disulfinder - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

disulfinder - สถานะพันธะซัลไฟด์ของซิสเทอีนและตัวทำนายการเชื่อมต่อ

เรื่องย่อ

disulfinder [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

'disulfinder' ใช้สำหรับทำนายสถานะพันธะซัลไฟด์ของซิสเทอีนและของพวกมัน
การเชื่อมต่อซัลไฟด์เริ่มต้นจากลำดับเพียงอย่างเดียว สะพานไดซัลไฟด์มีบทบาทสำคัญ
ในการรักษาเสถียรภาพของกระบวนการพับโปรตีนหลายชนิด การทำนายของซัลไฟด์
สะพานจากลำดับเพียงอย่างเดียวจึงมีประโยชน์สำหรับการศึกษาโครงสร้างและหน้าที่
คุณสมบัติของโปรตีนจำเพาะ นอกจากนี้ ความรู้เกี่ยวกับสถานะพันธะไดซัลไฟด์
ของซีสเตอีนอาจช่วยในกระบวนการกำหนดโครงสร้างการทดลองและอาจเป็นประโยชน์
ในงานทำหมายเหตุประกอบจีโนมอื่นๆ 'disulfinder' ทำนายรูปแบบซัลไฟด์ในสอง
ขั้นตอนการคำนวณ: (1) สถานะพันธะไดซัลไฟด์ของซิสเทอีนแต่ละตัวถูกทำนายโดย
ตัวแยกประเภทไบนารี BRNN-SVM; (2) ซีสเทอีนที่ทราบว่ามีส่วนร่วมในการก่อตัว
ของบริดจ์ถูกจับคู่โดย Recursive Neural Network เพื่อให้ได้รูปแบบการเชื่อมต่อ

ข้อมูลอ้างอิง

A. Ceroni, A. Passerini, A. Vullo และ P. Frasconi DISULFIND: สถานะพันธะซัลไฟด์
และเซิร์ฟเวอร์ทำนายการเชื่อมต่อ Cysteine, การวิจัยกรดนิวคลีอิก, 34(เว็บเซิร์ฟเวอร์
ฉบับที่):W177-W181, 2006.

สำหรับตัวทำนายการเชื่อมต่อไดซัลไฟด์ โปรดดูที่:

A. Vullo และ P. Frasconi การทำนายการเชื่อมต่อไดซัลไฟด์โดยใช้ Recursive Neural
เครือข่ายและข้อมูลวิวัฒนาการ, ชีวสารสนเทศ, 20, 653-659, 2004.

สำหรับตัวทำนายสถานะพันธะซิสตีน โปรดดู:

P. Frasconi, A. Passerini และ A. Vullo สถาปัตยกรรม SVM สองขั้นตอนสำหรับการทำนาย
สถานะพันธะซัลไฟด์ของซีสเตอีน, Proc. การประชุมเชิงปฏิบัติการ IEEE เกี่ยวกับโครงข่ายประสาทเทียมสำหรับสัญญาณ
กำลังดำเนินการ, pp.25-34, 2002.
A.Ceroni, P.Frasconi, A.Passerini และ A.Vullo การทำนายสถานะพันธะไดซัลไฟด์ของ
ซีสเตอีนร่วมกับเครื่องเคอร์เนล, วารสารการประมวลผลสัญญาณ VLSI, 35,
287 295-, 2003

OPTIONS

-a, --ทางเลือก=จำนวน
รูปแบบการเชื่อมต่อทางเลือก (ค่าเริ่มต้น=3)

-o, --output=DIR
output dir ที่การคาดคะเนจะถูกบันทึก (default=$PWD)

-p, --psi2=ไฟล์|DIR
อินพุตในรูปแบบ psi2 (PSI-BLAST Matrix ใน ASCII) ไม่ว่าจะเป็นไฟล์เดียวหรือa
ไดเร็กทอรี(?). สร้างสิ่งนี้ด้วย "blastpgp -j -Q FILE" โดยที่ N >= 2

-r, --rootdir=DIR
ไดเร็กทอรีงาน (ค่าเริ่มต้น =~/ดิสซัลไฟน์เดอร์)

-k, --pkgdatadir=DIR
ไดเร็กทอรีข้อมูลแพ็คเกจที่มีโมเดล (ค่าเริ่มต้น =/usr/share/disulfinder)

-F, --format={html|ascii}
ประเภทรูปแบบเอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น = ascii)

-d --blastdb=DIR
blastpgp -d ตัวเลือก (ค่าเริ่มต้น=/data/sp+trembl)

-c, --cleanpred
ล้างไฟล์การทำนายระดับกลาง (ค่าเริ่มต้น=เท็จ)

-P, --usepssm
ใช้ pssm แทนการนับสำหรับโปรไฟล์ (default=false)

-C, --knownbondingstate
ถือว่าทราบสถานะการเชื่อม (หนึ่งไฟล์สำหรับแต่ละเชนในไดเร็กทอรี
/Predictions/Bondstate/Viterbi) (ค่าเริ่มต้น=เท็จ)

-v, --เวอร์ชัน
รุ่น disulfinder

-?, --ช่วย
หน้าจอช่วยเหลือ

ตัวอย่าง

"disulfinder -a 1 -p /usr/share/doc/disulfinder/examples/res_id_41483.blastPsiMatTmb -o
./disulfinder_results_dir"

ใช้ disulfinder ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net