นี่คือคำสั่ง delta2blocks ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
delta2blocks - เครื่องมือพิเศษสำหรับมัมเมอร์ตั้งแต่แพทช์ของ mugsy ไปจนถึงการจัดเรียงตำแหน่ง
delta2maf - เครื่องมือพิเศษสำหรับมัมเมอร์ตั้งแต่แพทช์ของ mugsy ไปจนถึงการจัดเรียงตำแหน่ง
เรื่องย่อ
เดลต้า2บล็อก [ตัวเลือก]<อ้างอิงไอดี><qryไอดี>
เดลต้า2แมฟ [ตัวเลือก]<อ้างอิงไอดี><qryไอดี>
DESCRIPTION
-h แสดงข้อมูลช่วยเหลือ
-q จัดเรียงการจัดตำแหน่งตามคิวรีเริ่มต้นพิกัด
-r จัดเรียงการจัดตำแหน่งตามพิกัดเริ่มต้นอ้างอิง
-w int ตั้งค่าความกว้างของหน้าจอ - ค่าเริ่มต้นคือ 60
-x int ตั้งค่าประเภทเมทริกซ์ - ค่าเริ่มต้นคือ 2 (BLOSUM 62) ตัวเลือกอื่นๆ ได้แก่ 1 (BLOSUM 45)
และ 3 (ดอกบาน 80)
หมายเหตุ: มีผลเฉพาะกับการเรียงตัวของกรดอะมิโน
อินพุตคือเอาต์พุต .delta ของโปรแกรม "nucmer" หรือ "promer" ที่ส่งผ่านบน
บรรทัดคำสั่ง.
ผลลัพธ์คือ stdout และประกอบด้วยการจัดตำแหน่งทั้งหมดระหว่างแบบสอบถามและการอ้างอิง
ลำดับที่ระบุบนบรรทัดคำสั่ง
หมายเหตุ: ไม่มีการจัดเรียงตามค่าเริ่มต้น ดังนั้นการจัดตำแหน่งจะถูกจัดเรียงตามที่พบใน
NS ป้อนข้อมูล.
ใช้ delta2blocks ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
