create_matrix - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

create_matrix - คำนวณเมทริกซ์ความคล้ายคลึงความอุดมสมบูรณ์ของจีโนม

เรื่องย่อ

create_matrix [ตัวเลือก] ชื่อ

DESCRIPTION

คำนวณเมทริกซ์ความคล้ายคลึงกัน

อันดับแรก ชุดการอ่านจะถูกจำลองสำหรับจีโนมอ้างอิงทุกตัวโดยใช้ตัวจำลองการอ่านจาก
core/tools.py ระบุผ่าน -s. ประการที่สอง การอ่านจำลองของแต่ละสายพันธุ์จะถูกแมป
เทียบกับจีโนมอ้างอิงทั้งหมดโดยใช้ mapper ที่ระบุด้วย -m. ประการที่สาม ผลลัพธ์ที่ได้
ไฟล์ SAM ถูกวิเคราะห์เพื่อคำนวณเมทริกซ์ความคล้ายคลึงกัน เมทริกซ์ความคล้ายคลึงกันถูกเก็บไว้
เป็นไฟล์ numpy (-o).

OPTIONS

ชื่อ ชื่อไฟล์ของไฟล์ชื่อ; ไฟล์ชื่อข้อความธรรมดาควรมีหนึ่งชื่อต่อ
ไลน์. ชื่อนี้ถูกใช้เป็นตัวระบุในอัลกอริธึมทั้งหมด

-h, --ช่วยด้วย
แสดงข้อความช่วยเหลือนี้และออก

-s เครื่องจำลอง --เครื่องจำลอง=เครื่องจำลอง
ตัวระบุของตัวจำลองการอ่านที่กำหนดไว้ใน core/tools.py [ค่าเริ่มต้น: none]

-r อ้างอิง --อ้างอิง=REF
รูปแบบไฟล์ลำดับอ้างอิงสำหรับโปรแกรมจำลองการอ่าน ตัวยึดสำหรับชื่อคือ
"%NS". [ค่าเริ่มต้น: ./ref/%s.fasta]

-m ผู้ทำแผนที่ --ผู้ทำแผนที่=ผู้ทำแผนที่
ตัวระบุของผู้ทำแผนที่ที่กำหนดไว้ใน core/tools.py [ค่าเริ่มต้น: none]

-i ดัชนี, --ดัชนี=ดัชนี
ไฟล์ดัชนีอ้างอิงสำหรับตัวแมปที่อ่าน ตัวยึดตำแหน่งสำหรับชื่อคือ "%s"
[ค่าเริ่มต้น: ./ref/%s.fasta]

-t อุณหภูมิ --อุณหภูมิ=TEMP
ไดเร็กทอรีสำหรับจัดเก็บชุดข้อมูลจำลองชั่วคราวและไฟล์ SAM [ค่าเริ่มต้น: ./temp]

-o ออก, --เอาท์พุท=OUT
เอาต์พุตไฟล์เมทริกซ์ความคล้ายคลึงกัน [ค่าเริ่มต้น: ./similarity_matrix.npy]

ใช้ create_matrix ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net