinder -extract_method search -res_map_method blur /usr/share/doc/concavity/examples/1G6C.pdb cc-pocketfinder_search_blur

หมายเหตุ

ผู้เขียนส่วนใหญ่ใช้ PyMol และ Chimera สำหรับการแสดงภาพ แต่ช่วงของผลลัพธ์
รูปแบบหมายความว่าคุณควรจะสามารถนำเข้าข้อมูลไปยังโปรแกรมวิเคราะห์โครงสร้างส่วนใหญ่ได้
แจ้งให้เราทราบหากมีรูปแบบเอาต์พุตอื่นๆ ที่คุณต้องการดู

ใช้เว้าออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net