Convert_project - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

Convert_project - แปลงแอสเซมบลีและเรียงลำดับไฟล์ประเภท

DESCRIPTION

โปรแกรมนี้เป็นส่วนหนึ่งของแพ็คเกจแอสเซมเบลอร์ของ MIRA ใช้สำหรับแปลงไฟล์โครงการ
ไปเป็นประเภทอื่นๆ โปรดดูเอกสารด้านล่างสำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม
ข้อมูลเกี่ยวกับ convert_project

เรื่องย่อ

Convert_project
[-NS ] [-NS [-NS ...]] [-aChimMsuZ] [-AcflnNoqrtvxXyz
{...}] {infile} {outfile} [ ...]

OPTIONS

-f
โหลดไฟล์โครงการประเภทนี้ โดยที่ fromtype คือ:

caf การประกอบที่สมบูรณ์หรือลำดับเดียวจากCAF

maf การประกอบที่สมบูรณ์หรือลำดับเดียวจากCAF

ลำดับ fasta จากไฟล์ FASTA

ลำดับ fastq จากไฟล์ FASTQ

ลำดับ gbf จากไฟล์ GBF

ลำดับ phd จากไฟล์ PHD

ฟอฟเน็กซ์
ลำดับในไฟล์ EXP จากไฟล์ชื่อไฟล์

-t
เขียนลำดับ/ประกอบเป็นประเภทนี้ (กล่าวถึง -t ได้รับอนุญาต):

ลำดับเอซหรือประกอบให้สมบูรณ์เพื่อACE

ลำดับ caf หรือการประกอบให้สมบูรณ์เพื่อCAF

ลำดับ maf หรือการประกอบให้สมบูรณ์เพื่อ MAF

sam ประกอบเสร็จเป็น SAM

samnbb เหมือนข้างบน แต่ทิ้งการอ้างอิง (แบ็คโบน) ในชุดประกอบการทำแผนที่

ลำดับ gbf หรือฉันทามติต่อGBF

ฉันทามติ gff3 ต่อ GFF3

ข้อมูลความครอบคลุมการประกอบวิกผมเพื่อกระดิกไฟล์

gcwig assembly ข้อมูลเนื้อหา gc ไปยังไฟล์กระดิก

ลำดับ fasta หรือฉันทามติต่อไฟล์ FASTA (คุณภาพถึง

.qual)

ลำดับ fastq หรือฉันทามติต่อไฟล์ FASTQ

ลำดับ exp หรือการประกอบให้สมบูรณ์ไปยังไฟล์ EXP ใน

ไดเรกทอรี การประกอบที่สมบูรณ์นั้นเหมาะสำหรับการนำเข้า gap4 เป็นการประกอบโดยตรง
หมายเหตุ: แนะนำให้ใช้ caf2gap เพื่อนำเข้า gap4

การประกอบข้อความให้สมบูรณ์เพื่อจัดตำแหน่งข้อความ (เฉพาะเมื่อ -f is

caf, maf หรือ gbf)

html ประกอบเป็น HTML ให้สมบูรณ์ (เฉพาะเมื่อ -f คือ caf, maf หรือ

จีบีเอฟ)

tcs ประกอบให้เสร็จสมบูรณ์เป็น tcs

hsnp ล้อมรอบแท็ก SNP (SROc, SAOc, SIOc) เป็น HTML (เฉพาะเมื่อ -f คือ caf, maf หรือ
จีบีเอฟ)

การวิเคราะห์ asnp ของแท็ก SNP (เฉพาะเมื่อ -f คือ caf, maf หรือ gbf)

ไฟล์สถิติ cstats contig เช่นจาก MIRA (เฉพาะเมื่อแหล่งที่มามี contigs)

ไฟล์รายการอ่าน crlist contig เช่นจาก MIRA (เฉพาะเมื่อซอร์สมี contigs)

สวมหน้ากากฟาสต้า
อ่านว่าเวกเตอร์การจัดลำดับถูกปิดบัง (ด้วย X) เป็นไฟล์ FASTA (คุณภาพถึง
.qual)

ลำดับนั่งร้านหรือการประกอบให้เสร็จสมบูรณ์เป็นลำดับเดียวCAF

-a ต่อท้ายไฟล์เป้าหมายแทนการเขียนใหม่

-A
สตริงที่มีพารามิเตอร์ MIRA ที่จะแยกวิเคราะห์ มีประโยชน์เมื่อตั้งค่าพารามิเตอร์ที่ส่งผลกระทบ
ฉันทามติเรียกเหมือน -CO:mrpg เป็นต้น เช่น: -a "454_SETTINGS -CO:mrpg=3"

-b Blind data แทนที่ฐานทั้งหมดใน read/contigs ด้วย 'c'

-C ทำฮาร์ดคลิปเพื่ออ่าน เมื่ออ่านรูปแบบที่กำหนดจุดตัด will

บันทึกเฉพาะส่วนที่ไม่ได้ตัดลงในไฟล์ผลลัพธ์

ใช้เฉพาะกับไฟล์/รูปแบบที่ไม่มี

รอยต่อ

-d ลบคอลัมน์ที่มีช่องว่างเท่านั้น เมื่อเอาต์พุตต่อเนื่องกัน: ลบคอลัมน์ที่เป็น

ช่องว่างทั้งหมด (เช่นหลังจากลบการอ่านระหว่างการแก้ไขใน gap4 หรือที่คล้ายกัน)

เมื่อเอาต์พุตถูกอ่าน: ลบช่องว่างในการอ่าน

-F กรองเพื่ออ่านกลุ่ม กรณีใช้งานพิเศษ อย่าเพิ่งใช้

-m ทำ contigs (สำหรับ .เท่านั้น -t = caf หรือ maf) ใส่ single read เป็น contig singlets into
ไฟล์ CAF/MAF

-n
เมื่อได้รับ จะเลือกเฉพาะการอ่านหรือ contigs ที่กำหนดตามชื่อในไฟล์นั้น

-i เมื่อ -n ใช้สลับการเลือก

-o ออฟเซ็ตคุณภาพ fastq (สำหรับ .เท่านั้น -f = 'fastq') ค่าชดเชยคุณภาพใน FASTQ
ไฟล์. ค่าเริ่มต้น 0 พยายามรับรู้โดยอัตโนมัติ

-Q
ตั้งค่าคุณภาพเริ่มต้นสำหรับฐานในประเภทไฟล์โดยไม่มีค่าคุณภาพ นอกจากนี้ do
ไม่หยุดหากไฟล์คุณภาพที่คาดหวังหายไป (เช่น '.fasta')

-R
เปลี่ยนชื่อ contigs/singlets/reads ด้วยสตริงชื่อที่กำหนดซึ่งตัวนับคือ
ต่อท้าย ข้อบกพร่องที่ทราบ: จะสร้างชื่อซ้ำหากอินพุต

มี contigs/singlets เช่นเดียวกับการอ่านฟรีเช่นอ่านไม่ได้อยู่ใน contigs หรือ
เสื้อกล้าม

-S
(ชื่อ) รูปแบบการเปลี่ยนชื่ออ่านสำคัญสำหรับคู่ปลาย 'solexa' เท่านั้นคือ
ปัจจุบันได้รับการสนับสนุน

การขอ ดังต่อไปนี้ สวิทช์ งาน เพียง เมื่อ อินพุต (คฟ or สพฐ.) มี รอยต่อ
ระวัง: CAF และ MAf สามารถมีเพียงแค่อ่าน

-M อย่าแยก contigs (หรือฉันทามติของพวกเขา) แต่ลำดับของการอ่านพวกเขาคือ
ประกอบด้วย.

-N
กดไลก์ -nแต่จัดเรียงเอาต์พุตตามลำดับที่ระบุในไฟล์

-r [ซีซีคิวเอฟ]
คำนวณค่าฉันทามติและ / หรือค่าคุณภาพฉันทามติใหม่และ / หรือแท็กคุณสมบัติ SNP
'c' คำนวณคุณสมบัติข้อเสีย & ข้อเสียใหม่ (ด้วย IUPAC) 'C' คำนวณข้อเสีย & คุณสมบัติข้อเสียใหม่
(บังคับให้ไม่ใช่ IUPAC) 'q' คำนวณคุณสมบัติที่เป็นเอกฉันท์ใหม่ 'f' คำนวณคุณสมบัติ SNP ใหม่เท่านั้น
หมายเหตุ: เฉพาะ cCq สุดท้ายเท่านั้นที่เกี่ยวข้อง, f ทำงานเป็น a

เปลี่ยนและสามารถใช้ร่วมกับ cQq (เช่น "-r C -r NS")

หมายเหตุ: หาก CAF/MAF มีหลายสายพันธุ์ ให้คำนวณ cons & cons . ใหม่
คุณสมบัติถูกบังคับคุณ

สามารถมีอิทธิพลต่อว่ามีการใช้ IUPAC หรือไม่

-s แยกเอาต์พุตออกเป็นหลายไฟล์แทนที่จะสร้างไฟล์เดียว

-u 'fillUp strain genomes' เติมรูในจีโนมของหนึ่งสายพันธุ์ (N หรือ @) ด้วย
ลำดับจากฉันทามติของสายพันธุ์อื่น มีผลเฉพาะกับ -r และ -t gbf หรือ
fasta/q ใน FASTA/Q: ฐานที่เติมจะเป็นตัวพิมพ์เล็กใน GBF: ฐานที่เต็มคือ
ตัวพิมพ์ใหญ่

-q
กำหนดคุณภาพขั้นต่ำที่ฐานฉันทามติของสายพันธุ์ต้องมี ฐานฉันทามติ
ด้านล่างนี้จะเป็น 'N' ค่าเริ่มต้น: 0 ใช้กับ .เท่านั้น -rและ -f คือ caf/maf และ -t is
(ฟาสต้า

หรือ gbf)

-v พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันและออก

-x
ความยาวขั้นต่ำของ contig หรือ read เมื่อโหลด ให้ทิ้ง contig ทั้งหมด / อ่านด้วย a
ยาวน้อยกว่าค่านี้ ค่าเริ่มต้น: 0 (=ปิดอยู่) หมายเหตุ: ไม่ได้ใช้กับ reads
ติดต่อกัน!

-X
คล้ายกับ -x แต่ใช้เฉพาะกับการอ่านแล้วกับความยาวที่ถูกตัดออก

-y
ความครอบคลุม contig เฉลี่ยขั้นต่ำ เมื่อโหลด ให้ทิ้ง contig ทั้งหมดที่มีค่าเฉลี่ย
ครอบคลุมน้อยกว่าค่านี้ ค่าเริ่มต้น: 1

-z
จำนวนการอ่านขั้นต่ำใน contig เมื่อโหลด ให้ทิ้ง contig ทั้งหมดที่มีตัวเลข
ของการอ่านที่น้อยกว่าค่านี้ ค่าเริ่มต้น: 0 (=ปิดอยู่)

-l
เมื่อส่งออกเป็นข้อความหรือ HTML: จำนวนฐานที่แสดงในหนึ่งบรรทัดการจัดตำแหน่ง ค่าเริ่มต้น:
60.

-c
เมื่อส่งออกเป็นข้อความหรือ HTML: อักขระที่ใช้เพื่อปิดช่องว่าง ค่าเริ่มต้น: ' ' (ว่าง)

นามแฝง: caf2html, exp2fasta, ... เป็นต้น การรวมกันของ " 2 "
สามารถใช้เป็นชื่อโปรแกรมได้ (โดยใช้ลิงก์ด้วย) ดังนั้นโปรแกรม convert_project โดยอัตโนมัติ
ชุด -f และ -t ตาม

ตัวอย่าง

converter_project source.maf ปลายทาง sam

Convert_project source.caf dest.fasta วิกผม ace

Convert_project -x 2000 -y 10 source.caf dest.caf

caf2html -l 100 -c . source.caf ปลายทาง

ใช้ convert_project ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net