dsr2xml - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

dsr2xml - แปลงไฟล์ DICOM SR และชุดข้อมูลเป็น XML

เรื่องย่อ

dsr2xml [ตัวเลือก] dsrfile-in [xmlfile-out]

DESCRIPTION

พื้นที่ dsr2xml ยูทิลิตีแปลงเนื้อหาของเอกสาร DICOM Structured Reporting (SR)
(รูปแบบไฟล์หรือชุดข้อมูลดิบ) เป็น XML (Extensible Markup Language) XML Schema
dsr2xml.xsd ยังไม่เป็นไปตามรูปแบบมาตรฐานใดๆ อย่างไรก็ตาม dsr2xml ใบสมัคร
อาจจะปรับปรุงในด้านนี้ต่อไปในอนาคต (เช่น โดยสนับสนุน HL7/CDA - Clinical
สถาปัตยกรรมเอกสาร).

If dsr2xml อ่านชุดข้อมูลดิบ (ข้อมูล DICOM โดยไม่มีส่วนหัวของรูปแบบไฟล์) มันจะ
พยายามเดารูปแบบการถ่ายโอนโดยตรวจสอบสองสามไบต์แรกของไฟล์ มันคือ
ไม่สามารถเดาไวยากรณ์การโอนได้อย่างถูกต้องเสมอไป และควรแปลง a
ตั้งค่าข้อมูลให้อยู่ในรูปแบบไฟล์ทุกครั้งที่ทำได้ (โดยใช้ปุ่ม ดีซีเอ็มคอนวี คุณประโยชน์). ยังเป็น
สามารถใช้ -f และ -t[ieb] ทางเลือกในการบังคับ dsr2xml เพื่ออ่านชุดข้อมูลด้วย a
ไวยากรณ์การถ่ายโอนเฉพาะ

พารามิเตอร์

dsrfile-in ชื่อไฟล์อินพุต DICOM SR ที่จะแปลง

xmlfile-out ชื่อไฟล์เอาต์พุต XML (ค่าเริ่มต้น: stdout)

OPTIONS

ทั่วไป ตัวเลือก
-h -- ช่วยด้วย
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้และออก

--รุ่น
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออก

--ข้อโต้แย้ง
พิมพ์อาร์กิวเมนต์บรรทัดคำสั่งที่ขยาย

-q --เงียบ
โหมดเงียบพิมพ์ไม่มีคำเตือนและข้อผิดพลาด

-v -- verbose
โหมด verbose รายละเอียดการประมวลผลการพิมพ์

-d --debug
โหมดดีบัก พิมพ์ข้อมูลการดีบัก

-ll --log-level [l]evel: ค่าคงที่สตริง
(ร้ายแรง, ผิดพลาด, เตือน, ข้อมูล, ดีบัก, ติดตาม)
ใช้ระดับ l สำหรับคนตัดไม้

-lc --log-config [f] ชื่อไฟล์: สตริง
ใช้ config file f สำหรับ logger

อินพุต ตัวเลือก
รูปแบบไฟล์อินพุต:

+f --อ่านไฟล์
อ่านรูปแบบไฟล์หรือชุดข้อมูล (ค่าเริ่มต้น)

+สำหรับ --read-file-only
อ่านรูปแบบไฟล์เท่านั้น

-f -- ชุดข้อมูลอ่าน
อ่านชุดข้อมูลที่ไม่มีข้อมูลเมตาของไฟล์

ไวยากรณ์การถ่ายโอนอินพุต:

-t= --read-xfer-อัตโนมัติ
ใช้การรู้จำ TS (ค่าเริ่มต้น)

-td --read-xfer-ตรวจจับ
ละเว้น TS ที่ระบุในส่วนหัวของไฟล์ meta

-te --read-xfer-น้อย
อ่านด้วย VR little endian TS . ที่ชัดเจน

-tb --read-xfer-ใหญ่
อ่านด้วย VR big endian TS . ที่ชัดเจน

-ti --read-xfer-โดยนัย
อ่านโดยปริยาย VR endian TS

การประมวลผล ตัวเลือก
การจัดการข้อผิดพลาด:

-เอ่อ --ไม่ทราบความสัมพันธ์
ยอมรับประเภทความสัมพันธ์ที่ไม่รู้จัก/ขาดหายไป

-Ev --invalid รายการค่า
ยอมรับค่ารายการเนื้อหาที่ไม่ถูกต้อง
(เช่นการละเมิดคำจำกัดความ VR หรือ VM)

-Ec --ละเว้น-ข้อจำกัด
ละเว้นข้อ จำกัด ของเนื้อหาความสัมพันธ์

-Ee --ignore-item-errors
อย่ายกเลิกข้อผิดพลาดของรายการเนื้อหา เพียงแค่เตือน
(เช่นแอตทริบิวต์เฉพาะของประเภทค่าที่ขาดหายไป)

-Ei --ข้ามรายการที่ไม่ถูกต้อง
ข้ามรายการเนื้อหาที่ไม่ถูกต้อง (รวมถึงแผนผังย่อย)

-Dv --disable-vr-ตรวจสอบ
ปิดใช้งานการตรวจสอบค่าสตริงที่สอดคล้องกับ VR

ชุดอักขระเฉพาะ:

+Cr --charset-ต้องการ
ต้องการการประกาศชุดอักขระแบบขยาย (ค่าเริ่มต้น)

+Ca --charset-สมมติ [c]harset: string
ถือว่าชุดอักขระ c หากไม่มีการประกาศชุดอักขระแบบขยาย

+Cc --charset-ตรวจสอบทั้งหมด
ตรวจสอบองค์ประกอบข้อมูลทั้งหมดด้วยค่าสตริง
(ค่าเริ่มต้น: เฉพาะ PN, LO, LT, SH, ST และ UT)

# ตัวเลือกนี้ใช้สำหรับการจับคู่ที่เหมาะสมเท่านั้น
# การเข้ารหัสอักขระ XML แต่ไม่ใช่สำหรับการแปลงเป็น UTF-8

+U8 --แปลงเป็น utf8
แปลงค่าองค์ประกอบทั้งหมดที่ได้รับผลกระทบ
โดยชุดอักขระเฉพาะ (0008,0005) ถึง UTF-8

# ต้องการการสนับสนุนจากชุดเครื่องมือ libiconv

เอาท์พุต ตัวเลือก
การเข้ารหัส:

+Ea --attr-ทั้งหมด
เข้ารหัสทุกอย่างเป็นแอตทริบิวต์ XML
(ทางลัดสำหรับ +Ec, +Er, +Ev และ +Et)

+Ec --attr-รหัส
เข้ารหัสค่ารหัส, ตัวกำหนดรูปแบบการเข้ารหัส
และรุ่นรูปแบบการเข้ารหัสเป็นแอตทริบิวต์ XML

+เอ่อ --attr-ความสัมพันธ์
เข้ารหัสประเภทความสัมพันธ์เป็นแอตทริบิวต์ XML

+Ev --attr-ค่าประเภท
เข้ารหัสประเภทค่าเป็นแอตทริบิวต์ XML

+Et --attr-แม่แบบ-id
เข้ารหัสรหัสเทมเพลตเป็นแอตทริบิวต์ XML

+อี --แม่แบบ-ซองจดหมาย
องค์ประกอบเทมเพลตล้อมรอบรายการเนื้อหา
(ต้องการ +Wt หมายถึง +Et)

โครงสร้าง XML:

+Xs --เพิ่ม-สคีมา-อ้างอิง
เพิ่มการอ้างอิง XML Schema "dsr2xml.xsd"
(ไม่ใช่กับ +Ea, +Ec, +Er, +Ev, +Et, +Ee, +เรา)

+Xn --use-xml-เนมสเปซ
เพิ่มการประกาศเนมสเปซ XML ให้กับองค์ประกอบรูท

การเขียน:

+เรา --write-empty-tags
เขียนแท็กทั้งหมดแม้ว่าค่าของแท็กจะว่างเปล่า

+Wi --write-item-id
เขียนตัวระบุรายการเสมอ

+น้ำหนัก --write-template-id
เขียนข้อมูลประจำตัวแม่แบบ

หมายเหตุ

ไดคอม สอดคล้อง
พื้นที่ dsr2xml ยูทิลิตีรองรับคลาส SOP ต่อไปนี้:

SpectaclePrescriptionReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.78.6
MacularGridThicknessAndVolumeReportStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.79.1
ข้อความพื้นฐานSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.11
SRStorage ที่ปรับปรุงแล้ว 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.22
ครอบคลุมSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.33
ครอบคลุม3DSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.34
ขั้นตอนLogStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.40
แมมโมแกรมCADSRSการจัดเก็บ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.50
KeyObjectSelectionDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.59
ChestCADSRSที่เก็บข้อมูล 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.65
XRayRadiationDoseSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.67
เภสัชรังสีปริมาณรังสีSRStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.68
ColonCADSRSการจัดเก็บ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.69
ImplantationPlanSRDocumentStorage 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.88.70

โปรดทราบว่าขณะนี้รองรับเฉพาะแอตทริบิวต์บังคับและแอตทริบิวต์ที่ไม่บังคับบางส่วนเท่านั้น

คาแรคเตอร์ การเข้ารหัส
การเข้ารหัส XML ถูกกำหนดโดยอัตโนมัติจากแอตทริบิวต์ DICOM (0008,0005)
'ชุดอักขระเฉพาะ' โดยใช้การแมปต่อไปนี้:

ASCII (ISO_IR 6) => "UTF-8"
UTF-8 "ISO_IR 192" => "UTF-8"
ISO ละติน 1 "ISO_IR 100" => "ISO-8859-1"
ISO ละติน 2 "ISO_IR 101" => "ISO-8859-2"
ISO ละติน 3 "ISO_IR 109" => "ISO-8859-3"
ISO ละติน 4 "ISO_IR 110" => "ISO-8859-4"
ISO ละติน 5 "ISO_IR 148" => "ISO-8859-9"
ซิริลลิก "ISO_IR 144" => "ISO-8859-5"
อารบิก "ISO_IR 127" => "ISO-8859-6"
ภาษากรีก "ISO_IR 126" => "ISO-8859-7"
ภาษาฮิบรู "ISO_IR 138" => "ISO-8859-8"

หากแอตทริบิวต์ DICOM นี้หายไปในไฟล์อินพุต แม้ว่าจำเป็น ตัวเลือก --ชุดอักขระ-
สมมติ สามารถใช้เพื่อระบุชุดอักขระที่เหมาะสมด้วยตนเอง (โดยใช้ตัวใดตัวหนึ่ง
DICOM กำหนดเงื่อนไข)

ไม่รองรับชุดอักขระหลายชุด (จับคู่ค่าแอตทริบิวต์แรกเท่านั้นใน
กรณีมูลค่าหลายหลาก) ถ้าจำเป็น ให้เลือก --แปลงเป็น utf8 สามารถใช้ในการแปลง
ไฟล์ DICOM หรือชุดข้อมูลเป็นการเข้ารหัส UTF-8 ก่อนการแปลงเป็นรูปแบบ XML

ข้อผิดพลาด การจัดการ
โปรดใช้ความระมัดระวังกับตัวเลือกการประมวลผล --ไม่ทราบความสัมพันธ์, --invalid-รายการ-
ความคุ้มค่า, --ละเว้น-ข้อจำกัด, --ignore รายการข้อผิดพลาด และ --ข้ามรายการที่ไม่ถูกต้อง ตั้งแต่พวกเขา
ปิดใช้งานการตรวจสอบความถูกต้องบางอย่างในไฟล์อินพุต DICOM SR และอาจส่งผลให้
ในผลลัพธ์ที่ไม่ได้มาตรฐาน อย่างไรก็ตาม อาจมีเหตุผลในการใช้อย่างใดอย่างหนึ่งหรือมากกว่า
ของตัวเลือกเหล่านี้ เช่น เพื่ออ่านและประมวลผลเอกสาร SR ที่เข้ารหัสไม่ถูกต้อง

ข้อ จำกัด
XML Schema dsr2xml.xsd ไม่รองรับทุกรูปแบบของ dsr2xml รูปแบบเอาต์พุต
อย่างไรก็ตาม รูปแบบเอาต์พุตเริ่มต้น (บวก option --use-xml-เนมสเปซ) ควรทำงาน.

เข้าสู่ระบบ

ระดับของการบันทึกเอาต์พุตของเครื่องมือบรรทัดคำสั่งต่างๆ และไลบรารีพื้นฐานสามารถ
ถูกกำหนดโดยผู้ใช้ โดยค่าเริ่มต้น เฉพาะข้อผิดพลาดและคำเตือนเท่านั้นที่จะถูกเขียนลงในมาตรฐาน
กระแสข้อผิดพลาด การใช้ตัวเลือก --รายละเอียด ข้อความที่ให้ข้อมูลเช่นรายละเอียดการประมวลผล
มีการรายงาน ตัวเลือก --debug สามารถใช้เพื่อรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับกิจกรรมภายใน
เช่นเพื่อจุดประสงค์ในการดีบัก ระดับการบันทึกอื่น ๆ สามารถเลือกได้โดยใช้ตัวเลือก --บันทึก-
ระดับ. ใน --เงียบ โหมดรายงานข้อผิดพลาดร้ายแรงเท่านั้น ในเหตุการณ์ข้อผิดพลาดร้ายแรงเช่นนี้
แอปพลิเคชันมักจะสิ้นสุด สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติมเกี่ยวกับระดับการบันทึกต่างๆ
ดูเอกสารประกอบของโมดูล 'oflog'

ในกรณีที่ควรเขียนเอาต์พุตการบันทึกลงในไฟล์ (เลือกได้ด้วยการหมุนไฟล์บันทึก)
ไปยัง syslog (Unix) หรือตัวเลือกบันทึกเหตุการณ์ (Windows) --log-config.php สามารถใช้ได้. นี้
ไฟล์การกำหนดค่ายังอนุญาตให้ส่งเฉพาะข้อความบางข้อความไปยังเอาต์พุตเฉพาะ
สตรีมและสำหรับการกรองข้อความบางข้อความตามโมดูลหรือแอปพลิเคชันที่พวกเขา
ถูกสร้างขึ้น ไฟล์การกำหนดค่าตัวอย่างมีให้ใน /logger.cfg.

คำสั่ง สาย

เครื่องมือบรรทัดคำสั่งทั้งหมดใช้สัญกรณ์ต่อไปนี้สำหรับพารามิเตอร์: วงเล็บเหลี่ยมล้อมรอบ
ค่าทางเลือก (0-1) จุดต่อท้ายสามจุดระบุว่าอนุญาตให้ใช้ค่าได้หลายค่า
(1-n) การรวมกันของทั้งสองหมายถึงค่า 0 ถึง n

ตัวเลือกบรรทัดคำสั่งแตกต่างจากพารามิเตอร์ด้วยเครื่องหมาย '+' หรือ '-' นำหน้า
ตามลำดับ โดยปกติ ลำดับและตำแหน่งของตัวเลือกบรรทัดคำสั่งจะเป็นไปตามอำเภอใจ (เช่น พวกเขา
สามารถปรากฏได้ทุกที่) อย่างไรก็ตาม ถ้าตัวเลือกต่าง ๆ กัน มีลักษณะขวาสุด
ถูกนำมาใช้. ลักษณะการทำงานนี้สอดคล้องกับกฎการประเมินมาตรฐานของเชลล์ Unix ทั่วไป

นอกจากนี้ ไฟล์คำสั่งหนึ่งไฟล์ขึ้นไปสามารถระบุได้โดยใช้เครื่องหมาย '@' เป็นคำนำหน้าถึง
ชื่อไฟล์ (เช่น @command.txt). อาร์กิวเมนต์คำสั่งดังกล่าวจะถูกแทนที่ด้วยเนื้อหาของ
ไฟล์ข้อความที่เกี่ยวข้อง (ช่องว่างหลายช่องถือเป็นตัวคั่นเดียว เว้นแต่
ปรากฏขึ้นระหว่างเครื่องหมายคำพูดสองเครื่องหมาย) ก่อนการประเมินเพิ่มเติม โปรดทราบว่า
ไฟล์คำสั่งไม่สามารถมีไฟล์คำสั่งอื่นได้ วิธีง่ายๆ แต่ได้ผล
อนุญาตให้สรุปการรวมตัวเลือก/พารามิเตอร์ร่วมกัน และหลีกเลี่ยงความยาวและ
บรรทัดคำสั่งที่สับสน (ตัวอย่างมีให้ในไฟล์ /dumppat.txt).

และพวกเรา

พื้นที่ dsr2xml ยูทิลิตีจะพยายามโหลดพจนานุกรมข้อมูล DICOM ที่ระบุใน
DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม โดยค่าเริ่มต้น เช่น ถ้า DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม
ไม่ได้ตั้งค่าไฟล์ /dicom.dic จะถูกโหลดเว้นแต่พจนานุกรมจะถูกสร้างขึ้น
ลงในแอปพลิเคชัน (ค่าเริ่มต้นสำหรับ Windows)

ควรเลือกใช้พฤติกรรมเริ่มต้นและ DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อมเท่านั้น
ใช้เมื่อต้องการพจนานุกรมข้อมูลสำรอง NS DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม
มีรูปแบบเดียวกับ Unix shell เส้นทาง ตัวแปรในเครื่องหมายทวิภาค (':') คั่น
รายการ. บนระบบ Windows เครื่องหมายอัฒภาค (';') ถูกใช้เป็นตัวคั่น พจนานุกรมข้อมูล
รหัสจะพยายามโหลดแต่ละไฟล์ที่ระบุใน DCMDICTPATH ตัวแปรสภาพแวดล้อม มัน
เป็นข้อผิดพลาดหากไม่สามารถโหลดพจนานุกรมข้อมูลได้

ใช้ dsr2xml ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net