นี่คือคำสั่งย่อยที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
ย่อย - รายงานเกี่ยวกับเอนไซม์โปรตีโอไลติกของโปรตีนหรือตำแหน่งความแตกแยกของตัวทำปฏิกิริยา
เรื่องย่อ
ย่อยอาหาร -seqall ภาคต่อ -mwdata แฟ้มข้อมูล -เมนู รายการ -โมโน บูล -ไม่เป็นที่โปรดปราน บูล
- มอมแมม บูล -ปลายทาง รายการ -คาบเกี่ยวกัน บูล -ทั้งหมดบางส่วน บูล
-outfile รายงาน
ย่อยอาหาร -ช่วยด้วย
DESCRIPTION
ย่อยอาหาร เป็นโปรแกรมบรรทัดคำสั่งจาก EMBOSS (“ the European Molecular Biology Open
ชุดซอฟต์แวร์”) เป็นส่วนหนึ่งของกลุ่มคำสั่ง "Protein:Motifs"
OPTIONS
อินพุต ส่วน
-seqall ภาคต่อ
-mwdata แฟ้มข้อมูล
ข้อมูลน้ำหนักโมเลกุลของกรดอะมิโน ค่าเริ่มต้น: Emolwt.dat
ต้อง ส่วน
-เมนู รายการ
ค่าเริ่มต้น: 1
-โมโน บูล
ค่าเริ่มต้น: N
ระดับสูง ส่วน
-ไม่เป็นที่โปรดปราน บูล
ทริปซินปกติจะไม่ถูกตัดหลังจาก 'KR' หากตามด้วย 'KRIFLP' ใดๆ
ปกติ Lys-C จะไม่ตัดหลัง 'K' ถ้าตามด้วย 'P' Arg-C จะไม่
ปกติจะตัดหลัง 'R' ถ้าตามด้วย 'P' ปกติ V8-bicarb จะไม่ตัดหลังจาก
'E' หากตามด้วย 'KREP' ใดๆ ปกติ V8-phosph จะไม่ตัดหลังจาก 'DE' if
ตามด้วย 'P' โดยปกติแล้ว Chymotrypsin จะไม่ถูกตัดหลังจาก 'FYWLM' หากเป็นเช่นนั้น
ตามด้วย 'พี' การระบุส่วนที่ไม่เป็นที่พึงปรารถนาจะแสดงการบาดที่ไม่พึงประสงค์เหล่านี้รวมทั้งเครื่องหมาย
คนที่ชื่นชอบ
- มอมแมม บูล
ช่วยให้ย่อยอาหารกึ่งเฉพาะและไม่เฉพาะเจาะจง ตัวเลือกนี้มีประโยชน์อย่างยิ่ง
เพื่อสร้างรายการลำดับเปปไทด์สำหรับการระบุโปรตีนโดยใช้
แมสสเปกโตรเมตรี
-ปลายทาง รายการ
ค่าเริ่มต้น: 1
เอาท์พุต ส่วน
-คาบเกี่ยวกัน บูล
ใช้สำหรับย่อยอาหารบางส่วน แสดงการตัดทั้งหมดจากไซต์ตัดที่ชื่นชอบ บวก 1..3, 2..4,
3..5 เป็นต้น แต่ไม่ใช่ (เช่น) 2..5 การทับซ้อนจึงเป็นเศษส่วนที่มีเพียงหนึ่งเดียว
ไซต์ตัดที่อาจเกิดขึ้นภายในนั้น
-ทั้งหมดบางส่วน บูล
ในส่วนที่ทับซ้อนกัน แต่ชิ้นส่วนที่มีไซต์ที่อาจตัดได้มากกว่าหนึ่งแห่งจะรวมอยู่ด้วย
-outfile รายงาน
ใช้ไดเจสต์ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
