นี่คือคำสั่ง coverageCount ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
coverageCount - การนับความครอบคลุมของการอ่านแผนที่ในแต่ละตำแหน่งโดยรวม
จีโนมอ้างอิง
DESCRIPTION
coverageCount เวอร์ชัน 1.5.0-p1
โปรแกรมนี้คำนวณความครอบคลุมของการอ่านแผนที่ในแต่ละตำแหน่งบน
จีโนมอ้างอิง มันสร้างไฟล์ไบนารีสำหรับโครโมโซมแต่ละโครโมโซมโดยการต่อ
ระดับความครอบคลุมเป็นตัวเลขจำนวนเต็ม 4 ไบต์
การใช้
ความครอบคลุมนับ [ตัวเลือก] -i -o
อาร์กิวเมนต์ที่จำเป็น:
-i
ชื่อของไฟล์อินพุตในรูปแบบ SAM หรือ BAM
-o
คำนำหน้าของไฟล์ที่ส่งออก ไฟล์เอาต์พุตแต่ละไฟล์มีตัวเลขจำนวนเต็มสี่ไบต์
อาร์กิวเมนต์ตัวเลือก:
--maxMOp จำนวนสูงสุดของการดำเนินการ 'M' ที่อนุญาตในสตริง CIGAR
10 โดยค่าเริ่มต้น ทั้ง 'X' และ '=' จะถือเป็นการดำเนินการ 'M' และการดำเนินการ 'M' ที่อยู่ติดกันคือ
รวมอยู่ในสตริง CIGAR
coverageCount เวอร์ชัน 1.5.0-p1
โปรแกรมนี้คำนวณความครอบคลุมของการอ่านแผนที่ในแต่ละตำแหน่งบน
จีโนมอ้างอิง มันสร้างไฟล์ไบนารีสำหรับโครโมโซมแต่ละโครโมโซมโดยการต่อ
ระดับความครอบคลุมเป็นตัวเลขจำนวนเต็ม 4 ไบต์
การใช้
ความครอบคลุมนับ [ตัวเลือก] -i -o
อาร์กิวเมนต์ที่จำเป็น:
-i
ชื่อของไฟล์อินพุตในรูปแบบ SAM หรือ BAM
-o
คำนำหน้าของไฟล์ที่ส่งออก ไฟล์เอาต์พุตแต่ละไฟล์มีตัวเลขจำนวนเต็มสี่ไบต์
อาร์กิวเมนต์ตัวเลือก:
--maxMOp จำนวนสูงสุดของการดำเนินการ 'M' ที่อนุญาตในสตริง CIGAR
10 โดยค่าเริ่มต้น ทั้ง 'X' และ '=' จะถือเป็นการดำเนินการ 'M' และการดำเนินการ 'M' ที่อยู่ติดกันคือ
รวมอยู่ในสตริง CIGAR
ใช้ coverageCount ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
